References and Footnotes
- Malhotra , A. , Gabb , H. A. and Harvey , S. C. 1993 . Current Opinion In Structural Biology , 3 : 241 – 246 .
- Major , F. , Turcotte , M. , Gautheret , D. , Lapalme , G. , Fillion , E. and Cedergren , R. 1991 . Science , 253 : 1255 – 1260 .
- Gautheret , D. , Major , F. and Cedergren , R. 1993 . J Mol Biol , 229 : 1049 – 1064 .
- Hubbard , J. M. and Hearst , J. E. 1991 . J Mol Biol , 221 : 889 – 907 .
- Hubbard , J. M. and Hearst , J. E. 1991 . Biochemistry , 30 : 5458 – 5465 .
- Burks , J. , Zwieb , C. , Muller , F. , Wower , I. and Wower , J. 2005 . BMC Mol Biol , 6 : 14 – 31 .
- Massire , C. and Westhof , E. 1998 . J Mol Graph Model , 16 : 197 – 205 . 255-197
- Macke , T. , Svrcek-Seiler , W. , Brown , R. and Case , D. 2006 . The NAB molecular manipulation language. Scripps Research Institute .
- Das , R. and Baker , D. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 14664 – 14669 .
- Shapiro , B. A. , Yingling , Y. G. , Kasprzak , W. and Bindewald , E. 2007 . Curr Opin Struct Biol , 17 : 157 – 165 .
- Noller , H. F. 2005 . Science , 309 : 1508 – 1514 .
- Leontis , N. B. and Westhof , E. 2003 . Curr Opin Struct Biol , 13 : 300 – 308 .
- Scott , W. G. , Finch , J. T. and Klug , A. 1995 . Cell , 81 : 991 – 1002 .
- Hermann , T. , Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . Eur Biophys J , 27 : 153 – 165 .
- Ponder , J. 2006 . Tinker—Software tools for molecular design—Version 4.2 http://dasher.wustl.edu/tinker/
- Pattabiraman , N. , Martinez , H. M. and Shapiro , B. A. 2002 . J Biomol Struct Dyn , 20 : 397 – 412 .
- Chworos , A. , Severcan , I. , Koyfman , A. Y. , Weinkam , P. , Oroudjev , E. , Hansma , H. G. and Jaeger , L. 2004 . Science , 306 : 2068 – 2072 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2006 . J Mol Graph Model , 25 : 261 – 274 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2007 . J Biomol Struct Dyn , 24 : 303 – 320 .
- Spahn , C. M. , Jan , E. , Mulder , A. , Grassucci , R. A. , Sarnow , P. and Frank , J. 2004 . Cell , 118 : 465 – 475 .
- Schuler , M. , Connell , S. R. , Lescoute , A. , Giesebrecht , J. , Dabrowski , M. , Schroeer , B. , Mielke , T. , Penczek , P. A. , Westhof , E. and Spahn , C. M. 2006 . Nat Struct Mol Biol , 13 : 1092 – 1096 .
- Mathews , D. H. and Turner , D. H. 2006 . Curr Opin Struct Biol , 16 : 270 – 278 .
- Zuker , M. 1989 . Science , 244 : 48 – 52 .
- Shapiro , B. A. , Bengali , D. , Kasprzak , W. and Wu , J. C. 2001 . J Mol Biol , 312 : 27 – 44 .
- Shapiro , B. A. and Navetta , J. 1994 . J Supercomputing , 8 : 195 – 207 .
- Shapiro , B. A. and Wu , J. C. 1996 . CABIOS , 12 : 171 – 180 .
- Shapiro , B. A. and Wu , J. C. 1997 . CABIOS , 13 : 459 – 471 .
- Shapiro , B. A. , Wu , J. C. , Bengali , D. and Potts , M. J. 2001 . Bioinformatics , 17 : 137 – 148 .
- Shapiro , B. A. and Kasprzak , W. 1996 . J Mol Graph , 14 : 194 – 205 . 222-194
- Kasprzak , W. and Shapiro , B. 1999 . Bioinformatics , 15 : 16 – 31 .
- Shapiro , B. A. , Kasprzak , W. , Grunewald , C. and Aman , J. 2006 . J Mol Graph Model , 25 : 514 – 531 .
- Linnstaedt , S. D. , Kasprzak , W. K. , Shapiro , B. A. and Casey , J. L. 2006 . Rna , 12 : 1521 – 1533 .
- Ban , N. , Nissen , P. , Hansen , J. , Moore , P. B. and Steitz , T. A. 2000 . Science , 289 : 905 – 920 .
- Wimberly , B. T. , Brodersen , D. E. , Clemons , W. M. Jr. , Morgan-Warren , R. J. , Carter , A. P. , Vonrhein , C. , Hartsch , T. and Ramakrishnan , V. 2000 . Nature , 407 : 327 – 339 .