Force Field Dependence of NMR-Based, Restrained Molecular Dynamics DNA Structure Calculations Including an Analysis of the Influence of Residual Dipolar Coupling Restraints

References and Footnotes

• Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. Jr. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
   Web of Science ®Google Scholar
• MacKerell , A. D. Jr. , Wiorkiewicz-Kuczera , J. and Karplus , M. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 11946 – 11975 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Feig , M. and Pettitt , B. M. 1998 . Biophys. J. , 75 : 134 – 149 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lepore , S. , Mauffret , O. , Tevanian , G. , Lescot , E. , Monnot , M. and Fermandjian , S. 1999 . Nucleic Acids Res. , 27 : 4759 – 4767 .
   PubMedGoogle Scholar
• McAteer , K. , Ellis , P. D. and Kennedy , M. A. 1995 . Nucleic Acids Res. , 23 : 3962 – 3966 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• McAteer , K. and Kennedy , M. A. 2000 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 17 : 1001 – 1009 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tolman , J. R. , Flanagan , J. M. , Kennedy , M. A. and Prestegard , J. H. 1995 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 92 : 9279 – 9283 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tjandra , N. and Bax , A. 1997 . Science , 278 : 1111 – 1114 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Bax , A. and Tjandra , N. 1997 . J. Biomol. NMR , 10 : 289 – 292 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Clore , G. M. , Starich , M. R. , Bewley , C. A. , Cai , M. and Kuszewski , J. 1999 . J. Am. Chem. Soc. , 121 : 6513 – 6514 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Fischer , M. W. F. , Losonczi , J. A. , Weaver , J. L. and Prestegard , J. H. 1999 . Biochemistry , 38 : 9013 – 9022 .
   PubMedGoogle Scholar
• Olejiniczak , E. T. , Meadows , R. P. , Wang , H. , Cai , M. , Nettesheim , D. G. and Fesik , S. W. 1999 . J. Am. Chem. Soc. , 121 : 9249 – 9250 .
   Google Scholar
• Tjandra , N. , Omichinski , J. G. , Gronenborn , A. M. , Clore , G. M. and Bax , A. 1997 . Nature Struct. Biol. , 4 : 732 – 738 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bayer , P. , Varani , L. and Varani , G. 1999 . J. Biomol. NMR , 14 : 149 – 155 .
   PubMedGoogle Scholar
• Mollova , E. T. , Hansen , M. R. and Pardi , A. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 11561 – 11562 .
   Google Scholar
• Sibille , N. , Pardi , A. , Simorre , J.-P. and Blackledge , M. 2001 . J. Am. Chem. Soc. , 123 : 12135 – 12146 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bondensgaard , K. , Mollova , E. T. and Pardi , A. 2002 . Biochemistry , 41 : 11532 – 11542 .
   PubMedGoogle Scholar
• Kennedy , M. A. , McAteer , K. , Michalczyk , M. , Schmidt , J. , Isern , N. , Silks , L. A. and Unkefer , C. J. “ Invited talk ” . In 41^st Experimental NMR Conference Asilomar , CA
   Google Scholar
• Vermeulen , A. , Zhou , H. and Pardi , A. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 9638 – 9647 .
   Google Scholar
• Tjandra , N. , Tate , S. , Ono , A. , Kainosho , M. and Bax , A. 2000 . J. Am. Chem. Soc. , 122 : 6190 – 6200 .
   Google Scholar
• MacDonald , D. , Herbert , K. , Zhang , X. , Pologruto , T. and Lu , P. 2001 . J. Mol. Biol. , 306 : 1081 – 1098 .
   PubMedGoogle Scholar
• Al-Hashimi , H. M. , Mujamdar , A. , Gorin , A. , Kettani , A. , Skripkin , E. and Patel , D. J. 2001 . J. Am. Chem. Soc. , 123 : 633 – 640 .
   PubMedGoogle Scholar
• Al-Hashimi , H. M. , Gorin , A. , Mujamdar , A. and Patel , D. J. 2001 . J. Am. Chem. Soc. , 123 : 3179 – 3180 .
   PubMedGoogle Scholar
• Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Weiner , S. J. , Kollman , P. A. , Case , D. A. , Singh , U. C. , Ghio , C. , Alagona , G. , Profeta , S. J. and Weiner , P. 1984 . J. Am. Chem. Soc. , 106 : 765 – 784 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Arnott , S. and Hukins , D. W. L. 1972 . Biochem. Biophys. Res. Comm. , 47 : 1504 – 1509 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Arnott , S. , Hukins , D. W. L. and Dover , S. D. 1972 . Biochem. Biophys. Res. Comm. , 48 : 1392 – 1399 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Arnott , S. and Selsing , E. 1974 . J. Mol. Biol. , 88 : 509 – 521 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Brünger , A. T. 1992 . X-PLOR, Version 3.1: A System for X-Ray Crystallography and NMR. New Haven , CT : Yale University Press .
   Google Scholar
• McAteer , K. , Jing , Y. , Kao , J. , Taylor , J.-S. and Kennedy , M. A. 1998 . J. Mol. Biol. , 282 : 1013 – 1032 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ravishanker , G. , Swaminathan , S. , Beveridge , D. L. , Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 669 – 699 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 655 – 667 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Konerding , D. E. , Cheatham , T. E. , Kollman , P. A. and James , T. L. 1999 . J. Biomol. NMR , 13 : 119 – 131 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Wang , J. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Siebel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 2002 . AMBER 7. San Francisco : University of California .
   Google Scholar
• Ulyanov , N. B. , Gorin , A. A. , Zhurkin , V. B. , Chen , B.-C. , Sarma , M. H. and Sarma , R. H. 1992 . Biochemistry , 31 : 3918 – 3930 .
   PubMedGoogle Scholar
• Lefebvre , A. , Fermandjian , S. and Hartmann , B. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 3855 – 3862 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Güntert , P. , Mumenthaler , C. and Wüthrich , K. 1997 . J. Mol. Biol. , 273 : 283 – 298 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Arnott , S. , Chandrasekaran , R. , Birdsall , D. L. , Leslie , A. G. W. and Ratliff , R. L. 1980 . Nature , 283 : 743 – 746 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar