References
- Tan , J. J. , Cong , X. J. , Hu , L. M. , Wang , C. X. , Jia , L. and Liang , X. J. 2010 . Drug Discov Today , 15 : 186 – 197 .
- Luo , Z. G. , Tan , J. J. , Zeng , Y. , Wang , C. X. and Hu , L. M. 2010 . Mini-Rev Med Chem , 10 : 1046 – 1057 .
- Zheng , R. L. , Jenkins , T. M. and Craigie , R. 1996 . Proc Natl Acad Sci U S A , 93 : 13659 – 13664 .
- Lee , S. P. , Xiao , J. M. , Knutson , J. R. , Lewis , M. S. and Han , M. K. 1997 . Biochemistry (Mosc) , 36 : 173 – 180 .
- Engelman , A. and Craigie , R. 1992 . J Virol , 66 : 6361 – 6369 .
- Kulkosky , J. , Jones , K. S. , Katz , R. A. , Mack , J. P. G. and Skalka , A. M. 1992 . Mol Cell Biol , 12 : 2331 – 2338 .
- Polard , P. and Chandler , M. 1995 . Mol Microbiol , 15 : 13 – 23 .
- Engelman , A. , Hickman , A. B. and Craigie , R. 1994 . J Virol , 68 : 5911 – 5917 .
- Vink , C. , Groeneger , A. A.M. O. and Plasterk , R. H. A. 1993 . Nucleic Acids Res , 21 : 1419 – 1425 .
- Cherepanov , P. , Maertens , G. , Proost , P. , Devreese , B. , Van Beeumen , J. , Engelborghs , Y. , De Clercq , E. and Debyser , Z. 2003 . J Biol Chem , 278 : 372 – 381 .
- Ciuffi , A. , Llano , M. , Poeschla , E. , Hoffmann , C. , Leipzig , J. , Shinn , P. , Ecker , J. R. and Bushman , F. 2005 . Nat Med , 11 : 1287 – 1289 .
- Dietz , F. , Franken , S. , Yoshida , K. , Nakamura , H. , Kappler , J. and Gieselmann , V. 2002 . The Biochemical Journal , 366 : 491 – 500 .
- Ge , H. , Si , Y. and Roeder , R. G. 1998 . EMBO , J17 : 6723 – 6729 .
- Singh , D. P. , Ohguro , N. , Kikuchi , T. , Sueno , T. , Reddy , V. N. , Yuge , K. , Chylack , L. T. and Shinohara , T. 2000 . Biochem Biophys Res Commun , 267 : 373 – 381 .
- Cherepanov , P. , Devroe , E. , Silver , P. A. and Engelman , A. 2004 . J Biol Chem , 279 : 48883 – 48892 .
- Llano , M. , Vanegas , M. , Hutchins , N. , Thompson , D. , Delgado , S. and Poeschla , E. M. 2006 . J Mol Biol , 360 : 760 – 773 .
- Cherepanov , P. , Sun , Z. Y. J. , Rahman , S. , Maertens , G. , Wagner , G. and Engelman , A. 2005 . Nat Struct Mol Biol , 12 : 526 – 532 .
- Bradley , C. M. and Craigie , R. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 17543 – 17544 .
- Cherepanov , P. , Ambrosio , A. L. B. , Rahman , S. , Ellenberger , T. and Engelman , A. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 17308 – 17313 .
- Llano , M. , Delgado , S. , Vanegas , M. and Poeschla , E. M. 2004 . J Biol Chem , 279 : 55570 – 55577 .
- Emiliani , S. , Mousnier , A. , Busschots , K. , Maroun , M. , Van Maele , B. , Tempe , D. , Vandekerckhove , L. , Moisant , F. , Ben-Slama , L. , Witvrouw , M. , Christ , F. , Rain , J. C. , Dargemont , C. , Debyser , Z. and Benarous , R. 2005 . J Biol Chem , 280 : 25517 – 25523 .
- Llano , M. , Saenz , D. T. , Meehan , A. , Wongthida , P. , Peretz , M. , Walker , W. H. , Teo , W. L. and Poeschla , E. M. 2006 . Science , 314 : 461 – 464 .
- Du , L. , Zhao , Y. , Chen , J. , Yang , L. , Zheng , Y. , Tang , Y. , Shen , X. and Jiang , H. 2008 . Biochem Biophys Res Commun , 375 : 139 – 144 .
- Yang , Z. W. , Wu , N. , Fu , Y. J. , Yang , G. , Wang , W. , Zu , Y. G. and Efferth , T. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 323 – 330 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Ramalho , T. C. , Rocha , M. V. J. , da Cunha , E. F.F. , Oliveira , L. C. A. and Carvalho , K. T. G. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 227 – 238 .
- Ompraba , G. , Velmurugan , D. , Louis , P. A. and Rafi , Z. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 489 – 499 .
- Nekrasov , A. N. and Zinchenko , A. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 85 – 96 .
- Nasiri , R. , Bahrami , H. , Zahedi , M. , Moosavi-Movahedi , A. A. and Sattarahmady , N. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 211 – 226 .
- Kahlon , A. K. , Roy , S. and Sharma , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 201 – 210 .
- Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 187 – 200 .
- Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , C. Y. , Hsu , C. H. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 23 – 37 .
- da Cunha , E. F.F. , Barbosa , E. F. , Oliveira , A. A. and Ramalho , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 619 – 625 .
- Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 627 – 640 .
- Chang , T. T. , Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. , Sun , M. F. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 309 – 321 .
- Cambria , M. T. , Di Marino , D. , Falconi , M. , Garavaglia , S. and Cambria , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 501 – 509 .
- Banappagari , S. , Ronald , S. and Satyanarayanajois , S. D. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 289 – 308 .
- Zhong , L. H. and Xie , J. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Ramalho , T. C. , Caetano , M. S. , da Cunha , E. F.F. , Souza , T. C. S. and Rocha , M. V. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 195 – 207 .
- Praveena , G. and Kolandaivel , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 37 – 47 .
- Parthiban , M. , Rajasekaran , M. B. , Ramakumar , S. and Shanmughavel , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 535 – 547 .
- Moosavi-Movahedi , A. A. , Mousavy , S. J. , Divsalar , A. , Babaahmadi , A. , Karimian , K. , Shafiee , A. , Kamarie , M. , Poursasan , N. , Farzami , B. , Riazi , G. H. , Hakimelahi , G. H. , Tsai , F. Y. , Ahmad , F. , Amani , M. and Saboury , A. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 319 – 329 .
- Mohan , S. , Perry , J. J. P. , Poulose , N. , Nair , B. G. and Anilkumar , G. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 455 – 464 .
- Meynier , C. , Guerlesquin , F. and Roche , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 49 – 57 .
- Mangels , C. , Frank , A. O. , Ziegler , J. , Klingenstein , R. , Schweimer , K. , Willbold , D. , Korth , C. , Rosch , P. and Schwarzinger , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 163 – 170 .
- Hage-Melim , L. I. D. , da Silva , C. , Semighini , E. P. , Taft , C. A. and Sampaio , S. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 27 – 35 .
- Divsalar , A. , Saboury , A. A. , Mansoori-Torshizi , H. , Moghaddam , M. I. , Ahmad , F. and Hakimelahi , G. H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 587 – 597 .
- Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 271 – 282 .
- Chen , C. Y. , Chang , Y. H. , Bau , D. T. , Huang , H. J. , Tsai , F. J. , Tsai , C. H. and Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 171 – 178 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekarz , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 497 – 507 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Andrianov , A. M. and Anishchenko , I. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 179 – 193 .
- Andrianov , A. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 445 – 454 .
- Akten , E. D. , Cansu , S. and Doruker , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 13 – 25 .
- Lin , J.-H. , Perryman , A. L. , Schames , J. R. and McCammon , J. A. 2002 . J Am Chem Soc , 124 : 5632 – 5633 .
- Amaro , R. , Baron , R. and McCammon , J. C. 2008 . J Comput-Aided Mol Des , 22 : 693 – 705 .
- Kollman , P. A. , Massova , I. , Reyes , C. , Kuhn , B. , Huo , S. H. , Chong , L. , Lee , M. , Lee , T. , Duan , Y. , Wang , W. , Donini , O. , Cieplak , P. , Srinivasan , J. , Case , D. A. and Cheatham , T. E. 2000 . Acc Chem Res , 33 : 889 – 897 .
- Wang , W. , Donini , O. , Reyes , C. M. and Kollman , P. A. 2001 . Annu Rev Biophys Biomol Struct , 30 : 211 – 243 .
- Duan , Y. , Wu , C. , Chowdhury , S. , Lee , M. C. , Xiong , G. M. , Zhang , W. , Yang , R. , Cieplak , P. , Luo , R. , Lee , T. , Caldwell , J. , Wang , J. M. and Kollman , P. 2003 . J Comput Chem , 24 : 1999 – 2012 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 .
- Kale , L. , Skeel , R. , Bhandarkar , M. , Brunner , R. , Gursoy , A. , Krawetz , N. , Phillips , J. , Shinozaki , A. , Varadarajan , K. and Schulten , K. 1999 . J Comput Phys , 151 : 283 – 312 .
- Ryckaert , J. P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J Comput Phys , 23 : 327 – 341 .
- Feller , S. E. , Zhang , Y. H. , Pastor , R. W. and Brooks , B. R. 1995 . J Chem Phys , 103 : 4613 – 4621 .
- Morris , G. M. , Goodsell , D. S. , Halliday , R. S. , Huey , R. , Hart , W. E. , Belew , R. K. and Olson , A. J. 1998 . J Comput Chem , 19 : 1639 – 1662 .
- Huey , R. , Morris , G. M. , Olson , A. J. and Goodsell , D. S. 2007 . J Comput Chem , 28 : 1145 – 1152 .
- Liu , M. , Cong , X. J. , Li , P. , Tan , J. J. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2009 . Biopolymers , 91 : 700 – 709 .
- Cong , X. J. , Tan , J. J. , Liu , M. , Chen , W. Z. and Wang , C. X. 2010 . Progress in Biochemistry and Biophysics , 37 : 904 – 915 .
- Massova , I. and Kollman , P. A. 2000 . Perspect Drug Discov , 18 : 113 – 135 .
- Honig , B. and Nicholls , A. 1995 . Science , 268 : 1144 – 1149 .
- Sanner , M. F. , Olson , A. J. and Spehner , J. C. 1996 . Biopolymers , 38 : 305 – 320 .
- Weiser , J. , Shenkin , P. S. and Still , W. C. 1999 . J Comput Chem , 20 : 217 – 230 .
- Yan , C. L. , Xiu , Z. L. , Li , X. H. , Li , S. M. , Hao , C. and Teng , H. 2008 . Proteins Struct Funct Bioin- format , 73 : 134 – 149 .
- Rafi , S. B. , Cui , G. L. , Song , K. , Cheng , X. L. , Tonge , P. J. and Simmerling , C. 2006 . J Med Chem , 49 : 4574 – 4580 .
- Jenkins , T. M. , Esposito , D. , Engelman , A. and Craigie , R. 1997 . EMBO J , 16 : 6849 – 6859 .
- Esposito , D. and Craigie , R. 1998 . EMBO J , 17 : 5832 – 5843 .
- Lu , R. , Limon , A. , Ghory , H. Z. and Engelman , A. 2005 . J Virol , 79 : 2493 – 2505 .
- Merad , H. , Porumb , H. , Zargarian , L. , René , B. , Hobaika , Z. , Maroun , R. G. , Mauffret , O. and Fermandjian , S. 2009 . PLoS One , 4 : e4081
- Al-Mawsawi , L. Q. , Fikkert , V. , Dayam , R. , Witvrouw , M. , Burke , T. R. , Borchers , C. H. and Neamati , N. 2006 . Proc Natl Acad Sci U S A , 103 : 10080 – 10085 .
- Cherepanov , P. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : 113 – 124 .