References
- Andrianov , A. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 445 – 454 .
- Ramalho , T. C. , Caetano , M. S. , da Cunha , E. F. , Souza , T. C. and Rocha , M. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 195 – 207 .
- Akten , E. D. , Cansu , S. and Doruker , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 13 – 26 .
- Mohan , S. S. , Perry , J. J. , Poulose , N. , Nair , B. G. and Anilkumar , G. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 455 – 464 .
- Andrianov , A. M. and Anishchenko , I. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 179 – 193 .
- Josa , D. , da Cunha , E. F. , Ramalho , T. C. , Souza , T. C. and Caetano , M. S. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 373 – 376 .
- Braun , G. H. , Jorge , D. M. , Ramos , H. P. , Alves , R. M. , da Silva , V. B. , Giuliatti , S. , Sampaio , S. V. , Taft , C. A. and Silva , C. H. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 347 – 355 .
- Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Liu , Y. F. , Lin , H. Y. , Fang , H. W. , Ho , Y. and Tsai , W. B. 2009 . J Biomol Struct. Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Chen , C. Y. , Chang , Y. H. , Bau , D. T. , Huang , H. J. , Tsai , F. J. and Tsai , C. H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 171 – 178 .
- Chen , C. Y. , Chen , Y. F. and Tsai , H. Y. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 57 – 64 .
- Hage-Melim , L. I. , da Silva , C. H. , Semighini , E. P. , Taft , C. A. and Sampaio , S. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 27 – 36 .
- Chen , C. Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 271 – 282 .
- Chen , Y. , Chen , C. F. , Riley , D. J. , Allred , D. C. , Chen , P. L. , Von Hoff , D. , Osborne , C. K. and Lee , W. H. 1995 . Science , 270 : 789 – 791 .
- Kaytor , M. D. and Warren , S. T. 1999 . J Biol Chem , 274 : 37507 – 37510 .
- Modrak , D. E. , Gold , D. V. and Goldenberg , D. M. 2006 . Mol Cancer Ther , 5 : 200 – 208 .
- Smith , C. 2008 . http://www.biocompare.com/Articles/TechnologySpotlight/976/Subcellular-Targeting-Of-Proteins-And-Drugs.html
- Nakai , K. and Kanehisa , M. 1991 . Proteins: Structure, Function and Genetics , 11 : 95 – 110 .
- Nakashima , H. and Nishikawa , K. 1994 . J Mol Biol , 238 : 54 – 61 .
- Cedano , J. , Aloy , P. , P'erez-Pons , J. A. and Querol , E. 1997 . J Mol Biol , 266 : 594 – 600 .
- Chou , K. C. and Elrod , D. W. 1999 . Protein Eng , 12 : 107 – 118 .
- Zhou , G. P. and Doctor , K. 2003 . Proteins: Struct Funct Genet , 50 : 44 – 48 .
- Matsuda , S. , Vert , J. P. , Saigo , H. , Ueda , N. , Toh , H. and Akutsu , T. 2005 . Protein Sci , 14 : 2804 – 2813 .
- Chen , Y. L. and Li , Q. Z. 2007 . J Theor Biol , 248 : 377 – 381 .
- Li , F. M. and Li , Q. Z. 2008 . Protein & Peptide Letters , 15 : 612 – 616 .
- Jiang , X. , Wei , R. , Zhang , T. L. and Gu , Q. 2008 . Protein & Peptide Letters , 15 : 392 – 396 .
- Chou , K. C. and Shen , H. B. 2007 . Anal Biochem , 370 : 1 – 16 .
- Shen , H. B. and Chou , K. C. 2007 . Biopolymers , 85 : 233 – 240 .
- Ashburner , M. , Ball , C. A. , Blake , J. A. , Botstein , D. , Butler , H. , Cherry , J. M. , Davis , A. P. , Dolinski , K. , Dwight , S. S. , Eppig , J. T. , Harris , M. A. , Hill , D. P. , Issel-Tarver , L. , Kasarskis , A. , Lewis , S. , Matese , J. C. , Richardson , J. E. , Ringwald , M. , Rubin , G. M. and Sherlock , G. 2000 . Nature Genetics , 25 : 25 – 29 .
- Chou , K. C. 2001 . PROTEINS: Structure, Function, and Genetics (Erratum: ibid., 2001, Vol.44, 60) , 43 : 246 – 255 .
- Chou , K. C. and Shen , H. B. 2008 . Nature Protocols , 3 : 153 – 162 .
- Chou , K. C. and Shen , H. B. 2008 . Biochem Biophys Res Comm , 376 : 321 – 325 .
- Wong , J. H. and Ng , T. B. 2009 . Protein & Peptide Letters , 16 : 1399 – 1406 .
- Glory , E. and Murphy , R. F. 2007 . Dev Cell , 12 : 7 – 16 .
- Chou , K. C. and Shen , H. B. 2007 . Journal of Proteome Research , 6 : 1728 – 1734 .
- Chou , K. C. and Zhang , C. T. 1994 . J Biol Chem , 269 : 22014 – 22020 .
- Chou , K. C. 1995 . Proteins: Structure, Function & Genetics , 21 : 319 – 344 .
- Lin , H. , Ding , H. , Feng-Biao Guo , F. B. , Zhang , A. Y. and Huang , J. 2008 . Protein & Peptide Letters , 15 : 739 – 744 .
- Ding , Y. S. and Zhang , T. L. 2008 . Pattern Recognition Letters , 29 : 1887 – 1892 .
- Lin , H. , Wang , H. , Ding , H. , Chen , Y. L. and Li , Q. Z. 2009 . Acta Biotheor , 57 : 321 – 330 .
- Qiu , J. D. , Huang , J. H. , Liang , R. P. and Lu , X. Q. 2009 . Analytical Biochemistry , 390 : 68 – 73 .
- Esmaeili , M. , Mohabatkar , H. and Mohsenzadeh , S. 2010 . J Theor Biol , 263 : 203 – 209 .
- Georgiou , D. N. , Karakasidis , T. E. , Nieto , J. J. and Torres , A. 2009 . J Theor Biol , 257 : 17 – 26 .
- Lin , H. 2008 . J Theor Biol , 252 : 350 – 356 .
- Zeng , Y. H. , Guo , Y. Z. , Xiao , R. Q. , Yang , L. , Yu , L. Z. and Li , M. L. 2009 . J Theor Biol , 259 : 366 – 372 .
- Zhang , G. Y. and Fang , B. S. 2008 . J Theor Biol , 253 : 310 – 315 .
- Zhou , X. B. , Chen , C. , Li , Z. C. and Zou , X. Y. 2007 . J Theor Biol , 248 : 546 – 551 .
- Chen , C. , Chen , L. , Zou , X. and Cai , P. 2009 . Protein & Peptide Letters , 16 : 27 – 31 .
- Ding , H. , Luo , L. and Lin , H. 2009 . Protein & Peptide Letters , 16 : 351 – 355 .
- Chou , K. C. 2005 . Bioinformatics , 21 : 10 – 19 .
- Chou , K. C. 2009 . Current Proteomics , 6 : 262 – 274 .
- Camon , E. , Magrane , M. , Barrell , D. , Binns , D. , Fleischmann , W. , Kersey , P. , Mulder , N. , Oinn , T. , Maslen , J. , Cox , A. and Apweiler , R. 2003 . Genome Res , 13 : 662 – 672 .
- Schaffer , A. A. , Aravind , L. , Madden , T. L. , Shavirin , S. , Spouge , J. L. , Wolf , Y. I. , Koonin , E. V. and Altschul , S. F. 2001 . Nucleic Acids Res , 29 : 2994 – 3005 .
- Loewenstein , Y. , Raimondo , D. , Redfern , O. C. , Watson , J. , Frishman , D. , Linial , M. , Orengo , C. , Thornton , J. and Tramontano , A. 2009 . Genome Biol , 10 : 207
- Gerstein , M. and Thornton , J. M. 2003 . Curr Opin Struct Biol , 13 : 341 – 343 .
- Chou , K. C. 2004 . Current Medicinal Chemistry , 11 : 2105 – 2134 .
- Tatusov , R. L. , Fedorova , N. D. , Jackson , J. D. , Jacobs , A. R. , Kiryutin , B. , Koonin , E. V. , Krylov , D. M. , Mazumder , R. , Mekhedov , S. L. , Nikolskaya , A. N. , Rao , B. S. , Smirnov , S. , Sverdlov , A. V. , Vasudevan , S. , Wolf , Y. I. , Yin , J. J. and Natale , D. A. 2003 . BMC Bioinformatics , 4 : 41
- Finn , R. D. , Mistry , J. , Schuster-Bockler , B. , Griffiths-Jones , S. , Hollich , V. , Lassmann , T. , Moxon , S. , Marshall , M. , Khanna , A. , Durbin , R. , Eddy , S. R. , Sonnhammer , E. L. and Bateman , A. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : D247 – 251 .
- Letunic , I. , Copley , R. R. , Pils , B. , Pinkert , S. , Schultz , J. and Bork , P. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : D257 – 260 .
- Marchler-Bauer , A. , Anderson , J. B. , Derbyshire , M. K. , DeWeese-Scott , C. , Gonzales , N. R. , Gwadz , M. , Hao , L. , He , S. , Hurwitz , D. I. , Jackson , J. D. , Ke , Z. , Krylov , D. , Lanczycki , C. J. , Liebert , C. A. , Liu , C. , Lu , F. , Lu , S. , Marchler , G. H. , Mullokandov , M. , Song , J. S. , Thanki , N. , Yamashita , R. A. , Yin , J. J. , Zhang , D. and Bryant , S. H. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : D237 – 240 .
- Denoeux , T. 1995 . IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics , 25 : 804 – 813 .
- Shen , H. B. and Chou , K. C. 2005 . Biochemical & Biophysical Research Communications , 334 : 288 – 292 .
- Shen , H. B. , Song , J. N. and Chou , K. C. 2009 . Journal of Biomedical Science and Engineering (JBiSE) , 2 : 136 – 143 . (openly accessible at http://www.srpublishing.org/journal/jbise/)
- Chou , K. C. and Shen , H. B. 2009 . The Open Bioinformatics Journal , 3 : 31 – 50 . (openly accessible at http://www.bentham.org/open/tobioij/)
- Shen , H. B. and Chou , K. C. 2009 . Journal of Proteome Research , 8 : 1577 – 1584 . QA
- Chou , K. C. and Zhang , C. T. 1995 . Crit Rev Biochem Mol Biol , 30 : 275 – 349 .
- Zhou , G. P. 1998 . J Protein Chem , 17 : 729 – 738 .
- Kedarisetti , K. D. , Kurgan , L. A. and Dick , S. 2006 . Biochem Biophys Res Commun , 348 : 981 – 988 .
- Cover , T. M. and Hart , P. E. IEEE Transaction on Information Theory IT-13 21 – 27 . (1967)
- Shafer , G. 1976 . A mathematical theory of evidence. Princeton N.J. : Princeton University Press. .
- Zouhal , L. M. and Denoeux , T. 1998 . IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics , 28 : 263 – 271 .