References and Footnotes
- Dobson , C. M. 2003 . Nature , 426 : 884 – 890 .
- Duan , Y. and Kollman , P. A. 2001 . IBM System Journal , 40 : 297 – 309 .
- Rose , G. D. , Fleming , P. J. , Bana Var , J. R. and Maritan , A. 2006 . PNAS , 103 : 16623 – 16633 .
- Murzin , A. G. 2001 . Nature structural biology , 8 : 110 – 112 .
- Schonbrun , J. , Wedemeyer , W. J. and Baker , D. 2002 . Current Opinion in Structure Biology , 12 : 348 – 354 .
- Moult , J. , Fidelis , K. , Zemla , A. and Hubbard , T. 2001 . Proteins , 45 ( suppl 5 ) : 2 – 7 .
- Simmerling , C. , Strockbine , B. and Roitberg , A. E. 2002 . J Am Chem Soc , 124 : 11258 – 11259 .
- Chowdhury , S. , Lee , M. C. , Xiong , G. and Duan , Y. 2003 . J Mol Biol , 327 : 711 – 717 .
- Onuchic , J. N. and Wolynes , P. G. 2004 . Current opinion in structural biology , 14 : 70 – 75 .
- Kubelka , J. , Hofrichter , J. and Eaton , W. A. 2004 . Current opinion in structural biology , 14 : 76 – 88 .
- Juraszek , J. and Bolhuis , P. G. PNAS , 103 15859 – 15864 .
- Rueda , M. , Ferrer-Costa , C. , Meyer , T. , Perez , A. , Camps , J. , Hospital , A. , Gelpi , J. L. and Orozco , M. PNAS , 104 796 – 801 .
- Snow , C. D. , Nguyen , H. , Pande , V. S. and Gruebele , M. 2002 . Nature , 420 : 102 – 106 .
- Mayor , U. , Guydosh , N. R. , Johnson , C. M. , Grossmann , J. G. , Sato , S. , Jas , G. S. , Freund , S. M. V. , Alonso , D. O. V. , Daggett , V. and Fersht , A. R. 2003 . Nature , 421 : 863 – 870 .
- Kazmirski , S. L. , Wong , K.-B. , Freund , S. M. V. , Tan , Y.-J. , Fersht , A. R. and Daggett , V. 2001 . PNAS , 98 : 4349 – 4354 .
- Schuler , B. , Lipman , E. A. and Eaton , W. A. 2002 . Nature , 419 : 743 – 747 .
- Sato , S. , Religa , T. L. , Daggett , V. and Fersht , A. R. 2004 . PNAS , 101 : 6952 – 6956 .
- Zhuang , X. and Rief , M. 2003 . Current opinion in structural biology , 13 : 88 – 97 .
- Rhoades , E. , Gussakovsky , E. and Haran , G. 2003 . PNAS , 100 : 3197 – 3202 .
- Krivov , S. V. and Karplus , M. 2004 . PNAS , 101 : 14766 – 14770 .
- Rao , F. and Caflisch , A. 2004 . J Mol Bio , 342 : 299 – 306 .
- Li , D. w. , Li , H. and Huo , S. 2007 . J Phys Chem B , 111 : 5425 – 5433 .
- Fernandez , J. M. and Li , H. 2004 . Science , 303 : 1674 – 1678 .
- Karplus , L. T. M. 1997 . Science , 278 : 1928 – 1931 .
- Sham , Y. Y. , Ma , B. , Tsai , C. and Nussinov , R. 2002 . Proteins , 46 : 308 – 320 .
- Finkelstein , A. V. 1997 . Protein Engng , 10 : 843 – 845 .
- Clementi , C. , Nymeyer , H. and Onuchic , J. N. 2000 . J Mol Biol , 298 : 937 – 953 .
- Alm , E. and Baker , D. 1999 . PNAS , 96 : 11305 – 11310 .
- Munoz , V. and Eaton , W. A. 1999 . PNAS , 96 : 11311 – 11316 .
- Kazmirski , S. L. , Aijun , L. and Daggett , V. 1999 . J Mol Biol , 290 : 283 – 304 .
- Gronenborn , A. M. , Filpula , D. R. , Essig , N. Z. , Achari , A. , Whitlow , M. , Wingfield , P. T. and Clore , G. M. 1991 . Science , 253 : 657 – 661 .
- Gallagher , T. , Alexander , P. , Bryan , P. and Gilliland , G. L. 1994 . Biochemistry , 33 : 4721 – 4729 .
- Cao , Y. and Li , H. 2008 . J Mol Biol , 375 : 316 – 324 .
- Kmiecik , S. and Kolinski , A. 2008 . Biophys J , 94 : 726 – 736 .
- Weinstock , D. S. , Narayanan , C. , Felts , A. K. , Andrec , M. , Levy , R. M. , Wu , K. P. and Baum , J. 2007 . J Am Chem Soc , 129 : 4858 – 4859 .
- Wang , J. H. , Zhang , Z. , Liu , H. and Shi , Y. 2003 . Phys Rev E , 67 : 061903
- Spoel , D. v. , Drunen , R. v. and Berendsen , H. J. C. 1999 . Bioson Research Institute Nijenborgh Report No.4 NL-9717 AG Groningen. (unpublished)
- Hess , B. , Bekker , H. , Berendsen , H. J. C. and Fraaije , J. G.E. M. 1997 . J Comput Chem , 18 : 1463 – 1472 .
- Berendsen , H. J. C. , Grigera , J. R. and Straatsma , T. P. 1987 . J Phys Chem , 91 : 6269 – 6271 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , van Gunsteren , W. F. , Nola , A. Di. and Haak , J. R. 1984 . J Chem Phys , 81 : 3684 – 3690 .
- Zhou , H. and Zhou , Y. 2002 . Biophysical Journal , 82 : 458 – 463 .
- Sharaf , M. A. , Illman , D. L. and Kowalsk , B. R. 1986 . Chemometrics. New York : Wiley .
- Goldenberg , D. P. and Creighton , T. E. 1985 . Biopolymers , 24 : 167 – 182 .
- Jackson , S. E. and Fersht , A. R. 1991 . Biochemistry , 30 : 10436 – 10443 .
- Li , A. and Daggett , V. 1996 . J Mol Biol , 257 : 412 – 429 .
- Sheinerman , F. B. and Brooks , C. L. III . 1998 . J Mol Biol , 278 : 439 – 456 .
- Plaxco , K. W. and Gross , M. 2001 . Nature structure biology , 8 : 659 – 660 .
- Alexander , P. , Orban , J. and Bryan , P. 1992 . Biochemistry , 31 : 7243 – 7248 .
- Park , S. H. , O'Neil , K. T. and Roder , H. 1997 . Biochemistry , 36 : 14277 – 14283 .
- Park , S. H. , Shastry , M. C. R. and Roder , H. 1999 . Nature Structural Biology , 6 : 943 – 947 .
- Bryngelson , J. D. , Onuchic , J. N. , Socci , N. D. and Wolynes , P. G. 1995 . Proteins: Struct Funct Genet , 21 : 167 – 195 .