References and Footnotes
- Dill , K. A. and Chan , H. S. 1997 . Nat Struct Biol , 4 : 10 – 19 .
- Dobson , C. M. 2003 . Nature , 426 : 884 – 890 .
- Honig , B. 1999 . J Mol Biol , 293 : 283 – 293 .
- Baldwin , R. L. 1999 . Nat Struct Biol , 6 : 814 – 817 .
- Karplus , M. 1997 . Fold Des , 2 : S69 – S75 .
- Chan , H. S. 2004 . La Physique au Canada , 60 : 195 – 200 .
- Selkoe , D. J. 2003 . Nature , 426 : 900 – 904 .
- Soto , C. 2003 . Nature Rev Neuroscience , 4 : 49 – 60 .
- Anfinsen , C. B. , Haber , E. , Sela , M. Jr. and White , F. H. 1961 . Proc Natl Acad Sci USA , 47 : 1309 – 1314 .
- Anfinsen , C. B. 1973 . Science , 181 : 223 – 230 .
- Levinthal , C. 1968 . J Chem Phys , 65 : 44 – 45 .
- Levinthal , C. 1969 . Mossbauer Spectroscopy in Biological Systems Edited by: Monticello , I. L. , Debrunner , P. , Tsibris , J. C. M. and Munck , E. 22 – 24 . Urbana , Illinois : Univer. Of Illinois Press .
- Daggett , V. and Fersht , A. 2003 . Nat Rev Mol Cell Biol , 4 : 497 – 502 .
- Zeeb , M. and Balbach , J. 2004 . Methods , 34 : 65 – 74 .
- Thirumalai , D. and Woodson , S. A. 1996 . Acc Chem Res , 29 : 433 – 439 .
- Brooks , C. L. III . 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 1099 – 1100 .
- Snow , C. D. , Nguyen , H. , Pande , V. S. and Gruebele , M. 2002 . Nature , 20 : 1 – 3 .
- Dobson , C. M. and Karplus , M. 1999 . Curr Opin Struct Biol , 9 : 92 – 101 .
- Norberg , J. 2001 . Trends Phy Chem , 8 : 73 – 85 .
- Onuchic , J. N. and Wolynes , P. G. 2004 . Curr Opin Struct Biol , 14 : 70 – 75 .
- Hubner , I. A. , Oliveberg , M. and Shakhnovich , E. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 8354 – 8359 .
- Snow , C. D. , Sorin , E. J. , Rhee , Y. M. and Pande , V. S. 2005 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 34 : 43 – 69 .
- Pereira de Araújo , A. F. and Pochapsky , T. C. 1996 . Folding & Design , 1 : 299 – 314 .
- Frauenkron , H. , Bastolla , U. , Gerstner , E. , Grassberger , P. and Nadler , W. 1998 . Phys Rev Lett , 80 : 3149 – 3152 .
- Lianga , F. and Wongb , W. H. 2001 . J Chem Phys , 115 : 3374 – 3380 .
- Snow , C. D. , Zagrovic , B. and Pande , V. S. 2002 . J Am Chem Soc , 124 : 14548 – 14549 .
- Mayor , U. , Johnson , C. M. , Daggett , V. and Fersht , A. R. 2000 . Proc Natl Acad Sci USA , 97 : 13518 – 13522 .
- Ferrara , P. , Apostolakis , J. and Caflisch , A. 2000 . Proteins: Struct Funct Genet , 39 : 252 – 260 .
- Onuchic , J. N. and Garcia , A. E. 2003 . Proc Natl Acad Sci USA , 100 : 13898 – 13903 .
- Ma , B. and Nussinov , R. 2000 . J Mol Biol , 296 : 1091 – 1104 .
- Duan , Y. , Wang , L. and Kollman , P. A. 1998 . Proc Natl Acad Sci USA , 95 : 9897 – 9902 .
- Duan , Y. and Kollman , P. A. 1998 . Science , 282 : 740 – 744 .
- Dokholyan , N. V. , Buldyrev , S. V. , Stanley , H. E. and Shakhnovich , E. I. 1998 . Fold Des , 3 : 577 – 587 .
- Karplus , M. and Sali , A. 1995 . Curr Opin Struct Biol , 5 : 58 – 73 .
- Finkelstein , A. V. 1997 . Protein Eng , 10 : 843 – 845 .
- Wang , L. , Duan , Y. , Shortle , R. , Imperiali , B. and Kollman , P. A. 1999 . Protein Sci , 8 : 1292 – 1304 .
- Suenaga , A. 2003 . J Mol Struc (Theochem) , 634 : 235 – 241 .
- Shen , M. and Freed , K. F. 2002 . Biophys J , 82 : 1791 – 1808 .
- Pande , V. S. , Baker , I. , Chapman , J. , Elmer , S. P. , Khaliq , S. , Larson , S. M. , Rhee , Y. M. , Shirts , M. R. , Snow , C. D. , Sorin , E. J. and Zagrovic , B. 2003 . Biopolymers , 68 : 91 – 109 .
- Zagrovic , B. , Snow , C. D. , Shirts , M. R. and Pande , V. S. 2002 . J Mol Biol , 323 : 927 – 937 .
- Paci , E. , Cavalli , A. , Vendruscolo , M. and Caflisch , A. 2003 . Proc Natl Acad Sci USA , 100 : 8217 – 8222 .
- Pitera , J. W. and Swope , W. 2003 . Proc Natl Acad Sci USA , 100 : 7587 – 7592 .
- Rhee , Y. M. and Pande , V. S. 2003 . Biophys J , 84 : 775 – 786 .
- Qiu , L. , Pabit , S. A. , Roitberg , A. E. and Hagen , S. J. 2002 . J Am Chem Soc , 124 : 12952 – 12953 .
- Zhou , R. 2003 . Proc Natl Acad Sci USA , 100 : 13280 – 13285 .
- Ozkan , S. B. , Dill , K. A. and Bahar , I. 2002 . Protein Science , 11 : 1958 – 1970 .
- McKnight , C. J. , Doering , D. S. , Matsudaira , P. T. and Kim , P. S. 1996 . J Mol Biol , 260 : 126 – 134 .
- McKnight , C. J. , Matsudaira , P. T. and Kim , P. S. 1997 . Nat Struct Biol , 4 : 180 – 184 .
- Shen , M. and Freed , K. F. 2002 . Proteins , 49 : 439 – 445 .
- Srinivas , G. and Bagchi , B. 2002 . J Chem Phys , 116 : 8579 – 8587 .
- Fernandez , A. , Shen , M. , Colubri , A. , Sosnick , T. R. , Berry , S. and Freed , K. F. 2003 . Biochemistry , 42 : 664 – 671 .
- Jang , S. , Kim , E. , Shin , S. and Pak , Y. 2003 . J Am Chem Soc , 125 : 14841 – 14846 .
- Lee , M. R. , Baker , D. and Kollman , P. A. 2001 . J Am Chem Soc , 123 : 1040 – 1046 .
- Lee , M. R. , Duan , Y. and Kollman , P. A. 2000 . Proteins: Struct Funct Bioinformatics , 39 : 309 – 316 .
- Lee , M. R. , Duan , Y. and Kollman , P. A. 2001 . J Mol Graphics and Modelling , 19 : 146 – 149 .
- Jayachandran , G. , Vishal , V. and Pande , V. 2006 . J Chem Phys , 124 : 164902 – 12 . 1
- Lei , H. , Wu , C. , Liu , H. and Duan , Y. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 4925 – 4930 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Wang , J. , Ross , J. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 2002 . AMBER 7. San Francisco : University of California .
- Frishman , D. and Argos , P. 1995 . Proteins: Struct Funct Genet , 23 : 566 – 579 .
- Martin , J. , Letellier , G. , Marin , A. , Taly , J. F. , de Brevern , A. G. and Gibrat , J. F. 2005 . BMC Struct Biol , 5 : 1 – 17 .
- Gohlke , H. and Case , D. A. 2004 . J Comput Chem , 25 : 238 – 250 .
- Feig , M. , Karanicolas , J. and Brooks , C. L. III . 2004 . J Mol Graph Model , 5 : 377 – 395 .