Does Protein Relatedness Require Sequence Matching? Alignment via Networks in Sequence Space

References and Footnotes

• Altschul , S. F. , Wootton , J. C. , Gertz , E. M. , Agarwala , R. , Morgulis , A. , Schaffer , A. A. and Yu , Y. K. 2005 . Febs Journal , 272 : 5101 – 5109 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Altschul , S. F. , Madden , T. L. , Schaffer , A. A. , Zhang , J. H. , Zhang , Z. , Miller , W. and Lipman , D. J. 1997 . Nucleic Acids Research , 25 : 3389 – 3402 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2007 . Journal of Theoretical Biology , 244 : 77 – 80 .
   PubMedGoogle Scholar
• Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2007 . PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics , 67 : 271 – 284 .
   PubMedGoogle Scholar
• Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2007 . Journal of Computational Biology , 14 : 1044 – 1057 .
   PubMedGoogle Scholar
• Hegyi , H. , Lin , J. , Greenbaum , D. and Gerstein , M. 2002 . Proteins-Structure Function and Genetics , 47 : 126 – 141 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Wolf , Y. I. , Brenner , S. E. , Bash , P. A. and Koonin , E. V. 1999 . Genome Research , 9 : 17 – 26 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sobolevsky , Y. , Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2007 . Journal of Molecular Evolution , 65 : 640 – 650 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Koretke , K. K. , Russell , R. B. and Lupas , A. N. 2002 . Protein Science , 11 : 1575 – 1579 .
   PubMedGoogle Scholar
• John , B. and Sali , A. 2004 . Protein Science , 13 : 54 – 62 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Park , J. , Karplus , K. , Barrett , C. , Hughey , R. , Haussler , D. , Hubbard , T. and Chothia , C. 1998 . Journal of Molecular Biology , 284 : 1201 – 1210 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Park , J. , Teichmann , S. A. , Hubbard , T. and Chothia , C. 1997 . Journal of Molecular Biology , 273 : 349 – 354 .
   PubMedGoogle Scholar
• Du , P. C. , Andrec , M. and Levy , R. M. 2003 . Protein Engineering , 16 : 407 – 414 .
   PubMedGoogle Scholar
• Liu , J. F. and Rost , B. 2002 . Bioinformatics , 18 : 922 – 933 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bystroff , C. and Baker , D. 1998 . Journal of Molecular Biology , 281 : 565 – 577 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kunin , V. , Chan , B. , Sitbon , E. , Lithwick , G. and Pietrokovski , S. 2001 . Journal of Molecular Biology , 307 : 939 – 949 .
   PubMedGoogle Scholar
• Gouzy , J. , Corpet , F. and Kahn , D. 1999 . Computers & Chemistry , 23 : 333 – 340 .
   PubMedGoogle Scholar
• Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2007 . Gene , 408 : 64 – 71 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bairoch , A. , Bougueleret , L. , Altairac , S. , Amendolia , V. , Auchincloss , A. , Puy , G. A. , Axelsen , K. , Baratin , D. , Blatter , M. C. , Boeckmann , B. , Bollondi , L. , Boutet , E. , Quintaje , S. B. , Breuza , L. , Bridge , A. , deCastro , E. , Coral , D. , Coudert , E. , Cusin , I. , Dobrokhotov , P. , Dornevil , D. , Duvaud , S. , Estreicher , A. , Famiglietti , L. , Feuermann , M. , Gehant , S. , Farriol-Mathis , N. , Ferro , S. , Gasteiger , E. , Gateau , A. , Gerritsen , V. , Gos , A. , Gruaz-Gumowski , N. , Hinz , U. , Hulo , C. , Hulo , N. , Ioannidis , V. , Ivanyi , I. , James , J. , Jain , E. , Jimenez , S. , Jungo , F. , Junker , V. , Keller , G. , Lachaize , C. , Lane-Guermonprez , L. , Langendijk-Genevaux , P. , Lara , V. , Lemercier , P. , Le Saux , V. , Lieberherr , D. , Lima , T. D. , Mangold , V. , Martin , X. , Michoud , K. , Moinat , M. , Moreira , C. , Morgat , A. , Nicolas , M. , Ohji , S. , Paesano , S. , Pe- druzzi , I. , Perret , D. , Phan , I. , Pilbout , S. , Pillet , V. , Poux , S. , Redaschi , N. , Reynaud , S. , Rivoire , C. , Roechert , B. , Sapsezian , C. , Schneider , M. , Sigrist , C. , da Silva , M. , Sonesson , K. , Stutz , A. , Sundaram , S. , Tognolli , M. , Verbregue , L. , Veuthey , A. L. , Vitorello , C. , Yip , L. , Apweiler , R. , Alam-Faruque , Y. , Barrell , D. , Bower , L. , Browne , P. , Chan , W. M. , Daugherty , L. , Donate , E. S. , Eberhardt , R. , Fedotov , A. , Foulger , R. , Fraser , G. , Frigerio , G. , Garavelli , J. , Golin , R. , Horne , A. , Jacobsen , J. and et al . 2007 . Nucleic Acids Research , 35 : D193 – D197 .
   PubMedGoogle Scholar
• Mulder , N. J. , Apweiler , R. , Attwood , T. K. , Bairoch , A. , Bateman , A. , Binns , D. , Bork , P. , Buillard , V. , Cerutti , L. , Copley , R. , Courcelle , E. , Das , U. , Daugherty , L. , Dibley , M. , Finn , R. , Fleischmann , W. , Gough , J. , Haft , D. , Hulo , N. , Hunter , S. , Kahn , D. , Kanapin , A. , Ke- jariwal , A. , Labarga , A. , Langendijk-Genevaux , P. S. , Lonsdale , D. , Lopez , R. , Letunic , I. , Madera , M. , Maslen , J. , McAnulla , C. , McDowall , J. , Mistry , J. , Mitchell , A. , Nikolskaya , A. N. , Orchard , S. , Orengo , C. , Petryszak , R. , Selengut , J. D. , Sigrist , C. J. A. , Thomas , P. D. , Valentin , F. , Wilson , D. , Wu , C. H. and Yeats , C. 2007 . Nucleic Acids Research , 35 : 24 – D228 . D-
   Google Scholar
• Finn , R. D. , Mistry , J. , Schuster-Bockler , B. , Griffiths-Jones , S. , Hollich , V. , Lassmann , T. , Moxon , S. , Marshall , M. , Khanna , A. , Durbin , R. , Eddy , S. R. , Sonnhammer , E. L. L. and Bateman , A. 2006 . Nucleic Acids Research , 34 : D247 – D251 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tatusova , T. A. and Madden , T. L. 1999 . Fems Microbiology Letters , 174 : 247 – 250 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Henikoff , S. and Henikoff , J. G. 1992 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 89 : 10915 – 10919 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Altschul , S. F. 1991 . Journal of Molecular Biology , 219 : 555 – 565 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Higgins , D. G. and Sharp , P. M. 1988 . Gene , 73 : 237 – 244 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Thompson , J. D. , Gibson , T. J. , Plewniak , F. , Jeanmougin , F. and Higgins , D. G. 1997 . Nucleic Acids Research , 25 : 4876 – 4882 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gonnet , G. H. , Cohen , M. A. and Benner , S. A. 1992 . Science , 256 : 1443 – 1445 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2008 . Protein Conformation: New Research Edited by: Roswell , L. B. 239 – 250 . Hauppauge , NY : Nova Science Publishers .
   Google Scholar
• Bentley , D. R. 2006 . Current Opinion in Genetics & Development , 16 : 545 – 552 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Margulies , M. , Egholm , M. , Altman , W. E. , Attiya , S. , Bader , J. S. , Bemben , L. A. , Berka , J. , Braverman , M. S. , Chen , Y. J. , Chen , Z. T. , Dewell , S. B. , Du , L. , Fierro , J. M. , Gomes , X. V. , Godwin , B. C. , He , W. , Helgesen , S. , Ho , C. H. , Irzyk , G. P. , Jando , S. C. , Alenquer , M. L. I. , Jarvie , T. P. , Jirage , K. B. , Kim , J. B. , Knight , J. R. , Lanza , J. R. , Leamon , J. H. , Lefkowitz , S. M. , Lei , M. , Li , J. , Lohman , K. L. , Lu , H. , Makhijani , V. B. , McDade , K. E. , McKenna , M. P. , Myers , E. W. , Nickerson , E. , Nobile , J. R. , Plant , R. , Puc , B. P. , Ronan , M. T. , Roth , G. T. , Sarkis , G. J. , Simons , J. F. , Simpson , J. W. , Srinivasan , M. , Tartaro , K. R. , Tomasz , A. , Vogt , K. A. , Volkmer , G. A. , Wang , S. H. , Wang , Y. , Weiner , M. P. , Yu , P. G. , Begley , R. F. and Rothberg , J. M. 2005 . Nature , 437 : 376 – 380 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Hutchison , C. A. III . 2007 . Nucleic Acids Research , 35 : 6227 – 6237 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Marcotte , C. J. V. and Marcotte , E. M. 2002 . Appl Bioinformatics , 1 : 93 – 100 .
   PubMedGoogle Scholar
• Berezovsky , I. N. , Grosberg , A. Y. and Trifonov , E. N. 2000 . Febs Letters , 466 : 283 – 286 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Berezovsky , I. N. and Trifonov , E. N. 2001 . Journal of Biomolecular Structure & Dynamics , 19 : 397 – 403 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Berezovsky , I. N. and Trifonov , E. N. 2002 . Comparative and Functional Genomics , 3 : 525 – 534 .
   PubMedGoogle Scholar
• Berezovsky , I. N. , Kirzhner , A. , Kirzhner , V. M. and Trifonov , E. N. 2003 . Journal of Biomolecular Structure & Dynamics , 21 : 327 – 339 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Berezovsky , I. N. , Kirzhner , A. , Kirzhner , V. M. , Rosenfeld , V. R. and Trifonov , E. N. 2003 . Journal of Biomolecular Structure & Dynamics , 21 : 317 – 325 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Aharonovsky , E. and Trifonov , E. N. 2005 . Journal of Biomolecular Structure & Dynamics , 23 : 237 – 242 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Batagelj , V. and Mrvar , A. 2002 . Graph Drawing, Vol. , 2265 : 477 – 478 . In
   Google Scholar