References
- Bolen , D. W. and Rose , G. D. 2008 . Annu Rev Biochem , 77 : 339 – 362 .
- Dill , K. A. , Ozkan , S. B. , Shell , M. S. and Weikl , T. R. 2008 . Annu Rev Biophys , 37 : 289 – 316 .
- Thirumalai , D. , Brien , E. P. O. , Morrison , G. and Hyeon , C. 2010 . Annu Rev Biophys , 39 : 159 – 183 .
- Bhargavi , K. , Kalyan Chaitanya , P. , Ramasree , D. , Vasavi , M. , Murthy , D. K. and Uma , V. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 379 – 391 .
- Mahalakshmi , A. and Shenbagarathai , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 363 – 378 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordom , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B . 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mittal , A. , Jayaram , B. , Shenoy , S. R. and Bawa , T. S. 2010 . J Biomol Struc Dyn , 28 : 133 – 142 .
- Matthews , B. W. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 589 – 591 .
- Rackovsky , S. and Scheraga , H. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 593 – 594 .
- Levinthal , C. 1968 . J Chem Phys , 65 : 44 – 45 .
- Nölting , B. , Golbik , R. , Neira , J. L. , Soler-Gonzalez , A. S. , Schreiber , G. and Fersht , A. R. 1997 . Proc Natl Acad Sci USA , 94 : 826 – 830 .
- Lindberg , M. O. and Oliveberg , M. 2007 . Curr Opin Struct Biol , 17 : 21 – 29 .
- Englander , S. W. 2000 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 29 : 213 – 238 .
- Baker , D. 2000 . Nature , 405 : 39 – 42 .
- Alm , E. and Baker , D. 1999 . Proc Natl Acad Sci USA , 96 : 11305 – 11310 .
- Clementi , C. 2008 . Curr Opin Struct Biol , 18 : 10 – 15 .
- Clementi , C. , Nymeyer , H. and Onuchic , J. N. 2000 . J Mol Biol , 298 : 937 – 953 .
- Yoon , G. , Park , H. J. , Na , S. and Eom , K. 2009 . J Comput Chem , 30 : 873 – 880 .
- Paci , E. and Karplus , M. 2000 . Proc Natl Acad Sci USA , 97 : 6521 – 6526 .
- Plaxco , K. W. , Simons , K. T. and Baker , D. 1998 . J Mol Biol , 277 : 985 – 994 .
- Dokholyan , N. V. , Li , L. , Ding , F. and Shakhnovich , E. I. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 8637 – 8641 .
- Lu , M. and Ma , J. 2005 . Biophys J , 89 : 2395 – 2401 .
- Dobbins , S. E. , Lesk , V. I. and Sternberg , M. J. E. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA , 105 : 10390 – 10395 .
- Bahar , I. , Chennubhotla , C. and Tobi , D. 2007 . Curr Opin Struct Biol , 17 : 633 – 640 .
- Schuyler , A. D. , Jernigan , R. L. , Qasba , P. K. , Ramakrishnan , B. and Chirikjian , G. S. 2009 . Proteins , 74 : 760 – 776 .
- Demirel , M. C. , Atilgan , A. R. , Jernigan , R. L. , Erman , B. and Bahar , I. 1998 . Prot Sci , 7 : 2522 – 2532 .
- Sulkowska , J. I. , Kloczkowski , A. , Sen , T. Z. , Cieplak , M. and Jernigan , R. L. 2008 . Proteins , 71 : 45 – 60 .
- Benson , N. and Daggett , V. 2008 . Prot Sci , 17 : 2038 – 2050 .
- Beck , D. A. C. , Jonsson , A. L. , Schaeffer , R. D. , Scott , K. A. , Day , R. , Toofanny , R. D. , Alonso , D. O. V. and Daggett , V. 2008 . Prot Eng Des Sel , 21 : 353 – 368 .
- Roccatano , D. , Daidone , I. , Ceruso , M. , Bossa , C. and Nola , A. D. 2003 . Biophys J , 84 : 1876 – 1883 .
- Bahar , I. and Rader , A. J. 2005 . Curr Opin Struct Biol , 15 : 1 – 7 .
- Yang , L. W. , Liu , X. , Jursa , C. J. , Holliman , M. , Rader , A. J. , Karimi , H. A. and Bahar , I. 2005 . Bioinformatics , 21 : 2978 – 2987 .
- Yang , Z. , Májek , P. and Bahar , I. 2009 . PLoS Comput Biol , 5 : e1000360
- Yang , L. , Song , G. and Jernigan , R. L. 2007 . Biophys J , 93 : 920 – 929 .
- Eom , K. , Yoon , G. , Kim , J. and Na , S. 2010 . J Comp Theor Nanosci , 7 : 1210 – 1226 .
- Doruker , P. , Nilsson , L. and Kurkcuoglu , O. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 24 : 1 – 16 .
- Su , J. G. , Jiao , X. , Sun , T. G. , Li , C. H. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2007 . Biophys J , 92 : 1326 – 1335 .
- Demirel , M. C. and Keskin , O. 2005 . J Biomol Struct Dyn , 22 : 381 – 386 .
- Dietz , H. and Rief , M. 2008 . Phys Rev Lett , 100 : 098101
- Sacquin-Mora , S. and Lavery , R. 2009 . Chemphyschem , 10 : 115 – 118 .
- Eyal , E. and Bahar , I. 2008 . Biophys J , 94 : 3424 – 3435 .
- Su , J. G. , Li , C. H. , Hao , R. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2008 . Biophys J , 94 : 4586 – 4596 .
- Atilgan , A. R. , Durell , S. R. , Jernigan , R. L. , Demirel , M. C. , Keskin , O. and Bahar , I. 2001 . Biophys J , 80 : 505 – 515 .
- Amadei , A. , Linssen , A. B. M. and Berendsen , H. J. C. 1993 . Proteins , 17 : 412 – 425 .
- Fersht , A. R. 1993 . FEBS Letters , 325 : 5 – 16 .
- Bond , C. J. , Wong , K. B. , Clarke , J. , Fersht , A. R. and Daggett , V. 1997 . Proc Natl Acad Sci USA , 94 : 13409 – 13413 .
- Kmiecik , S. and Kolinski , A. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 12330 – 12335 .
- Tirado-Rives , J. , Orozco , M. and Jorgensen , W. L. 1997 . Biochemistry , 36 : 7313 – 7329 .
- Li , A. and Daggett , V. 1998 . J Mol Biol , 275 : 677 – 694 .
- Hess , B. , Kutzner , C. , Van der Spoel , D. and Lindahl , E. 2008 . J Chem Theor Comp , 4 : 435 – 447 .
- van Gunsterren , W. F. , Billeter , S. R. , Eising , A. A. , Hunenberger , P. H. , Kruger , P. , Mark , A. E. , Scott , W. R. P. and Tironi , I. G. 1996 . Zurich, Switzerland: Hochschulverlag AG an der Zurich.
- Baudet , S. and Janin , J. 1991 . J Mol Biol , 219 : 123 – 132 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , Van Gunsteren , W. F. and Hermans , J. 1981 . Intermolecular forces Edited by: Pullman , B . 331 – 342 . Dordrecht : D Reidel publishing company .
- Bussi , G. , Donadio , D. and Parrinello , M. 2007 . J Chem Phys , 126 : 014101
- Parrinello , M. and Rahman , A. 1981 . J Appl Phys , 52 : 7182 – 7190 .
- Hess , B. , Bekker , H. , Berendsen , H. J. C. and Fraaije , J. G.E. M. 1997 . J Comput Chem , 18 : 1463 – 1472 .
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. L. , Darden , T. , Lee , H. and Pederson , L. G. 1995 . J Chem Phys , 103 : 8577 – 8592 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Eyal , E. , Yang , L. and Bahar , I. 2006 . Bioinformatics , 22 : 2619 – 2627 .
- Amadei , A. , Ceruso , M. A. and Nola , A. D. 1999 . Proteins , 36 : 419 – 424 .
- Leo-Macias , A. , Lopez-Romero , P. , Lupyan , D. , Zerbino , D. and Ortiz , A. R. 2005 . Biophys J , 88 : 1291 – 1299 .
- Stewart , G. W. 1980 . SIAM J Numer Anal , 17 : 403 – 409 .
- Mauguen , Y. , Hartley , R. W. , Dodson , E. J. , Dodson , G. G. , Bricogne , G. , Chothia , C. and Jack , A. 1982 . Nature , 297 : 162 – 164 .
- Best , R. B. , Li , B. , Steward , A. , Daggett , V. and Clarke , J. 2001 . Biophys J , 81 : 2344 – 2356 .