References and Footnotes
- Ballesteros , J. A. and Weinstein , H. 1995 . Methods Neurosci , 25 : 366 – 428 .
- Ballesteros , J. A. , Jensen , A. D. , Liapakis , G. , Rasmussen , S. G. , Shi , L. , Gether , U. and Javitch , J. A. 2001 . J Biol Chem , 276 : 29171 – 29177 .
- Periole , X. , Ceruso , M. A. and Mehler , E. L. 2004 . Biochemistry , 43 : 6858 – 6864 .
- Ramon , E. , Cordomí , A. , Bosch , L. , Zernii Senin , E. Y. II , Manyosa , J. , Philippov , P. P. , Perez , J. J. and Garriga , P. 2007 . J Biol Chem ,
- Huang , P. , Visiers , I. , Weinstein , H. and Liu-Chen , L. Y. 2002 . Biochemistry , 41 : 11972 – 11980 .
- Li , J. , Huang , P. , Chen , C. , de Riel , J. K. , Weinstein , H. and Liu-Chen , L. Y. 2001 . Biochemistry , 40 : 12039 – 12050 .
- Cohen , G. B. , Yang , T. , Robinson , P. R. and Oprian , D. D. 1993 . Biochemistry , 32 : 6111 – 6115 .
- Palczewski , K. , Kumasaka , T. , Hori , T. , Behnke , C. A. , Motoshima , H. , Fox , B. A. , Le Trong , I. , Teller , D. C. , Okada , T. , Stenkamp , R. E. , Yamamoto , M. and Miyano , M. 2000 . Science , 289 : 739 – 745 .
- Okada , T. , Fujiyoshi , Y. , Silow , M. , Navarro , J. , Landau , E. M. and Shichida , Y. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 5982 – 5987 .
- Okada , T. , Sugihara , M. , Bondar , A. N. , Elstner , M. , Entel , P. and Buss , V. 2004 . J Mol Biol , 342 : 571 – 583 .
- Li , J. , Edwards , P. C. , Burghammer , M. , Villa , C. and Schertler , G. F. X. 2004 . J Mol Biol , 343 : 1409 – 1438 .
- Teller , D. C. , Okada , T. , Behnke , C. A. , Palczewski , K. and Stenkamp , R. E. 2001 . Biochemistry , 40 : 7761 – 7772 .
- Cherezov , V. , Rosenbaum , D. M. , Hanson , M. A. , Rasmussen , S. G. , Thian , F. S. , Kobilka , T. S. , Choi , H. J. , Kuhn , P. , Weis , W. I. , Kobilka , B. K. and Stevens , R. C. 2007 . Science
- Rosenbaum , D. M. , Cherezov , V. , Hanson , M. A. , Rasmussen , S. G. , Thian , F. S. , Kobilka , T. S. , Choi , H. J. , Yao , X. J. , Weis , W. I. , Stevens , R. C. and Kobilka , B. K. 2007 . Science
- Rasmussen , S. G. , Choi , H. J. , Rosenbaum , D. M. , Kobilka , T. S. , Thian , F. S. , Edwards , P. C. , Burghammer , M. , Ratnala , V. R. , Sanishvili , R. , Fischetti , R. F. , Schertler , G. F. , Weis , W. I. and Kobilka , B. K. 2007 . Nature
- Scheer , A. , Fanelli , F. , Costa , T. , De Benedetti , P. G. and Cotecchia , S. 1996 . Embo J , 15 : 3566 – 3578 .
- Urizar , E. , Claeysen , S. , Deupi , X. , Govaerts , C. , Costagliola , S. , Vassart , G. and Pardo , L. 2005 . J Biol Chem , 280 : 17135 – 17141 .
- Cordomi , A. , Edholm , O. and Perez , J. J. 2007 . J Comput Chem , 28 : 1017 – 1030 .
- Huber , T. , Botelho , A. V. , Beyer , K. and Brown , M. F. 2004 . Biophys J , 86 : 2078 – 2100 .
- Saam , J. , Tajkhorshid , E. , Hayashi , S. and Schulten , K. 2002 . Biophys J , 83 : 3097 – 3112 .
- Crozier , P. S. , Stevens , M. J. , Forrest , L. R. and Woolf , T. B. 2003 . J Mol Biol , 333 : 493 – 514 .
- Pitman , M. C. , Grossfield , A. , Suits , F. and Feller , S. E. 2005 . J Am Chem Soc , 127 : 4576 – 4577 .
- Grossfield , A. , Feller , S. E. and Pitman , M. C. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA , 103 : 4888 – 4893 .
- Schlegel , B. , Sippl , W. and Holtje , H. D. 2005 . J Mol Model (Online) , 12 : 49 – 64 .
- Cordomi , A. and Perez , J. J. 2007 . J Phys Chem B , 111 : 7052 – 7063 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Fahmy , K. , Jager , F. , Beck , M. , Zvyaga , T. A. , Sakmar , T. P. and Siebert , F. 1993 . Proc Natl Acad Sci USA , 90 : 10206 – 10210 .
- Lindahl , E. and Edholm , O. 2000 . Biophys J , 79 : 426 – 433 .
- Nagle , J. F. and Tristram-Nagle , S. 2000 . Biochim Biophys Acta , 1469 : 159 – 195 .
- Patra , M. , Karttunen , M. , Hyvönen , M. T. , Falck , E. , Lindqvist , P. and Vattulainen , I. 2003 . Biophys J , 84 : 3636 – 3645 .
- Smondyrev , A. M. and Berkowitz , M. L. 1999 . J Comput Chem , 20 : 531 – 545 .
- Tieleman , D. P. and Berendsen , H. J. C. 1996 . J Chem Phys , 105 : 4871 – 4880 .
- Anézo , C. , de Vries , A. H. , Holtje , H. D. , Tieleman , D. P. and Marrink , S. J. 2003 . J Phys Chem B , 107 : 9424 – 9433 .
- Berger , O. , Edholm , O. and Jähnig , F. 1997 . Biophys J , 72 : 2002 – 2013 .
- Cordomí , A. and Perez , J. J. 2007 . J Phys Chem B , 111 : 7052 – 7063 .
- Berendsen , H. J. C. , van der Spoel , D. and van Drunen , R. 1995 . Comput Phys Commun , 91 : 43 – 56 .
- Lindahl , E. , Hess , B. and van der Spoel , D. 2001 . J Mol Model , 7 : 306 – 317 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , DiNola , A. and Haak , J. R. 1984 . J Chem Phys , 81 : 3684
- Hess , B. , Bekker , H. , Berendsen , H. J. C. and Fraaije , J. G.E. M. 1997 . J Comput Chem , 18 : 1463 – 1472 .
- Miyamoto , S. and Kollman , P. A. 1992 . J Comput Chem , 13 : 952 – 962 .
- Wohlert , J. and Edholm , O. 2004 . Biophys J , 87 : 2433 – 2445 .
- Klauda , J. B. , Brooks , B. R. and Pastor , R. W. 2006 . J Chem Phys , 125 : 144710
- Venable , R. M. , Brooks , B. R. and Pastor , R. W. 2000 . J Chem Phys , 112 : 4822 – 4832 .
- Tobias , D. J. 2001 . Current Opinion in Structural Biology , 11 : 253 – 261 .
- Patra , M. , Karttunen , M. , Hyvonen , M. T. , Falck , E. and Vattulainen , I. 2004 . J Phys Chem B , 108 : 4485 – 4494 .
- Cordomí , A. , Edholm , O. and Perez , J. J. 2007 . J Comput Chem , 28 : 1017 – 1030 .
- Tieleman , D. P. , Hess , B. and Sansom , M. S. P. 2002 . Biophys J , 83 : 2393 – 2407 .
- Jorgensen , W. L. , Maxwell , D. S. and TiradoRives , J. 1996 . J Am Chem Soc , 118 : 11225 – 11236 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Hayashi , S. , Tajkhorshid , E. and Schulten , K. 2002 . Biophys J , 83 : 1281 – 1297 .
- Kong , Y. F. and Karplus , M. 2007 . Structure , 15 : 611 – 623 .
- Faraldo-Gomez , J. D. , Forrest , L. R. , Baaden , M. , Bond , P. J. , Domene , C. , Patargias , G. , Cuthbertson , J. and Sansom , M. S. 2004 . Proteins , 57 : 783 – 791 .
- Grossfield , A. , Feller , S. E. and Pitman , M. C. 2007 . Proteins , 67 : 31 – 40 .
- Isin , B. , Rader , A. J. , Dhiman , H. K. , Klein-Seetharaman , J. and Bahar , I. 2006 . Proteins-Structure Function and Bioinformatics , 65 : 970 – 983 .
- Govaerts , C. , Lefort , A. , Costagliola , S. , Wodak , S. J. , Ballesteros , J. A. , Van Sande , J. , Pardo , L. and Vassart , G. 2001 . J Biol Chem , 276 : 22991 – 22999 .
- Flanagan , C. A. 2005 . Mol Pharmacol , 68 : 1 – 3 .
- Vogel , R. , Sakmar , T. P. , Sheves , M. and Siebert , F. 2007 . Photochem Photobiol , 83 : 286 – 92 .