Energetics of Hydrogen Bond Switch, Residue Burial and Cavity Analysis Reveals Molecular Basis of Improved Heparin Binding to Antithrombin

References

• Van Boven , H. H. and Lane , D. A. 1997 . Semin Hematol , 34 : 188 – 204 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Silverman , G. A. , Bird , P. I. , Carrell , R. W. , Church , F. C. , Coughlin , P. B. , Gettins , P. G. , Irving , J. A. , Lomas , D. A. , Luke , C. J. , Moyer , R. W. , Pemberton , P. A. , Remold-O'Donnell , E. , Salvesen , G. S. , Travis , J. and Whisstock , J. C. 2001 . J Biol Chem. , 276 : 33293 – 33296 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Bjork , I. and Olson , S. T. 1997 . Chemistry and Biology of Serpin. 17 – 33 . New York : Plenum Press .
   Google Scholar
• Gettins , P. G. 2002 . Chem Rev , 102 : 4751 – 4804 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Petitou , M. , Herault , J. P. , Bernat , A. , Driguez , P. A. , Duchaussoy , P. , Lormeau , J. C. and Herbert , J. M. 1999 . Nature , 398 : 417 – 422 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Olson , S. T. and Bjork , I. 1991 . J Biol Chem , 266 : 6353 – 6364 .
   PubMedGoogle Scholar
• Olson , S. T. , Bjork , I. , Sheffer , R. , Craig , P. A. , Shore , J. D. and Choay , J. J. 1992 . J Biol Chem , 267 : 12528 – 12538 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Stratikos , E. and Gettins , P. G. 1999 . Proc Natl Acad Sci USA , 96 : 4808 – 4813 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gettins , P. G. W. and Olson , S. T. 2009 . J Biol Chem , 284 : 20441 – 20445 .
   PubMedGoogle Scholar
• Huntington , J. A. , Read , R. J. and Carrell , R. W. 2000 . Nature , 407 : 923 – 926 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Jin , L. , Abrahams , J. P. , Skinner , R. , Petitou , M. , Pike , R. N. and Carrell , R. W. 1997 . Proc Natl Acad Sci U S A , 94 : 14683 – 4688 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Schedin-Weiss , S. , Arocas , V. , Bock , S. C. , Olson , S. T. and Bjork , I. 2002 . Biochemistry , 41 : 12369 – 12376 .
   PubMedGoogle Scholar
• Desai , U. , Swanson , R. , Bock , S. C. , Bjork , I. and Olson , S. T. 2000 . J Biol Chem , 275 : 18976 – 18984 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Whisstock , J. C. , Pike , R. N. , Jin , L. , Skinner , R. , Pei , X. Y. , Carrell , R. W. and Lesk , A. M. 2000 . J Mol Biol , 301 : 1287 – 1305 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Schedin-Weiss , S. , Desai , U. R. , Bock , S. C. , Olson , S. T. and Bjork , I. 2004 . Biochemistry , 43 : 675 – 683 .
   PubMedGoogle Scholar
• Jairajpuri , M. A. , Lu , A. , Desai , U. , Olson , S. T. , Bjork , I. and Bock , S. C. 2003 . J Biol Chem , 278 : 15941 – 15950 .
   PubMedGoogle Scholar
• Olson , S. T. , Bjork , I. and Bock , S. C. 2002 . Trends Cardiovasc Med , 12 : 198 – 205 .
   PubMedGoogle Scholar
• Brennan , S. O. , George , P. M. and Jordan , R. E. 1987 . FEBS Lett , 219 : 431 – 436 .
   PubMedGoogle Scholar
• Turk , B. , Brieditis , I. , Bock , S. C. , Olson , S. T. and Bjork , I. 1997 . Biochemistry , 36 : 6682 – 6691 .
   PubMedGoogle Scholar
• Langdown , J. and Johnson , D. J. 2004 . J Biol Chem , 279 : 47288 – 47297 .
   PubMedGoogle Scholar
• Romisch , J. , Feussner , A. and Stauss , H. 1998 . Blood 10: , 3407
   Google Scholar
• McCoy , A. J. , Pei , X. Y. , Skinner , R. , Abrahams , J. P. and Carrell , R. W. 2003 . J Mol Biol , 326 : 823 – 833 .
   PubMedGoogle Scholar
• Picard , V. , Ersdal-Badju , E. and Bock , S. C. 1995 . Biochemistry , 34 : 8433 – 8440 .
   PubMedGoogle Scholar
• Olson , S. T. , Frances-Chmura , A. M. , Swanson , R. , Bjork , I. and Zettlmeissl , G. 1997 . Arch Biochem Biophys , 341 : 212 – 221 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Nader , H. B. , Walenga , J. M. , Berkowitz , S. D. , Ofosu , F. , Hoppensteadt , D. A. and Cella , G. 1999 . Semin Thromb Hemost , 3 : 63 – 72 .
   Google Scholar
• Frebelius , S. , Isaksson , S. and Swedenborg , J. 1996 . Arterioscler Thromb Vasc Biol , 16 : 1292 – 1297 .
   PubMedGoogle Scholar
• Johnson , D. J. D. and Huntington , J. A. 2003 . Biochemistry , 42 : 8712 – 8719 .
   PubMedGoogle Scholar
• Johnson , D. J. , Li , W. , Adams , T. E. and Huntington , J. A. 2006 . EMBO J , 25 : 2029 – 2037 .
   PubMedGoogle Scholar
• Li , W. , Johnson , D. J. , Esmon , C. T. and Huntington , J. A. 2004 . Nat Struct Mol Biol , 11 : 857 – 862 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Shandar , A. , Michael , G. , Hamed , F. and Akinori , S. 2004 . BMC Bioinformatics , 5 : 51
   PubMedGoogle Scholar
• Singh , H. and Shandar , A. 2009 . BMC Structural Biology , 9 : 25
   PubMedGoogle Scholar
• Han , L. Y. , Lin , H. H. , Li , Z. R. , Zheng , C. J. , Cao , Z. W. , Xie , B. and Chen , Y. Z. 2006 . J Chem Inf Model , 46 : 445 – 450 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J Am Chem Soc , 117 : 5179 – 5197 .
   Web of Science ®Google Scholar
• Liang , J. , Edelsbrunner , H. , Fu , P. , Sudhakar , P. V. and Subramaniam , S. 1998 . Proteins , 33 : 1 – 17 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Binkowski , T. A. , Naghibzadeh , S. and Liang , J. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 3352 – 3355 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Pettersen , E. F. , Goddard , T. D. , Huang , C. C. , Couch , G. S. , Greenblatt , D. M. , Meng , E. C. and Ferrin , T. E. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1605 – 1612 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Meagher , J. L. , Olson , S. T. and Gettins , P. G. 2000 . J Biol Chem , 275 : 2698 – 2704 .
   PubMedGoogle Scholar
• Izaguirre , G. and Olson , S. T. 2006 . J Biol Chem , 281 : 13424 – 13432 .
   PubMedGoogle Scholar
• Chowdhury , V. , Mille , B. , Olds , R. J. , Lane , D. A. , Watton , J. , Barrowcliffe , T. W. , Pabinger , I. , Woodcock , B. E. and Thein , S. L. 1995 . British Journal of Haematology , 89 : 602 – 609 .
   PubMedGoogle Scholar
• Belzar , K. J. , Zhou , A. , Carrell , R. W. , Gettins , P. G. and Huntington , J. A. 2002 . J Biol Chem , 277 : 8551 – 8558 .
   PubMedGoogle Scholar
• Olson , S. T. , Richard , B. , Izaguirre , G. , Schedin-Weiss , S. and Gettins , P. G. 2010 . Biochimie , 92 : 1587 – 1596 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Aracos , V. , Bock , S. C. , Raja , S. , Olson , S. T. and Bjork , I. 2001 . J Biol Chem , 276 : 43809 – 43817 .
   PubMedGoogle Scholar
• Schedin-Weiss , S. , Desai , U. R. , Bock , S. C. , Gettins , P. G. , Olson , S. T. and Bjork , I. 2002 . Biochemistry , 41 : 4779 – 4788 .
   PubMedGoogle Scholar
• dela Cruz , R. G. , Jairajpuri , M. A. and Bock , S. C. 2006 . J Biol Chem. , 281 : 31668 – 31676 .
   PubMedGoogle Scholar