References and Footnotes
- Marrone , A. , Walne , A. and Dokal , I. 2005 . Curr Opin Genet Dev , 15 : 249 – 257 .
- Bessler , M. , Wilson , D. B. and Mason , P. J. 2004 . Curr Opin Pediatr , 16 : 23 – 28 .
- Knight , S. , Vulliamy , T. , Copplestone , A. , Gluckman , E. , Mason , P. and Dokal , I. 1998 . Br J Haematol , 103 : 990 – 996 .
- Heiss , N. S. , Knight , S. W. , Vulliamy , T. J. , Klauck , S. M. , Wiemann , S. , Mason , P. J. , Poustka , A. and Dokal , I. 1998 . Nat Genet , 19 : 32 – 38 .
- Hassock , S. , Vetrie , D. and Giannelli , F. 1999 . Genomics , 55 : 21 – 27 .
- Vulliamy , T. , Marrone , A. , Goldman , F. , Dearlove , A. , Bessler , M. , Mason , P. J. and Dokal , I. 2001 . Nature , 413 : 432 – 435 .
- Handley , T. P. , Mccaul , J. A. and Ogden , G. R. 2005 . Oral Oncol ,
- Goldman , F. , Bouarich , R. , Kulkarni , S. , Freeman , S. , Du , H. Y. , Harrington , L. , Mason , P. J. , Londono-Vallejo , A. and Bessler , M. 2005 . Proc Natl Acad Sci USA , 102 : 17119 – 17124 .
- Vulliamy , T. J. , Knight , S. W. , Mason , P. J. and Dokal , I. 2001 . Blood Cells Mol Dis , 27 : 353 – 357 .
- Shay , J. W. and Wright , W. E. 2004 . Nat Genet , 36 : 437 – 438 .
- Yamaguchi , H. , Calado , R. T. , Ly , H. , Kajigaya , S. , Baerlocher , G. M. , Chanock , S. J. , Lansdorp , P. M. and Young , N. S. 2005 . N Engl J Med , 352 : 1413 – 1424 .
- Mason , P. J. , Wilson , D. B. and Bessler , M. 2005 . Curr Mol Med , 5 : 159 – 170 .
- Vulliamy , T. , Marrone , A. , Dokal , I. and Mason , P. J. 2002 . Lancet , 359 : 2168 – 2170 .
- Marciniak , R. and Guarente , L. 2001 . Nature , 413 : 370 – 371 . 373
- Chen , J. L. and Greider , C. W. 2004 . Trends Biochem Sci , 29 : 183 – 192 .
- Chen , J. L. , Blasco , M. A. and Greider , C. W. 2000 . Cell , 100 : 503 – 514 .
- Feng , J. , Funk , W. D. , Wang , S. S. , Weinrich , S. L. , Avilion , A. A. , Chiu , C. P. , Adams , R. R. , Chang , E. , Allsopp , R. C. Yu , J. 1995 . Science , 269 : 1236 – 1241 .
- Martin-Rivera , L. and Blasco , M. A. 2001 . J Biol Chem , 276 : 5856 – 5865 .
- Bachand , F. and Autexier , C. 2001 . Mol Cell Biol , 21 : 1888 – 1897 .
- Comolli , L. R. , Smirnov , I. , Xu , L. , Blackburn , E. H. and James , T. L. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 16998 – 17003 .
- Theimer , C. A. , Finger , L. D. , Trantirek , L. and Feigon , J. 2003 . PNAS , 100 : 449 – 454 .
- Fu , D. and Collins , K. 2003 . Mol Cell , : 1361 – 1372 .
- Theimer , C. A. , Blois , C. A. and Feigon , J. 2005 . Molecular Cell , 17 : 671 – 682 .
- Cerone , M. A. , Ward , R. J. , Londono-Vallejo , J. A. and Autexier , C. 2005 . Cell Cycle , 4 : 585 – 589 .
- Dirks , R. M. and Pierce , N. A. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1295 – 1304 .
- Theimer , C. A. , Finger , L. D. and Feigon , J. 2003 . RNA , 9 : 1446 – 1455 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2005 . Journal of Molecular Biology , 348 : 27 – 42 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2006 . J Mol Graph Model , 25 : 261 – 274 .
- Matinez , H. M. , Maizel , J. Jr. and Shapiro , B. A. (in preparation).
- Wang , J. M. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 2000 . J Comp Chem , 21 : 1049 – 1074 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Wang , J. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 2002 . In San Francisco : University of California .
- Zacharias , M. 2000 . Curr Opin Struct Biol , 10 : 311 – 317 .
- Giudice , E. and Lavery , R. 2002 . Acc Chem Res , 35 : 350 – 357 .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . Curr Opin Struct Biol , 8 : 227 – 236 .
- Cheatham , T. E. 3rd and Kollman , P. A. 2000 . Annu Rev Phys Chem , 51 : 435 – 471 .
- Cheatham , T. E. I. and Young , M. A. 2001 . Biopolymers , 56 : 232 – 256 .
- Auffinger , P. and Vaiana , A. C. 2005 . Molecular Dynamics of RNA Systems. Weinheim : Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA .
- Lee , M. S. , Salsbury , F. R. Jr. and Brooks , C. L. III . 2002 . J Chem Phys , 116 : 10606 – 10614 .
- Feig , M. , Onufriev , A. , Lee , M. S. , Im , W. , Case , D. A. and Brooks , C. L. 3rd. 2004 . J Comput Chem , 25 : 265 – 284 .
- Zhang , L. Y. , Gallicchio , E. , Friesner , R. A. and Levy , R. M. 2001 . J Comp Chem , 22 : 591 – 607 .
- Bashford , D. and Case , D. A. 2000 . Annu Rev Phys Chem , 51 : 129 – 152 .
- Tsui , V. and Case , D. A. 2000 . Biopolymers , 56 : 275 – 291 .
- Weiser , J. , Shenkin , P. S. and Still , W. C. 1999 . J Comp Chem , 20 : 217 – 230 .
- Scarsi , M. , Apostolakis , J. and Caflisch , A. 1998 . J Phys Chem B , 102 : 3637 – 3641 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , Van Gunsteren , W. F. , Dinola , A. and Haak , J. R. J. 1984 . Chem Phys , 81 : 3684 – 3690 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1988 . J Biomol Struct Dyn , 6 : 63 – 91 .
- Bloomfield , V. A. , Crothers , D. M. and Tinoco , I. Jr. 2000 . Nucleic Acids. Sausalito, CA , , USA : University Science Books .
- Tostesen , E. , Jerstad , G. I. and Hovig , E. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : W573 – 576 .
- Blake , R. D. , Bizzaro , J. W. , Blake , J. D. , Day , G. R. , Delcourt , S. G. , Knowles , J. , Marx , K. A. and Santalucia , J. Jr. 1999 . Bioinformatics , 15 : 370 – 375 .
- Markham , N. R. and Zuker , M. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : W577 – 581 .
- Deaton , R. , Garzon , M. , Murphy , R. C. , Rose , J. A. , Franceschetti , D. R. and Stevens , S. E. Jr. 1998 . Physical Review Letters , 80 : 417 – 420 .
- Mergny , J. L. and Lacroix , L. 2003 . Oligonucleotides , 13 : 515 – 537 .
- Lafontaine , D. A. , Norman , D. G. and Lilley , D. M. 2001 . Embo J , 20 : 1415 – 1424 .
- Srinivasan , J. , Miller , J. , Kollman , P. A. and Case , D. A. 1998 . J Biomol Struct Dyn , 16 : 671 – 682 .
- Reyes , C. M. and Kollman , P. A. 2000 . J Mol Biol , 297 : 1145 – 1158 .
- Jayaram , B. , Mcconnell , K. , Dixit , S. B. , Das , A. and Beveridge , D. L. 2002 . J Comput Chem , 23 : 1 – 14 .
- Gohlke , H. , Kiel , C. and Case , D. A. 2003 . J Mol Biol , 330 : 891 – 913 .
- Bea , I. , Gotsev , M. G. , Ivanov , P. M. , Jaime , C. and Kollman , P. A. 2006 . J Org Chem , 71 : 2056 – 2063 .
- Kuhn , B. , Kollman , P. A. and Stahl , M. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1865 – 1872 .
- Zhong , H. and Carlson , H. A. 2005 . Proteins , 58 : 222 – 234 .
- Yan , S. , Wu , M. , Patel , D. J. , Geacintov , N. E. and Broyde , S. 2003 . Biophys J , 84 : 2137 – 2148 .
- Zuker , M. 1996–2005 . Rensselaer Polytechnic Institute
- Leontis , N. B. and Westhof , E. 2001 . RNA , 7 : 499 – 512 .