Reference and Footnotes
- Woese , C. R. , Winker , S. and Gutell , R. R. 1990 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 87 : 8467 – 8471 .
- Proctor , D. J. , Schaak , J. E. , Bevilacqua , J. M. , Falzone , C. J. and Bevilacqua , P. C. 2002 . Biochemistry , 41 : 12062 – 12075 .
- Cate , J. H. , Gooding , A. R. , Podell , E. , Zhou , K. H. , Golden , B. L. , Kundrot , C. E. , Cech , T. R. and Doudna , J. A. 1996 . Science , 273 : 1678 – 1685 .
- Cate , J. H. , Gooding , A. R. , Podell , E. , Zhou , K. H. , Golden , B. L. , Szewczak , A. A. , Kundrot , C. E. , Cech , T. R. and Doudna , J. A. 1996 . Science , 273 : 1696 – 1699 .
- Belanger , F. , Leger , M. , Saraiya , A. A. , Cunningham , P. R. and Brakier-Gingras , L. 2002 . J. Mol. Biol. , 320 : 979 – 989 .
- Gluck , A. , Endo , Y. and Wool , I. G. 1992 . J. Mol. Biol. , 226 : 411 – 424 .
- Jucker , F. M. , Heus , H. A. , Yip , P. F. , Moors , E. H. and Pardi , A. 1996 . J. Mol. Biol. , 264 : 968 – 980 .
- Correll , C. C. and Swinger , K. 2003 . RNA , 9 : 355 – 363 .
- Antao , V. P. and Tinoco , I. Jr . 1992 . Nucleic Acids Res. , 20 : 819 – 824 .
- Dale , T. , Smith , R. and Serra , M. J. 2000 . RNA , 6 : 608 – 615 .
- SantaLucia , J. Jr. , Kierzek , R. and Turner , D. H. 1992 . Science , 256 : 217 – 219 .
- Worner , K. , Strube , T. and Engels , J. W. 1999 . Helv. Chim. Acta , 82 : 2094 – 2104 .
- Sarzynska , J. , Nilsson , L. and Kulinski , T. 2003 . Biophys. J. , 85 : 3445 – 3459 .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J. Chem. Phys. , 98 : 10089 – 10092 .
- Cheatham , T. E. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 1999 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 845 – 862 .
- Cornell , W. D. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179
- Foloppe , N. and MacKerell , A. D. 2000 . J. Comp. Chem. , 21 : 86 – 104 .
- Cheatham , T. E. and Young , M. A. 2000 . Biopolymers , 56 : 232 – 256 .
- Norberg , J. and Nilsson , L. 2002 . Acc. Chem. Res. , 35 : 465 – 472 .
- Orozco , M. , Perez , A. , Noy , A. and Luque , F. J. 2003 . Chem. Soc. Rev. , 32 : 350 – 364 .
- Wang , W. , Donini , O. , Reyes , C. M. and Kollman , P. A. 2001 . Annu. Rev. Biophys. Biomol. , 30 : 211 – 243 .
- Giudice , E. and Lavery , R. 2002 . Accounts Chem. Res. , 35 : 350 – 357 .
- Cheatham , T. E. 2004 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 14 : 360 – 367 .
- Auffinger , P. , Bielecki , L. and Westhof , E. 2003 . Chem. Biol. , 10 : 551 – 561 .
- Auffinger , P. , Bielecki , L. and Westhof , E. 2004 . J. Mol. Biol. , 335 : 555 – 571 .
- Reblova , K. , Spackova , N. , Stefl , R. , Csaszar , K. , Koca , J. , Leontis , N. B. and Sponer , J. 2003 . Biophys. J. , 84 : 3564 – 3582 .
- Csaszar , K. , Spackova , N. , Stefl , R. , Sponer , J. and Leontis , N. B. 2001 . J. Mol. Biol. , 313 : 1073 – 1091 .
- Aci , S. , Gangneux , L. , Paoletti , J. and Genest , D. 2004 . Biopolymers , 74 : 177 – 188 .
- Beaurain , F. and Laguerre , M. 2003 . Oligonucleotides , 13 : 501 – 514 .
- Beaurain , F. , Di Primo , C. , Toulme , J. J. and Laguerre , M. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 4275 – 4284 .
- Avino , A. , Cubero , E. , Gonzalez , C. , Eritja , R. and Orozco , M. 2003 . J. Am. Chem. Soc. , 125 : 16127 – 16138 .
- Cubero , E. , Guimil-Garcia , R. , Luque , F. J. , Eritja , R. and Orozco , M. 2001 . Nucleic Acids Res. , 29 : 2522 – 2534 .
- Florián , J. , Goodman , M. F. and Warshel , A. 2000 . J. Phys. Chem. B , 104 : 10092 – 10099 .
- Sen , S. and Nilsson , L. 1999 . Biophys. J. , 77 : 1801 – 1810 .
- Singh , S. B. and Kollman , P. A. 1996 . Biophys. J. , 70 : 1940 – 1948 .
- Williams , D. J. and Hall , K. B. 2000 . J. Mol. Biol. , 297 : 251 – 265 .
- Sarzynska , J. , Kulinska , K. and Kulinski , T. 2003 . Computational Methods in Science and Technology , 9 : 127 – 135 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J. Comp. Chem. , 4 : 187 – 217 .
- MacKerell , D. A. Jr. , Brooks , B. , Brooks , C. L. II , Nilsson , L. , Roux , B. and Karplus , M. 1998 . Encyclopedia of Computational Chemistry Edited by: Schleyer , P. v.R. 271 – 277 . Chichester , , UK : John Wiley & Sons .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J. Chem. Phys. , 79 : 926 – 935 .
- Feller , S. E. , Zhang , Y. , Pastor , R. W. and Brooks , B. R. 1995 . J. Chem. Phys. , 103 : 4613 – 4621 .
- Hoover , W. G. 1985 . Phys. Rev. A , 31 : 1695 – 1697 .
- Ryckaert , J.-P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J. Comp. Phys. , 23 : 327 – 341 .
- Kraulis , P. J. 1991 . J. Appl. Cryst. , 24 : 946 – 950 .
- Kollman , P. 1993 . Chem. Rev. , 93 : 2395 – 2417 .
- Pearlman , D. A. and Govinda , R. 1998 . Encyclopedia of Computational Chemistry Edited by: Schleyer , P. v.R. 1036 – 1061 . Chichester , , UK : John Wiley & Sons .
- Mark , A. E. 1998 . Encyclopedia of Computational Chemistry Edited by: Schleyer , P. v.R. 1070 – 1083 . Chichester , , UK : John Wiley & Sons .
- Straatsma , T. P. and McCammon , J. A. 1992 . Annu. Rev. Phys. Chem. , 43 : 407 – 435 .
- Jorgensen , W. J. 1998 . Encyclopedia of Computational Chemistry Edited by: Schleyer , P. v.R. 1061 – 1070 . Chichester , , UK : John Wiley & Sons .
- Saenger , W. 1984 . Priciples of Nucleic Acid Structure. New York : Springer-Verlag .
- Sarzynska , J. , Kulinski , T. and Nilsson , L. 2000 . Biophys. J. , 79 : 1213 – 1227 .
- Staple , D. W. and Butcher , S. E. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 4326 – 4331 .
- Moody , E. M. , Feerrar , J. C. and Bevilacqua , P. C. 2004 . Biochemistry , 43 : 7992 – 7998 .
- Fagan , P. A. , Fabrega , C. , Eritja , R. , Goodman , M. F. and Wemmer , D. E. 1996 . Biochemistry , 35 : 4026 – 4033 .
- Williams , D. J. and Hall , K. B. 2000 . J. Mol. Biol. , 297 : 1045 – 1061 .
- Zichi , D. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 2957 – 2969 .
- Schneider , C. , Brandl , M. and Suhnel , J. 2001 . J. Mol. Biol. , 305 : 659 – 667 .