References
- Batey , R. T. , Rambo , R. P. and Doudna , J. A. 1999 . Angew Chem Int Ed , 38 : 2326 – 2343 .
- Nykanen , A. , Haley , B. and Zamore , P. D. 2001 . Cell , 107 : 309 – 321 .
- Zuker , M. 1989 . Methods Enzymol , 180 : 262 – 288 .
- Liu , Y. , Yang , Y. and Wang , T. 2007 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 85 – 92 .
- Feng , J. and Wang , T. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 621 – 628 .
- Guo , Y. and Wang , T. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 273 – 402 .
- Jia , C. , Liu , T. , Zhang , X. , Fu , H. and Yang , Q. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 763 – 769 .
- Zheng , W. and Zhang , C. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 327 – 336 .
- Seiffert , J. and Huhle , A. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 453 – 466 .
- Martinez , H. M. , Maizel , J. V. and Shapiro , B. A. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 669 – 684 .
- Liu , Q. , Zhang , Y. , Xu , Y. and Ye , X. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 685 – 696 .
- Dromi , N. , Avihoo , A. and Barash , D. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 147 – 162 .
- Huang , W. , Guo , Y. and Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 599 – 608 .
- Kumar , K. K. , Pugalenthi , G. and Suganthan , P. N. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 679 – 686 .
- Sabbia , V. , Romero , H. and Naya , H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 361 – 370 .
- Zhang , S. and Wang , T. 2009 . J Math Chem , 46 : 562 – 568 .
- Zhang , S. , Yang , L. and Wang , T. 2009 . J Mol Struct: THEOCHEM , 909 : 102 – 106 .
- Zhang , S. and Wang , T. 2010 . MATCH Commun. Math. Comput. Chem , 63 : 701 – 716 .
- Shapiro , B. and Zhang , K. 1990 . Comput Appl Biosci , 6 : 309 – 318 .
- Hofacker , I. L. , Bernhart , S. H. F. and Stadler , P. F. 2004 . Bioinformatics , 20 : 2222 – 2227 .
- McCaskill , J. S. 1990 . Biopolymers , 29 : 1105 – 1119 .
- Liao , B. and Wang , T. M. 2004 . J.Biomol Struct Dyn , 21 : 827 – 832 .
- González-Díaz , H. , Vilar , S. , Santana , L. , Podda , G. and Uriarte , E. 2007 . Bioorg Med Chem , 15 : 2544 – 2550 .
- González-Díaz , H. , Agüero-Chapin , G. , Varona , J. , Molina , R. , Delogu , G. , Santana , L. , Uriarte , E. and Podda , G. 2007 . J Comput Chem , 28 : 1049 – 1056 .
- González-Díaz , H. , Agüero-Chapin , G. , Varona-Santos , J. , Molina , R. , Riva , G. and Uriarte , E. 2005 . Bioorg Med Chem Lett , 15 : 2932 – 2937 .
- Zhu , W. , Liao , B. and Ding , K. 2005 . J Mol Struct: THEOCHEM , 757 : 193 – 198 .
- Liao , B. , Wang , T. and Ding , K. 2005 . Mol Simulat , 31 : 1063 – 1071 .
- Liao , B. , Wang , T. and Ding , K. 2004 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 455 – 464 .
- Luo , J. , Liao , B. , Li , R. and Zhu , W. 2006 . J Math Chem , 39 : 629 – 636 .
- Liao , B. , Luo , J. , Li , R. and Zhu , W. 2006 . Int J Quantum Chem , 106 : 1749 – 1755 .
- Liao , B. , Zhu , W. and Li , P. 2007 . J Math Chem , 42 : 1015 – 1022 .
- Liao , B. , Zhu , W. , Luo , J. and Li , R. 2007 . MATCH Commun Math Comput Chem , 57 : 687 – 695 .
- Liao , B. , Chen , W. , Sun , X. and Zhu , W. 2009 . J Comput Chem , 3 : 2205 – 2212 .
- Cao , Z. , Liao , B. , Li , R. and Zhu , W. 2009 . J Comput Theor Nanos , 6 : 1474 – 1481 .
- Liu , N and Wang , T. M. 2006 . BMC Bioinformatics , 7 : 493
- Higgs , P. G. 2001 . Quarterly Reviews of Biophysics , 33 : 199 – 253 .
- Dai , Q. and Wang , T. M. 2008 . J Comput Chem , 29 : 1292 – 1305 .
- Lempel , A. and Ziv , J. 1976 . IEEE Trans Inform Theory , 22 : 75 – 81 .
- Otu , H. H. and Sayood , K. 2003 . Bioinformatics , 19 : 2122 – 2130 .
- Liu , N. and Wang , T. 2006 . FEBS Lett , 580 : 5321 – 5327 .
- Li , B. , Li , Y. and He , H. 2005 . Geno Prot Bioinfo , 3 : 4
- Liu , L. and Wang , T. 2008 . J Theor Biol , 251 : 159 – 166 .
- Felsenstein , J. 1989 . Cladistics , 5 : 164 – 166 .
- Page , R. D. M. 1996 . Comput Appl Biosci , 12 : 357
- Koper-Zwarthoff , E. C. , Brederode , F. T. , Walstra , P. and Bol , J. F. 1979 . Nucleic Acids Res , 7 : 1887 – 1900 .
- Scott , S. W. , Ge , X. and Gen , J. 1995 . Virol , 76 : 957 – 963 .
- Cornelissen , B. J. , Janssen , H. , Zuidema , D. and Bol , J. F. 1984 . Nucleic Acids Res , 12 : 2427 – 2437 .
- Alrefai , R. H. , Shicl , P. J. , Domier , L. L. , D'Arcy , C. J. , Berger , P. H. and Korban , S. S. 1994 . J Gen Virol , 75 : 2847 – 2850 .
- Scott , S. W. and Ge , X. 1995 . J Gen Virol , 76 : 1801 – 1806 .
- Bachman , E. J. , Scott , S. W. , Xin , G. and Vance , V. B. 1994 . Virology , 201 : 127 – 131 .
- Houser-Scott , F. , Baer , M. L. , Liem , K. F. , Cai , J. M. and Gehrke , L. 1994 . J Virol , 68 : 2194 – 2205 .
- Reusken , C. B. and Bol , J. F. 1996 . Nucl Acids Res , 24 : 2660 – 2665 .
- Li , C. , Wang , A. H. and Xing , L. L. 2007 . J Comput Chem , 28 : 508 – 512 .
- Hochsmann , M. , Toller , T. , Giegerich , R. and Kurtz , S. 2003 . Proceedings of the IEEE Bioinformatics Conference (CSB 2003) , : 159 – 168 .
- Steffen , P. , Voss , B. , Rehmsmeier , M. , Reeder , J. and Giegerich , R. 2006 . Bioinformatics , 22 : 500
- Voss , B. , Giegerich , R. and Rehmsmeier , M. 2006 . BMC Biol , 4 : 5
- Hiro , H. and Osawa , S. 1986 . Proc Natl Acad Sci USA , 19 : 163 – 172 .
- Zagryadskaya , E. I. , Doyon , F. R. , Steinberg , S. V. and Journals , O. 2003 . Nucleic Acids Research , 31 : 3946 – 3953 .
- Randic , M. , Vracko , M. , Novic , M. and Plavsic , D. 2009 . Int J Quantum Chem , 109 : 2982 – 2995 .