40
Views
7
CrossRef citations to date
0
Altmetric
Original Articles

Geometric Parameters Defining the Structure of Proteins—Relation to Early-Stage Folding Step

, &
Pages 79-104 | Received 11 Feb 2011, Published online: 15 May 2012

References

  • States , D. J. , Creighton , T. E. , Dobson , C. M. and Karplus , M. 1987 . J Mol Biol , 195 : 731 – 739 .
  • States , D. J. , Dobson , C. M. and Karplus , M. 1984 . J Mol Biol , 174 : 411 – 418 .
  • Creighton , T. E. 1980 . J Mol Biol , 144 : 521 – 550 .
  • Zocchi , G. 1997 . Proc Nat Acad Sci USA. , 94 : 10647 – 10651 .
  • Kosen , P. A. , Creighton , T. E. and Blout , E. R. 1983 . Biochemistry , 22 : 2433 – 2440 .
  • Goldenberg , D. P. and Creighton , T. E. 1985 . Biopolymers , 24 : 167 – 182 .
  • Hollecker , M. and Creighton , T. E. 1983 . J Mol Biol , 168 : 409 – 437 .
  • Miranker , A. , Radford , S. E. , Karplus , M. and Dobson , C. M. 1991 . Nature , 349 : 633 – 636 .
  • Miranker , A. , Robinson , C. V. , Radford , S. E. , Aplin , R. T. and Dobson , C. M. 1993 . Science , 262 : 896 – 900 .
  • Dobson , C. M. 2001 . Phil Trans R Soc Lond B , 356 : 133 – 145 .
  • Shoemaker , K. R. , Kim , P. S. , York , E. J. , Stewart , J. M. and Baldwin , R. T. 1987 . Nature , 326 : 563 – 567 .
  • Wagner , G. and Wüthrich , K. 1982 . J Mol Biol , 155 : 347 – 366 .
  • Wüthrich , K. 1986 . NMR of Proteins and Nucleic Acids New York : (Wiley-Interscience .
  • Kmiecik , S. , Kurcinski , M. , Rutkowska , A. , Gront , D. and Kolinski , A. 2006 . Acta Biochimica Polonica , 53 : 131 – 143 .
  • Bedard , S. , Krishna , M. M. G. , Mayne , L. and Englander , S. W. 2008 . Proc Natl Acad Sci , 105 : 7182 – 7187 .
  • Kimura , T. , Lee , J. C. , Gray , H. B. and Winkler , J. R. 2009 . Proc Natl Acad Sci USA. , 106 : 7834 – 7839 .
  • Feige , M. J. , Groscurth , S. , Marcinowski , M. , Yew , Z. T. , Truffault , V. , Paci , E. , Kessler , H. and Buchner , J. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA. , 105 : 13373 – 13378 .
  • Horst , R. , Fenton , W. A. , Englander , S. W. , Wüthrich , K. and Horwich , A. L. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA. , 104 : 20788 – 20792 .
  • Motojima , F. , Chaudhry , C. , Fenton , W. A. , Farr , G. W. and Horwich , A. L. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA. , 101 : 15005 – 15012 .
  • Sot , B. , Bañuelos , S. , Valpuesta , J. M. and Muga , A. 2003 . J Biol Chem , 278 : 32083 – 32090 .
  • Aoki , K. , Motojima , F. , Taguchi , H. , Yomo , T. and Yoshida , M. 2000 . J Biol Chem , 275 : 13755 – 13758 .
  • Wynn , R. M. , Song , J-L. and Chuang , D. T. 2000 . J Biol Chem , 275 : 2786 – 2794 .
  • Park , E. S. , Fenton , W. A. and Horwich , A. L. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA. , 104 : 2145 – 2150 .
  • Horst , R. , Bertelsen , E. B. , Fiaux , J. , Wider , G. , Horwich , A. L. and Wurthlich , K. 2005 . Proc Natl Acad Sci USA , 102 : 12748 – 12753 .
  • Bollen , Y. J. M. , Kamphuis , M. B. and van Mierlo , C. P.M. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA. , 103 : 4095 – 4100 .
  • Krishna , M. M. G. , Lin , Y. and Englander , S. W. 2004 . J Mol Biol , 343 : 1095 – 1109 .
  • Bédard , S. , Krishna , M. M. G. , Mayne , L. and Englander , S. W. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA. , 105 : 7182 – 7187 .
  • Kimura , T. , Lee , J. C. , Gray , H. B. and Winkler , J. R. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 117 – 122 .
  • Sponer , J. G. , Hopearuoho , H. , Whittaker , S. B-M. , Spence , G. R. , Moore , G. R. , Paci , E. , Radford , E. S. E. and Vendruscolo , M. 2006 . Proc Natl Acad Sci USA. , 103 : 99 – 104 .
  • Engel , M. F. M. , Visser , A. J. W. and van Mierlo , C. P.M. 2004 . Proc Natl Acad Sci , 102 : 11316 – 11321 .
  • Krishna , M. M.G. , Lin , Y. , Mayne , L. and Englanger , S. W. 2003 . J Mol Biol , 334 : 501 – 513 .
  • Lamba , J. , Paul , S. , Hasija , V. , Aggarwal , R. and Chaudhuri , T. K. 2009 . Biochemistry , 74 : 486 – 492 . (Moscow)
  • Mittal , A. , Jayaram , B. , Shenoy , S. and Bawa , T. S. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 133 – 142 .
  • Matthews , B. W. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 589 – 591 .
  • Rackovsky , S. and Scheraga , H. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 593 – 594 .
  • Sklenovsk , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
  • Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
  • Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
  • Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
  • Baker , D. The Conference of Protein Society Zurich—2009—conference lecture.
  • Alonso , D. O. V. and Daggett , V. 1998 . Protein Science , 7 : 860 – 874 .
  • Roterman , I. 1995 . J. Theor Biol , 177 : 283 – 288 .
  • Jurkowski , W. , Brylinski , M. , Konieczny , L. , Wiiniowski , Z. and Roterman , I. 2004 . Proteins , 55 : 115 – 127 .
  • Brylinski , M. , Jurkowski , W. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2004 . Bioinformatics , 20 : 199 – 205 .
  • Brylinski , M. , Jurkowski , W. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2004 . TASK Quarterly , 8 : 413 – 422 .
  • Jurkowski , W , Brylinski , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2004 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 149 – 157 .
  • Brylinski , M. , Konieczny , L. , Czerwonko , P. , Jurkowski , W. and Roterman , I. 2005 . J Biomed Biotechnol , 2 : 65 – 79 .
  • Konieczny , L. , Banach , M. , Jurkowski , W. and Roterman , I. Submitted
  • Konieczny , L. , Banach , M. , Prymula , K. , Jurkowski , W. and Roterman , I. Submitted
  • Religa , T. L. , Markson , J. S. , Mayor , U. , Freund , S. M. and Fersht , A. R. 2005 . Nature , 437 : 1053 – 1056 .

Reprints and Corporate Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

To request a reprint or corporate permissions for this article, please click on the relevant link below:

Academic Permissions

Please note: Selecting permissions does not provide access to the full text of the article, please see our help page How do I view content?

Obtain permissions instantly via Rightslink by clicking on the button below:

If you are unable to obtain permissions via Rightslink, please complete and submit this Permissions form. For more information, please visit our Permissions help page.