References and Footnotes
- Agalarov , S. C. , Prasad , G. S. , Funke , P. M. , Stout , C. D. and Wiliamson , J. R. 2000 . Science , 288 : 107 – 112 .
- Turner , D. H. , Sugimoto , N. and Freier , S. M. 1988 . Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. , 17 : 167 – 192 .
- Draper , D. E. 1996 . TIBS , 21 : 145 – 149 . -April
- Conn , G. L. and Draper , D. E. 1998 . Curr. Opin. in Struc. Biol. , 8 : 278 – 285 .
- Draper , E. D. 1999 . J. Mol. Biol. , 293 : 255 – 270 .
- Tinoco , I. Jr and Bustamante , C. 1999 . J. Mol. Biol. , 293 : 271 – 281 .
- Ban , N. , Nissen , P. , Hansen , J. , Moore , P. B. and Steitz , T. A. 2000 . Science , 289 : 905 – 919 .
- Nissen , P. , Hansen , J. , Ban , N. , Moore , P. B. and Steitz , T. A. 2000 . Science , 289 : 920 – 930 .
- Carter , A. P. , Clemons , W. M. , Brodersen , D. E. , Morgan-Warren , R. J. , Wimberty , B. T. and Ramakrishnan , V. 2000 . Nature , 407 : 340 – 348 .
- Wimberty , B. T. , Brodersen , D. E. , Clemons , W. M. , Morgan-Warren , R. J. , Carter , A. P. , Vonrhein , C. and Ramakrishnan , V. 2000 . Nature , 407 : 327 – 339 .
- Miller , J. L. and Kollman , P. A. 1997 . J. Mol. Bio. , 270 : 436 – 450 .
- Shapiro , B. A. and Navetta , J. 1994 . The Journal of Supercomputing , 8 : 195 – 207 .
- Shapiro , B. A. and Wu , J. C. 1996 . CABIOS , 12 ( 3 ) : 171 – 180 .
- Shapiro , B. A. , Bengali , D. , Kasprzak , W. and Wu , J-C. 2001 . J. Mol. Biol. , 312 : 27 – 44 .
- Shapiro , B. A. , Wu , J. C. , Bengali , D. and Potts , M. J. 2001 . Bioinformatics , 17 : 137 – 148 .
- Zarrinkar , P. P. and Williamson , J. R. 1994 . Science , 265 : 918 – 924 .
- Zuker , M. 1989 . Science , 244 : 48 – 52 .
- Antao , V. P. , Lai , S. Y. and Tinoco , I. Jr. 1991 . Nucleic Acids Research , 19 : 5901 – 5905 . (21)
- Ferre-D'Amare , A. R. and Doudna , J. A. 1999 . Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. , 28 : 57 – 73 .
- Antao , V. P. and Tinoco , I. Jr. 1992 . Nucleic Acids Research , 20 ( 4 ) : 819 – 824 .
- SantaLucia , J. Jr , Kierzek , R. and Turner , D. H. 1992 . Science , 256 : 217 – 219 .
- Abramovitz , D. L. and Pyle . 1997 . J. Mol. Biol. , 266 : 493 – 506 .
- Maier , A. , Sklenar , H. , Kratky , H. F. , Renner , A. and Schuster , P. 1999 . Eur Biophys J. , 28 : 564573
- Pley , H. W. , Flaherty , K. M. and Mckay , D. B. 1994 . Nature , 372 : 111 – 113 .
- Shiman , R. and Draper , D. E. 2000 . J. Mol. Biol. , 302 : 79 – 91 .
- Jucker , F. M. , Heus , H. A. , Yio , P. F. , Moors , E. H. M. and Pardi , A. 1996 . J. Mol. Biol. , 264 : 968980
- Srinivasan , J. , Miller , J. , Kollman , P. A. and Case , D. A. 1998 . Journal of Biomolecular structure & dynamics , 16 ( 3 ) : 671 – 682 .
- Batey , R. T. and Williamson , J. R. 1996 . J. Mol. Biol. , 261 : 536 – 549 .
- Batey , R. T. and Williamson , J. R. 1996 . J. Mol. Biol. , 261 : 550 – 567 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc , 177 : 51795197
- Tsui , V. and Case , D. A. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 2489 – 2498 .
- Willams , D. J. and Hall , K. B. 1999 . Biophysical Journal , 76 : 3192 – 3205 .
- Feig , M. and Pettitt , B. M. 1998 . Biophysical Journal , 75 : 134 – 149 .
- Schaefer , M. , Bartels , C. and Karplus , M. 1998 . J. Mol. Biol. , 284 : 835 – 848 .
- Still , W. C. , Tempczyk , A. , Hawley , R. C. and Hendrickson , T. J. 1990 . Am. Chem. Soc. , 112 : 6127 – 6129 .
- Jayaram , B. , Sprous , D. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Phys. Chem. B , 102 : 9571 – 976 .
- Jayaram , B. , Liu , Y. and Beveridge , D. L. 1998 . J. Chem. Phys. , 109 : 1465 – 1471 .
- Weiser , J. , Shenkin , P. S. and Still , W. C. 1999 . J. Comp. Chem. , 20 ( 2 ) : 217 – 230 .
- Sakata , T. , Hiroaki , H. , Oda , Y. , Tanaka , T. , Ikehara , M. and Uesugi , S. 1990 . Nucl. Acids. Res. , 18 : 3831 – 3839 .
- Puglisi , J. D. and Tinoco , I. Jr. 1989 . In: Methods in enzymology , 180 : 304 – 325 .
- Sclavi , B. , Sullivan , M. , Chance , M. R. , Brenowitz , M. and Woodson , S. A. 1998 . Science , 279 : 1940 – 1943 .
- Mathews , D. H. , Sabina , J. , Zuker , M. and Turner , D. H. 1999 . J. Mol. Bio. , 288 : 911 – 940 .
- Gluick , T. C. , Gerstner , R. B. and Draper , D. E. 1997 . J. Mol. Biol. , 270 : 451 – 463 .
- Akke , M. , Fiala , R. , Jiang , F. and Patel , D. 1997 . RNA , 3 : 702 – 709 .
- Misra , V. K. and Draper , D. E. 1998 . Biopolymers , 48 : 113 – 135 .
- Batey , R. T. and Williamson , J. R. 1998 . RNA , 4 : 984 – 997 .
- Orr , J. W. , Hagerman , P. J. and Williamson , J. R. 1998 . J. Mol. Biol. , 275 : 453 – 464 .
- Norberg , J. and Nilsson , L. 1998 . Biophysical Journal , 74 : 394 – 402 .