Pharmacophore Modeling and Hybrid Virtual Screening for the Discovery of Novel IκB Kinase 2 (IKK2) Inhibitors

References

• Lee , C. H. , Jeon , Y. T. , Kim , S. H. and Song , Y. S. 2007 . Biofactors , 29 : 19 – 35 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Karin , M. , Yamamoto , Y. and Wang , Q. M. 2004 . Nature reviews , 3 : 17 – 26 .
   Google Scholar
• Gaultier , A. , Arandjelovic , S. , Niessen , S. , Overton , C. D. , Linton , M. F. , Fazio , S. , Campana , W. M. , Cravatt , B. F. and Gonias , S. L. 2008 . Blood , 111 : 5316 – 5325 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Bakkar , N. , Wang , J. , Ladner , K. J. , Wang , H. , Dahlman , J. M. , Carathers , M. , Acharyya , S. , Rudnicki , M. A. , Hollenbach , A. D. and Guttridge , D. C. 2008 . The Journal of cell biology , 180 : 787 – 802 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ruocco , M. G. , Maeda , S. , Park , J. M. , Lawrence , T. , Hsu , L. C. , Cao , Y. , Schett , G. , Wagner , E. F. and Karin , M. 2005 . The Journal of experimental medicine , 201 : 1677 – 1687 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Schmid , J. A. and Birbach , A. 2008 . Cytokine and Growth Factor Reviews , 19 : 157 – 165 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cai , D. , Frantz , J. D. , Tawa , N. E. Jr. , Melendez , P. A. , Oh , B. C. , Lidov , H. G. , Hasselgren , P. O. , Frontera , W. R. , Lee , J. , Glass , D. J. and Shoelson , S. E. 2004 . Cell , 119 : 285 – 298 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Yang , F. , Tang , E. , Guan , K. and Wang , C. Y. 2003 . J Immunol , 170 : 5630 – 5635 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Zaph , C. , Troy , A. E. , Taylor , B. C. , Berman-Booty , L. , Guild , K. J. , Du , Y. , Yost , E. A. , Gruber , A. , May , M. J. , Greten , F. R. , Eckmann , L. , Karin , M. and Artis , D. 2007 . Nature , 446 : 552 – 556 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lee , D. F. , Kuo , H. P. , Chen , C. T. , Hsu , J. M. , Chou , C. K. , Wei , Y. , Sun , H. L. , Li , L. Y. , Ping , B. , Huang , W. C. , He , X. , Hung , J. Y. , Lai , C. C. , Ding , Q. , Su , J. L. , Yang , J. Y. , Sahin , A. A. , Hortobagyi , G. N. , Tsai , F. J. , Tsai , C. H. and Hung , M. C. 2007 . Cell , 130 : 440 – 455 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Tas , S. W. , Adriaansen , J. , Hajji , N. , Bakker , A. C. , Firestein , G. S. , Vervoordeldonk , M. J. and Tak , P. P. 2006 . Human gene therapy , 17 : 821 – 832 .
   PubMedGoogle Scholar
• Ziegelbauer , K. , Gantner , F. , Lukacs , N. W. , Berlin , A. , Fuchikami , K. , Niki , T. , Sakai , K. , Inbe , H. , Takeshita , K. , Ishimori , M. , Komura , H. , Murata , T. , Lowinger , T. and Bacon , K. B. 2005 . British journal of pharmacology , 145 : 178 – 192 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Izmailova , E. S. , Paz , N. , Alencar , H. , Chun , M. , Schopf , L. , Hepperle , M. , Lane , J. H. , Harriman , G. , Xu , Y. , Ocain , T. , Weissleder , R. , Mahmood , U. , Healy , A. M. and Jaffee , B. 2007 . Arthritis and rheumatism , 56 : 117 – 128 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Schopf , L. , Savinainen , A. , Anderson , K. , Kujawa , J. , DuPont , M. , Silva , M. , Siebert , E. , Chandra , S. , Morgan , J. , Gangurde , P. , Wen , D. , Lane , J. , Xu , Y. , Hepperle , M. , Harriman , G. , Ocain , T. and Jaffee , B. 2006 . Arthritis and rheumatism , 54 : 3163 – 3173 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Catley , M. C. , Sukkar , M. B. , Chung , K. F. , Jaffee , B. , Liao , S. M. , Coyle , A. J. , Haddad el , B. , Barnes , P. J. and Newton , R. 2006 . Mol Pharmacol , 70 : 697 – 705 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Yang , S. Y. 2010 . Drug Discov Today , 15 : 444 – 450 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kahlon , A. K. , Roy , S. and Sharma , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 201 – 210 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Akten , E. D. , Cansu , S. and Doruker , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 13 – 25 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Andrianov , A. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 445 – 454 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Andrianov , A. M. and Anishchenko , I. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 179 – 193 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ompraba , G. , Velmurugan , D. , Louis , P. A. and Rafi , Z. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 489 – 499 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cambria , M. T. , Di Marino , D. , Falconi , M. , Garavaglia , S. and Cambria , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 501 – 509 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• da Cunha , E. F.F. , Barbosa , E. F. , Oliveira , A. A. and Ramalho , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 619 – 625 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Banappagari , S. , Ronald , S. and Satyanarayanajois , S. D. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 289 – 308 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Meynier , C. , Guerlesquin , F. and Roche , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 49 – 57 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Mohan , S. , Perry , J. J. P. , Poulose , N. , Nair , B. G. and Anilkumar , G. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 455 – 464 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ramalho , T. C. , Caetano , M. S. , da Cunha , E. F.F. , Souza , T. C. S. and Rocha , M. V. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 195 – 207 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sille , J. and Remko , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 431 – 444 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 271 – 282 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 627 – 640 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chen , C. Y. , Chang , Y. H. , Bau , D. T. , Huang , H. J. , Tsai , F. J. , Tsai , C. H. and Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 171 – 178 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , C. Y. , Hsu , C. H. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 23 – 37 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 187 – 200 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Chang , T. T. , Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. , Sun , M. F. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 309 – 321 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Barnum , D. , Greene , J. , Smellie , A. and Sprague , P. 1996 . J Chem Inf Comput Sci , 36 : 563 – 571 .
   PubMedGoogle Scholar
• Vadivelan , S. , Sinha , B. N. , Irudayam , S. J. and Jagarlapudi , S. A. 2007 . J Chem Inf Model , 47 : 1526 – 1535 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Fischer , R. 1966 . The Principle of Experimentation Illustrated by a Psycho-Physical 8th ed.; ExpeHafner Publishing Co. Hafner Publishing: New York, Chapter II .
   Google Scholar
• Mercurio , F. , Zhu , H. , Murray , B. , Shevchenko , A. , Bennett , B. , Li , J. , Young , D. , Barbosa , M. , Mann , M. , Manning , A. and Rao , A. 1997 . Science , 278 : 860
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Altschul , S. , Madden , T. , Schaffer , A. , Zhang , J. , Zhang , Z. , Miller , W. and Lipman , D. 1997 . J Nucleic Acids Res , 25 : 3389
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Debreczeni , J. , Rellos , P. , Fedorov , O. , Niesen , F. , Bhatia , C. , Shrestha , L. , Salah , E. , Smee , C. , Colebrook , S. , Berridge , G. , Gileadi , O. , Bunkoczi , G. , Ugochukwu , E. , Pike , A. , Von Delft , F. , Knapp , S. , Sundstrom , M. , Weigelt , J. , Arrowsmith , C. and Edwards , A. DOI:10.2210/pdb2jc6/pdb
   Google Scholar
• Pike , A. , Rellos , P. , Niesen , F. , Turnbull , A. , Oliver , A. , Parker , S. , Turk , B. , Pearl , L. and Knapp , S. 2008 . The EMBO Journal , 27 : 704 – 714 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Bonn , S. , Herrero , S. , Breitenlechner , C. , Erlbruch , A. , Lehmann , W. , Engh , R. , Gassel , M. and Bossemeyer , D. 2006 . J Biol Chem , 281 : 24818 – 24830 .
   PubMedGoogle Scholar
• Marx , A. , Nugoor , C. , Mueller , J. , Panneerselvam , S. , Timm , T. , Bilang , M. , Mylonas , E. , Svergun , D. , Mandelkow , E. and Mandelkow , E. 2006 . J Biol Chem , 281 : 27586 – 27599 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Mayo , S. L. , Olafson , B. D. and Goddard , W. A. 1990 . The Journal of Physical Chemistry , 94 : 8897 – 8909 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Venkatachalam , X. J.C. M. , Oldfield , T. and Waldman , M. 2003 . J Mol Graphics Model , 21 : 289 – 307 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gehlhaar , G. V.D.K. , Rejto , P. A. , Sherman , C. J. , Fogel , D. B. and Fogel , L. J. 1995 . Chem Biol , 2 : 317 – 324 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Jain , A. 1996 . J Comput-Aided Mol Des , 10 : 427 – 440 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Muegge , Y. M. I. 1999 . J Med Chem , 42 : 791 – 804 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Clark , A. S.R.D. , Leonard , J. M. , Blake , J. F. and Matthew , J. B. 2002 . J Mol Graphics Modell , 20 : 281 – 295 .
   Google Scholar
• Bingham , A. H. , Davenport , R. J. , Gowers , L. , Knight , R. L. , Lowe , C. , Owen , D. A. , Parry , D. M. and Pitt , W. R. 2004 . Bioorg Med Chem Lett , 14 : 409 – 412 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Waelchli , R. , Bollbuck , B. , Bruns , C. , Buhl , T. , Eder , J. , Feifel , R. , Hersperger , R. , Janser , P. , Revesz , L. , Zerwes , H. G. and Schlapbach , A. 2006 . Bioorg Med Chem Lett , 16 : 108 – 112 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Murata , T. , Shimada , M. , Sakakibara , S. , Yoshino , T. , Kadono , H. , Masuda , T. , Shimazaki , M. , Shintani , T. , Fuchikami , K. , Sakai , K. , Inbe , H. , Takeshita , K. , Niki , T. , Umeda , M. , Bacon , K. B. , Ziegelbauer , K. B. and Lowinger , T. B. 2003 . Bioorg Med Chem Lett , 13 : 913 – 918 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Morwick , T. , Berry , A. , Brickwood , J. , Cardozo , M. , Catron , K. , DeTuri , M. , Emeigh , J. , Homon , C. , Hrapchak , M. , Jacober , S. , Jakes , S. , Kaplita , P. , Kelly , T. A. , Ksiazek , J. , Liuzzi , M. , Magolda , R. , Mao , C. , Marshall , D. , McNeil , D. , Prokopowicz , A. III , Sarko , C. , Scouten , E. , Sledziona , C. , Sun , S. , Watrous , J. , Wu , J. P. and Cywin , C. L. 2006 . J Med Chem , 49 : 2898 – 2908 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Baxter , A. , Brough , S. , Cooper , A. , Floettmann , E. , Foster , S. , Harding , C. , Kettle , J. , McInally , T. , Martin , C. , Mobbs , M. , Needham , M. , Newham , P. , Paine , S. , St-Gallay , S. , Salter , S. , Unitt , J. and Xue , Y. 2004 . Bioorg Med Chem Lett , 14 : 2817 – 2822 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Christopher , J. , Bamborough , P. , Alder , C. , Campbell , A. , Cutler , G. , Down , K. , Hamadi , A. , Jolly , A. , Kerns , J. , Lucas , F. , Mellor , G. , Miller , D. , Morse , M. , Pancholi , K. , Rumsey , W. , Solanke , Y. and Williamson , R. 2009 . J Med Chem , 52 : 3098 – 3102 .
   PubMedGoogle Scholar
• Beaulieu , F. , Ouellet , C. , Ruediger , E. H. , Belema , M. , Qiu , Y. , Yang , X. , Banville , J. , Burke , J. R. , Gregor , K. R. , MacMaster , J. F. , Martel , A. , McIntyre , K. W. , Pattoli , M. A. , Zusi , F. C. and Vyas , D. 2007 . Bioorg Med Chem Lett , 17 : 1233 – 1237 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Belema , M. , Bunker , A. , Nguyen , V. N. , Beaulieu , F. , Ouellet , C. , Qiu , Y. , Zhang , Y. , Martel , A. , Burke , J. R. , McIntyre , K. W. , Pattoli , M. A. , Daloisio , C. , Gillooly , K. M. , Clarke , W. J. , Brassil , P. J. , Zusi , F. C. and Vyas , D. M. 2007 . Bioorg Med Chem Lett , 17 : 4284 – 4289 .
   PubMedGoogle Scholar
• Murata , T. , Shimada , M. , Kadono , H. , Sakakibara , S. , Yoshino , T. , Masuda , T. , Shimazaki , M. , Shintani , T. , Fuchikami , K. , Bacon , K. B. , Ziegelbauer , K. B. and Lowinger , T. B. 2004 . Bioorg Med Chem Lett , 14 : 4013 – 4017 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kempson , J. , Spergel , S. , Guo , J. , Quesnelle , C. , Gill , P. , Belanger , D. , Dyckman , A. , Li , T. , Watterson , S. , Langevine , C. , Das , J. , Moquin , R. , Furch , J. , Marinier , A. , Dodier , M. , Martel , A. , Nirschl , D. , Van Kirk , K. , Burke , J. , Pattoli , M. , Gillooly , K. , McIntyre , K. , Chen , L. , Yang , Z. , Marathe , P. , Wang-Iverson , D. , Dodd , J. , McKinnon , M. , Barrish , J. and Pitts , W. 2009 . J Med Chem , 52 : 1994 – 2005 .
   PubMedGoogle Scholar
• Nagarajan , S. , Doddareddy , M. r. , Choo , H. , Cho , Y. S. , Oh , K.-S. , Lee , B. H. and Pae , A. N. 2009 . Bioorg. Med Chem , 17 : 2759 – 2766 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bamborough , P. , Christopher , J. A. , Cutler , G. J. , Dickson , M. C. , Mellor , G. W. , Morey , J. V. , PatelL , C. B. and Shewchuk , M. 2006 . Bioorg Med Chem , 16 : 6236 – 6240 .
   Google Scholar
• Belema , M. , Bunker , A. , Nguyen , V. N. , Beaulieu , F. , Ouellet , C. , Qiu , Y. , Zhang , Y. , Martel , A. , Burke , J. R. , McIntyre , K. W. , Pattoli , M. A. , Daloisio , C. , Gillooly , K. M. , Clarke , W. J. , Brassil , P. J. , Zusi , F. C. and Vyas , D. M. 2007 . Bioorg. Med Chem Lett , 17 : 4284 – 4289 .
   PubMedGoogle Scholar
• Bhattarai , B. R. , Ko , J. H. , Shrestha , S. , Kafle , B. , Cho , H. , Kang , J. H. and Cho , H. 2010 . Bioorg Med Chem Lett , 20 : 1075 – 1077 .
   PubMedGoogle Scholar
• Christopher , J. A. , Avitabile , B. G. , Bamborough , P. , Champigny , A. C. , Cutler , G. J. , Dyos , S. L. , Grace , K. G. , Kerns , J. K. , Kitson , J. D. , Mellor , G. W. , Morey , J. V. , Morse , M. A. , O'Malley , C. F. , Patel , C. B. , Probst , N. , Rumsey , W. , Smith , C. A. and Wilson , M. J. 2007 . Bioorg. Med Chem Lett , 17 : 3972 – 3977 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kempson , J. , Guo , J. , Das , J. , Moquin , R. V. , Spergel , S. H. , Watterson , S. H. , Langevine , C. M. , Dyckman , A. J. , Pattoli , M. , Burke , J. R. , Yang , X. , Gillooly , K. M. , McIntyre , K. W. , Chen , L. , Dodd , J. H. , McKinnon , M. , Barrish , J. C. and Pitts , W. J. 2009 . Bioorg Med Chem Lett , 19 : 2646 – 2649 .
   PubMedGoogle Scholar
• Lipinski , C. A. , Lombardo , F. , Domiay , B. W. and Freeney , P. J. 1997 . Adv Drug Deliv Rev , 23 : 3 – 25 .
   Web of Science ®Google Scholar