References and Footnotes
- Hartley , O. , Klasse , P. J. , Sattentau , Q. J. and Moore , J. P. 2005 . AIDS Res Hum Retroviruses , 21 : 171 – 189 .
- Sirois , S. , Sing , T. and Chou , K. C. 2005 . Curr Protein Pept Sci , 6 : 413 – 422 .
- Endrich , M. M. and Gehring , H. 1998 . Eur J Biochem , 252 : 441 – 446 .
- Galat , A. and Metcalfe , S. M. 1995 . Prog Biophys Mol Biol , 63 : 67 – 118 .
- Barik , S. 2006 . Cell Mol Life Sci , 63 : 2889 – 2900 .
- Baker , E. K. , Colley , N. J. and Zuker , C. S. EMBO , J13 4886 – 4895 .
- Ferreira , P. A. , Nakayama , T. A. and Travis , G. H. 1997 . Proc Natl Acad Sci USA , 94 : 1556 – 1561 .
- Hacker , J. and Fischer , J. 1993 . Mol Microbiol , 10 : 445 – 456 .
- Moro , A. , Ruiz-Cabello , F. , Fernandez-Cano , A. , Stock , R. P. and Gonzalez , A. 1995 . EMBO J , 14 : 2483 – 2490 .
- Spik , G. , Haendler , B. , Delmas , O. , Mariller , C. , Chamoux , M. , Maes , P. , Tartar , A. , Montreuil , J. , Stedman , K. , Kocher , H. P. , Keller , R. , Hiestand , P. C. and Movva , N. R. 1991 . J Biol Chem , 266 : 10735 – 10738 .
- Allain , F. , Boutillon , C. , Mariller , C. and Spik , G. 1995 . J Immunol Methods , 178 : 113 – 120 .
- Endrich , M. M. , Grossenbacher , D. , Geistlich , A. and Gehring , H. 1996 . Biol Cell , 88 : 15 – 22 .
- Sherry , B. , Yarlett , N. , Strupp , A. and Cerami , A. 1992 . Proc Natl Acad Sci USA , 89 : 3511 – 3515 .
- Xu , Q. , Leiva , M. C. , Fischkoff , S. A. , Handschumacher , R. E. and Lyttle , C. R. 1992 . J Biol Chem , 267 : 11968 – 11971 .
- Bang , M. , Muller , W. , Hans , M. , Brune , K. and Swandulla , D. 1995 . Proc Natl Acad Sci USA , 92 : 3435 – 3438 .
- Saphire , A. C. S. , Bobardt , M. D. and Gallay , P. A. 1999 . EMBO J , 18 : 6771 – 6785 .
- Franke , E. K. , Yuan , H. E. H. and Luban , J. 1994 . Nature , 372 : 359 – 362 .
- Thali , M. , Bukovsky , A. , Kondo , E. , Rosenwirth , B. , Walsh , C. T. , Sodroski , J. and Got- tlinger , H. G. 1994 . Nature , 372 : 363 – 365 .
- Colgan , J. , Yuan , H. E. H. , Franke , E. K. and Luban , J. 1996 . J Virol , 70 : 4299 – 4310 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J. B. , Meyer , E. F. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J Mol Biol , 112 : 535 – 542 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Research , 28 : 235 – 242 .
- Sherman , S. A. , Andrianov , A. M. and Akhrem , A. A. 1987 . J Biomol Struct Dynam , 4 : 869 – 884 .
- Sherman , S. A. , Andrianov , A. M. and Akhrem , A. A. 1989 . Konformatsionnyi analiz i ustanovlenie prostranstvennoi struktury belkovykh molekul (Conformational Analysis and Establishment of Spatial Protein Structure) 240 Nauka i Tekhnika: Minsk
- Wu , G. , MacKenzie , R. , Durda , P. J. and Tsang , P. 2000 . J Biol Chem , 275 : 36645 – 36652 .
- Andrianov , A. M. 2002 . J Biomol Struct Dynam , 19 : 973 – 990 .
- Andrianov , A. M. 1999 . J Biomol Struct Dynam , 16 : 931 – 953 .
- Dunbrack , R. L. Jr. and Karplus , M. 1993 . J Mol Biol , 230 : 543 – 574 .
- Ren , P. and Ponder , J. W. 2003 . J Phys Chem B , 107 : 5933 – 5947 .
- Van Duyne , G. D. , Standaert , R. F. , Karplus , P. A. , Schreiber , S. L. and Clardy , J. 1991 . Science , 252 : 839 – 842 .
- Mustard , D. and Ritchie , D. W. 2005 . Proteins: Struct Funct Bioinf , 60 : 269 – 274 .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Andrianov , A. M. and Veresov , V. G. 2007 . J Biomol Struct Dynam , 24 : 597 – 608 .
- Dashevsky , V. G. 1974 . Konformatsii organicheskikh molekul (Conformations of organic molecules) 432 Khimiya: Moscow
- Here we use the classification of Sippl (35), whereby the peptides are considered as (i) stable (unique conformation), (ii) flip-flop (limited set of structural clusters), (iii) metastable (dominant structure with other conformations admissible), and (iv) unstable (a large number of different conformers)
- Sippl , M. J. 1990 . J Mol Biol , 213 : 859 – 883 .
- Rini , J. M. , Stanfield , R. L. , Stura , E. A. , Salinas , P. A. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1993 . Proc Natl Acad Sci USA , 90 : 6325 – 6329 .
- Ghiara , J. B. , Stura , E. A. , Stanfield , R. L. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 1994 . Science , 264 : 8285
- Stanfield , R. L. , Ghiara , J. B. , Saphire , E. O. , Profy , A. T. and Wilson , I. A. 2003 . Virology , 315 : 159 – 173 .
- Andrianov , A. M. 2004 . J Biomol Struct Dynam , 22 : 159 – 170 .
- Andrianov , A. M. and Sokolov , Yu. A. 2004 . J Biomol Struct Dynam , 21 : 577 – 590 .
- LaRosa , G. J. , Davide , J. P. , Weinhold , K. , Waterbury , J. A. , Profy , A. T. , Lewis , J. A. , Lan- glois , A. J. , Dressman , G. R. , Boswell , R. N. , Shadduk , P. , Holley , L. H. , Karplus , M. , Bolognesi , D. P. , Matthews , T. J. , Emini , E. A. and Putney , S. D. 1990 . Science , 249 : 932 – 935 .
- Javaherian , K. , Langlois , A. J. , LaRosa , G. J. , Profy , A. T. , Bolognesi , D. P. , Herlihy , W. C. , Putney , S. D. and Matthews , T. J. 1990 . Science , 250 : 1590 – 1593 .
- Ivanoff , L. A. , Looney , D. J. , McDanal , C. , Morris , J. F. , Wong-Staat , F. , Lang , A. J. , Petteway , S. R. Jr. and Matthews , T. J. 1991 . AIDS Res Hum Retroviruses , 7 : 595 – 603 .
- Shioda , T. , Levy , J. A. and Cheng-Mayer , C. 1992 . Proc Natl Acad Sci USA , 89 : 9434 – 9438 .
- Chavda , S. C. , Griffin , P. , Han-Liu , Z. , Keys , B. , Vekony , M. A. and Cann , A. J. 1994 . J Gen Virol , 75 : 3249 – 3253 .
- Mammano , F. , Salvatori , F. , Ometto , L. , Panozzo , M. , Chieco-Bianchi , L. and De Rossi , A. 1995 . J. Virol , 69 : 82 – 92 .
- Milich , L. , Margolin , B. H. and Swanstrom , R. 1993 . J Virol , 67 : 5623 – 5634 .
- Wu , L. , Gerard , N. P. , Wyatt , R. , Choe , H. , Parolin , C. , Ruffin , N. , Borsetti , A. , Cardoso , A. A. , Desjardin , E. , Newman , W. , Gerard , C. and Sodroski , J. 1996 . Nature , 384 : 179 – 183 .
- Fouchier , R. A. M. , Groenink , M. , Kootstra , N. A. , Tersmette , M. , Huisman , H. G. , Miedema , F. and Schuitemaker , H. 1992 . J Virol , 66 : 3183 – 3187 .
- De Jong , J. J. , De Ronde , A. , Keulen , W. , Tersmette , M. and Goudsmit , J. 1992 . J Virol , 66 : 6777 – 6780 .
- Minder , D. , Boni , J. , Schupbach , J. and Gering , H. 2002 . Arch Virol , 147 : 1531 – 1542 .
- Brenner , B. G. and Wainberg , Z. 2001 . Exp Opinion Biol Therapy , 1 : 67 – 77 .