References and Footnotes
- Hedstrom , L. , Gan , L. , Schlippe , Y. G. , Riera , T. and Seyedsayamdost , M. 2003 . Nucleic Acids Research (Supplement no.) , 3 : 97 – 98 .
- Pankiewicz , K. W. and Goldstein , B. M. 2003 . ACS Symposium Serial No. , 839
- Branden , C. and Tooze , J. 1991 . Introduction to Protein Structure. New York and London : Garland Publishing .
- Sintechak , M. D. and Nimmesgern , E. 2000 . Immunopharmacology , 47 : 163 – 184 .
- Farazi , T. , Leichman , J. , Harris , T. , Cahoon , M. and Hedstrom , L. 1997 . Journal of Biological Chemistry , 272 : 2 – 965 . 961
- Gan , L. , Petsko , G. A. and Hedstrom , L. 2003 . Biochemistry , 41 : 13309 – 13317 .
- Prosise , G. L. and Luecke , H. 2003 . J Mol Biol , 326 : 517 – 527 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biol Mol Struct Dyn , 26 ( 4 ) : 497 – 508 .
- Colby , T. D. , Vanderveen , K. , Stricker , M. D. , Markham , G. D. and Goldstein , B. M. 1999 . Proceeding of the National Academy Sciences—Biochemistry , 96 : 3531 – 3536 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliand , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2003 . Nat Struct Biol , 10 : 980
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliand , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J. Jr. , Meyer , E. F. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. and Shimanouchi , T. 1977 . J Mol Biol , 112 : 535 – 542 .
- Risal , D. , Stricker , M. D. and Goldstein , B. M. 2004 . Structure deposited RCSB. To be published
- Risal , D. , Stricker , M. D. and Goldstein , B. M. 2004 . Structure deposited RCSB. To be published
- Guex , N. , Diemand , A. , Peitsch , M. C. and Schwede , T. 2001 . “ The Swiss-PdbView Programme ” . In An environment for comparative protein modeling. Glaxo Smith Kline R & D .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Fleming , P. J. , Nicholas , C. , Fitzkee , M. M. , Rajgopal , S. and George , D. R. 2005 . Protein Sci , 14 : 111 – 118 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J Comput Chem , 4 : 187 – 217 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . VMD—Visual Molecular Dynamics. . J Mol Graphics , 14 : 33 – 38 .
- Saam , J. , Ivanove , I. , Walther , M. and Holzhutter , H. G. 2007 . PNAS , 104 : 33 – 13324 . 13319
- 2005 . Hyperchem TM Release 7.52 for windows Molecular Modeling System. Copyright © Hypercube, Inc.
- Grayson , P. , Tajkhorshid , E. and Schulten , K. 2003 . Biophysical Journal , 85 : 36 – 48 .
- Kale , L. , Skeel , R. , Bhandarkar , M. , Brunner , R. , Gursoy , A. , Krawetz , N. , Phillips , J. , Shinozaki , A. , Varadarajan , K. and Schulten , K. 1999 . J Comput Phys , 151 : 283 – 312 .
- Nelson , M. , Humphrey , W. , Gursoy , A. , Dalke , A. , Kale , L. , Skeel , R. D. and Schulten , K. 1996 . Int J Supercomput Appl High Perform Comput , 10 : 251 – 268 .
- Phillips , J. C. , Rosemary , B. , Wang , W. , Gumbart , J. , Tajkhorshid , E. , Villa , E. and Chipot , C. 2005 . J Comput Chem , 26 : 1781 – 1802 .
- Gullingsrud , J. , Kosztin , D. and Schulten , K. 2001 . Biophys J , 80 : 2074 – 2081 .
- Cerutti , D. S. , Jain , T. and McCammon , J. A. 2006 . Protein Sci , 15 : 1579 – 1596 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. Jr , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J Am Chem Soc , 117 : 5179 – 5197 .
- Schymkowitz , J. , Borg , J. , Stricher , F. , Rousseau , Nys R.F. and Serrano , L. 2005 . Nucleic Acids Research , 33 : 382 – 388 .
- Ogata , K. 2002 . Protein Engg , 15 : 697 – 705 .
- Bera , A. K. , Mukhopadhyay , B. P. , Pal , A. K. , Halder , U. , Bhattacharya , S. and Banerjee , A. 1998 . J Chem Crystallogr , 28 : 7 – 516 . 509
- Jeffrey , G. A. and Saenger , W. 1992 . H-bonding in Biological Structures Springer-Verlag .