References and Footnotes
- Bulmer , M. 1991 . Genetics , 129 : 897 – 907 .
- Gupta , S. K. and Ghosh , T. C. 2001 . Gene , 273 : 63 – 70 .
- Basak , S. and Ghosh , T. C. 2005 . Biochem Biophys Res Commun , 330 : 629 – 632 .
- Duret , L. 2000 . Trends Genet , 16 : 287 – 289 .
- Powell , J. R. and Moriyama , E. N. 1997 . Proc Natl Acad Sci USA , 94 : 7784 – 7790 .
- Ikemura , T. 1982 . J Mol Biol , 158 : 573 – 597 .
- Andersson , S. G. and Kurland , C. G. 1990 . Microbiol Rev , 54 : 198 – 210 .
- Bulmer , M. 1990 . Nucleic Acids Res , 18 : 2869 – 2873 .
- Kahali , B. , Basak , S. and Ghosh , T. C. 2007 . Biochem Biophys Res Commun , 354 : 693 – 699 .
- Mukhopadhyay , P. , Basak , S. and Ghosh , T. C. 2007 . Gene , 400 : 71 – 81 .
- Katz , L. and Burge , C. B. 2003 . Genome Res , 13 : 2042 – 2051 .
- Lewis , J. P. , Plata , K. , Yu , F. , Rosato , A. and Anaya , C. 2006 . Microbiology , 152 : 3367 – 3382 .
- Stenoien , H. K. and Stephan , W. 2005 . J Mol Evol , 61 : 306 – 314 .
- Sharp , P. M. and Li , W. H. 1986 . Nucleic Acids Res , 14 : 7737 – 7749 .
- dos Reis , M. , Wernisch , L. and Savva , R. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 6976 – 6985 .
- Bernstein , J. A. , Khodursky , A. B. , Lin , P. H. , Lin-Chao , S. and Cohen , S. N. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 9697 – 9702 .
- Sharp , P. M. and Li , W. H. 1987 . Nucleic Acids Res , 15 : 1281 – 1295 .
- Zuker , M. and Stiegler , P. 1981 . Nucleic Acids Res , 9 : 133 – 148 .
- Archetti , M. 2004 . J Mol Evol , 59 : 400 – 415 .
- Sharp , P. M. and Matassi , G. 1994 . Curr Opin Genet Dev , 4 : 851 – 860 .
- Ikemura , T. 1981 . J Mol Biol , 146 : 1 – 21 .
- Ikemura , T. 1985 . Mol Biol Evol , 2 : 13 – 34 .
- Matthews , D. H. , Sabina , J. , Zuker , M. and Turner , D. H. 1999 . J Mol Biol , 288 : 911 – 940 .
- Meyer , I. M. and Miklos , I. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : 6338 – 6348 .
- Seffens , W. and Digby , D. 1999 . Nucleic Acids Res , 27 : 1578 – 1584 .
- Carlini , D. B. , Chen , Y. and Stephan , W. 2001 . Genetics , 159 : 623 – 633 .
- Weik , M. , Modrof , J. , Klenk , H. D. , Becker , S. and Muhlberger , E. 2002 . J Virol , 76 : 8532 – 8539 .
- Schmittgen , T. D. , Danenberg , K. D. , Horikoshi , T. , Lenz , H. J. and Danenberg , P. V. 1994 . J Biol Chem , 269 : 16269 – 16275 .
- Jia , M. and Li , Y. 2005 . FEBS Lett , 579 : 5333 – 5337 .
- Richter , S. N. , Belanger , F. , Zheng , P. and Rana , T. M. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : 4278 – 4292 .
- Akashi , H. 1996 . Genetics , 144 : 1297 – 1307 .
- Eyre-Walker , A. 1996 . Mol Biol Evol , 13 : 864 – 872 .