References and Footnotes
- Kim , S. H. , Suddath , F. L. , Quigley , G. J. , McPherson , A. , Sussman , J. L. , Wang , A. H. , Seeman , N. C. and Rich , A. 1974 . Science , 185 : 435 – 440 .
- Robertus , J. D. , Ladner , J. E. , Finch , J. T. , Rhodes , D. , Brown , R. S. , Clark , B. F. and Klug , A. 1974 . Nature , 250 : 546 – 551 .
- Doherty , E. A. and Doudna , J. A. 2000 . Annu Rev Biochem , 69 : 597 – 615 .
- Noller , H. F. 2005 . Science , 309 : 1508 – 1514 .
- Selmer , M. , Dunham , C. M. , Murphy , F. V. T. , Weixlbaumer , A. , Petry , S. , Kelley , A. C. , Weir , J. R. and Ramakrishnan , V. 2006 . Science , 313 : 1935 – 1942 .
- Moore , P. B. 1999 . Annu Rev Biochem , 68 : 287 – 300 .
- Leontis , N. B. and Westhof , E. 2003 . Curr Opin Struct Biol , 13 : 300 – 308 .
- Patel , D. J. 1998 . Biopolymers , 48 : 97 – 100 .
- Woese , C. R. , Winker , S. and Gutell , R. R. 1990 . Proc Natl Acad Sci USA , 87 : 8467 – 8471 .
- Tuerk , C. , Gauss , P. , Thermes , C. , Groebe , D. R. , Gayle , M. , Guild , N. , Stormo , G. , d'Aubenton-Carafa , Y. , Uhlenbeck , O. C. , Tinoco , I. Jr. and et al . 1988 . Proc Natl Acad Sci USA , 85 : 1364 – 1368 .
- Antao , V. P. , Lai , S. Y. and Tinoco , I. Jr. 1991 . Nucleic Acids Res , 19 : 5901 – 5905 .
- Antao , V. P. and Tinoco , I. Jr. 1992 . Nucleic Acids Res , 20 : 819 – 824 .
- Sorin , E. J. , Rhee , Y. M. and Pande , V. S. 2005 . Biophys J , 88 : 2516 – 2524 .
- Sorin , E. J. , Engelhardt , M. A. , Herschlag , D. and Pande , V. S. 2002 . J Mol Biol , 317 : 493 – 506 .
- Williams , D. J. and Hall , K. B. 2000 . J Mol Biol , 297 : 1045 – 1061 .
- Li , W. , Ma , B. and Shapiro , B. 2001 . J Biomol Struct Dyn , 19 : 381 – 396 .
- Sarzynska , J. , Nilsson , L. and Kulinski , T. 2003 . Biophys J , 85 : 3445 – 3459 .
- Koplin , J. , Mu , Y. , Richter , C. , Schwalbe , H. and Stock , G. 2005 . Structure , 13 : 1255 – 1267 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Research , 28 : 235 – 242 .
- Brunger , A. T. and Karplus , M. 1988 . Proteins-Structure Function and Genetics , 4 : 148 – 156 .
- Klosterman , P. S. , Tamura , M. , Holbrook , S. R. and Brenner , S. E. 2002 . Nucleic Acids Research , 30 : 392 – 394 .
- Shi , H. and Moore , P. B. 2000 . RNA , 6 : 1091 – 1105 .
- Auffinger , P. , Bielecki , L. and Westhof , E. 2003 . Chem Biol , 10 : 551 – 561 .
- Rowsell , S. , Stonehouse , N. J. , Convery , M. A. , Adams , C. J. , Ellington , A. D. , Hirao , I. , Peabody , D. S. , Stockley , P. G. and Phillips , S. E. 1998 . Nat Struct Biol , 5 : 970 – 975 .
- Jucker , F. M. and Pardi , A. 1995 . Biochemistry , 34 : 14416 – 14427 .
- Jucker , F. M. , Heus , H. A. , Yip , P. F. , Moors , E. H. and Pardi , A. 1996 . J Mol Biol , 264 : 968 – 980 .
- Wu , H. , Yang , P. K. , Butcher , S. E. , Kang , S. , Chanfreau , G. and Feigon , J. 2001 . Embo J , 20 : 7240 – 7249 .
- Allain , F. H. and Varani , G. 1995 . J Mol Biol , 250 : 333 – 353 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . Journal of Computational Chemistry , 4 : 187 – 217 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . Journal of Chemical Physics , 79 : 926 – 935 .
- Ryckaert , J. P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . Journal of Computational Chemistry , 23 : 327 – 341 .
- De Loof , H. , Nilsson , L. and Rigler , R. 1992 . J Am Chem Soc , 114 : 4028 – 4035 .
- Markham , N. R. and Zuker , M. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : W577 – 581 .
- Zuker , M. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 3406 – 3415 .
- Varnai , P. and Zakrzewska , K. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : 4269 – 4280 .
- Ponomarev , S. Y. , Thayer , K. M. and Beveridge , D. L. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 14771 – 14775 .
- Aqvist , J. 1990 . Journal of Physical Chemistry , 94 : 8021 – 8024 .
- Cates , M. S. , Teodoro , M. L. and Phillips , G. N. Jr. 2002 . Biophys J , 82 : 1133 – 1146 .