References
- Artavanis-Tsakonas , S. , Rand Matthew , D. and Lake , R. 1999 . Science , 284 : 770 – 776 .
- Brou , C. , Logeat , F. , Gupta , N. , Bessia , C. , LeBail , O. , Doedens , J. R. , Cumano , A. , Roux , P. , Black , R. A. and Israël , A. 2000 . Mol Cell , 5 : 207 – 216 .
- Oswald , F. , Träuber , B. , Dobner , T. , Bourteele , S. , Kostezka , U. , Adler , G. , Liptay , S. and Schmid , R. M. 2001 . Mol Cell Biol , 21 : 7761 – 7774 .
- Lai , E. C. 2004 . Development , 131 : 965 – 973 .
- Sujatha , K. , Mahalakshmi , A. , Solaiman , D. K. Y. and Shenbagarathai , R. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 771 – 779 .
- Parthiban , M. , Rajasekaran , M. B. , Ramakumar , S. and Shanmughavel , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 535 – 547 .
- Suma Mohan , S. , Perry , J. J. P. , Poulose , N. , Nair , B. G. and Anilkumar , G. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 455 – 464 .
- Vinekar , R. and Ghosh , I. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 741 – 754 .
- Mishra , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 283 – 291 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordomí , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , : 159 – 162 . 45
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Da Cunha , E. F.F. , Barbosa , E. F. , Oliveira , A. A. and Ramalho , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 619 – 625 .
- Mahalakshmi , A. and Shenbagarathai , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 363 – 378 .
- Bhargavi , K. , Kalyan Chaitanya , P. , Ramasree , D. , Vasavi , M. , Murthy , D. K. and Uma , V. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 379 – 391 .
- Roy , S. and Sen , S. 2006 . J Mol GraphicsModell , 25 : 158 – 168 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 ( 5 ) : 729 – 742 .
- Mittal , A. , Jayaram , B. , Shenoy , S. and Bawa , T. S. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 133 – 142 .
- Parks , A. L. , Stout , J. R. , Shepard , S. B. , Klueg , K. M. , Dos Santos , A. A. , Parody , T. R. , Vaskova , M. and Muskavitch , M. A. T. 2006 . Genetics , 174 : 1947 – 1961 .
- Tovchigrechko , A. and Vakser , I. A. 2006 . Nucleic Acids Res , 34 : 310 – 314 .
- Arnold , K. , Bordoli , L. , Kopp , J. and Schwede , T. 2006 . Bioinformatics , 22 : 195 – 201 .
- Reynolds , C. , Damerell , D. , Jones , S. and Protor , P . 2008 . A. protein-protein interaction analysis Server . Bioinformatics , 25 : 413 – 414 .
- Chakrabarti , P. and Janin , J. 2002 . Proteins , 47 : 334 – 343 .
- Saha , R. P. , Bahadur , R. P. , Pal , A. , Mandal , S. and Chakrabarti , P. 2006 . BMC Struct Bio , 6 : 11
- Krissinel , E. and Henrick , K. 2007 . J Mol Biol , 372 : 774 – 797 .
- Hassan , S. A. , Mehler , E. L. , Zhang , D. and Weinstein , H. 2003 . Proteins , 51 : 109 – 125 .
- Hassan , S. A. , Guarnieri , F. and Mehler , E. L. 2000 . J Phys Chem B , 104 : 6478 – 6489 .
- Hassan , S. A. , Guarnieri , F. and Mehler , E. L. 2000 . J Phys Chem B , 104 : 6490 – 6498 .
- Hassan , S. A. 2004 . J Phys Chem B , 50 : 19501 – 19509 .
- Hassan , S. A. and Mehler , E. L. 2005 . Int J Quantum Chem , 102 : 986 – 1001 .
- Hassan , S. A. 2007 . J Phys Chem B , 111 : 227 – 241 .
- Cheatham , T. E. , Miller , J. L. , Fox , T. , Darden , T. and Kollman , P. A. 1995 . J Am Chem Soc , 117 : 4193 – 4194 .
- Yonetani , Y. 2007 . Frontiers of Comp Science , 3 : 209 – 214 .
- Hockney , R. W. 1970 . Meth in Comput Phys , 9 : 136 – 211 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . J Comp Chem , 4 : 187 – 217 .
- Foloppe , N. and Mackerell , A. D. Jr. 2000 . J Comp Chem , 56 : 86 – 104 .
- Van Gunsteren , W. F. and Berendsen , H. J. C. 1977 . Mol Phys , 34 : 1311 – 1327 .
- Brooks , C. L. III and Karplus , M. 1983 . J. Chem Phys , 79 : 6312 – 6325 .
- Laskowski , R. A. , MacArthur , M. W. , Moss , D. and Thornton , J. M. 1993 . J Appl Cryst , 26 : 283 – 291 .
- Cordle , J. , Johnson , S. , Zi , Y. , Tay , J. , Roversi , P. , Wilkin , M. B. , de Madrid , B. H. , Shimizu , H. , Jensen , S. , Whiteman , P. , Jin , B. , Redfield , C. , Baron , M. , Lea , S. M. and Handford , P. 2008 . Nat Struct Mol Biol , 15 ( 8 ) : 849 – 857 .
- Jones , S. and Thronton , J. M. 1996 . Proc Natl Acad Sci USA , 93 : 13 – 20 .
- Furthauer , M. and González-Gáitan , M. 2009 . Traffic , 10 ( 7 ) : 792 – 802 .