References
- Achtman , M. , Zurth , K. , Morelli , G. , Torrea , G. , Guiyoule , A. and Carniel , E. 1999 . Proc Natl Acad Sci USA , 96 : 14043 – 14048 . . Erratum in: Proc Natl Acad Sci USA 97, 8192 (2000)
- Perry , R. D. and Fetherston , J. D. 1997 . Clin Microbiol Rev , 10 : 35 – 66 .
- Kukkonen , M. , Lahteenmaki , K. , Suomalainen , M. , Kalkkinen , N. , Emody , L. , Lang , H. and Korhonen , T. K. 2001 . Mol Microbiol , 40 : 1097 – 1111 .
- Bitam , I. , Baziz , B. , Rolain , J. , Belkaid , M. and Raoult , D. 2006 . Emerg Infect Dis , 12 : 1975 – 1976 .
- Bitam , I. , Dittmar , K. , Parola , P. , Whiting , M. F. and Raoult , D. 2010 . Int J Infect Dis , 14 : e667 – e676 .
- Eisen , R. J. , Borchert , J. N. , Holmes , J. L. , Amatre , G. , Wyk , K. V. , Enscore , R. E. , Babi , N. , Atiku , L. A. , Wilder , A. P. , Vetter , S. M. , Bearden , S. W. , Montenieri , J. A. and Gage , K. L. 2008 . Am J Trop Med Hyg , 78 : 949 – 956 .
- Lahteenmaki , K. , Virkola , R. , Saren , A. , Emody , L. and Korhonen , T. K. 1998 . Infect Immun , 66 : 5755 – 5762 .
- Lahteenmaki , K. , Kuuselam , P. and Korhonen , T. K. 2001 . FEMS Microbiol Rev , 25 : 531 – 552 .
- Achtman , M. , Morelli , G. , Zhu , P. , Wirth , T. , Diehl , I. , Kusecek , B. , Vogler , A. J. , Wagner , D. M. , Allender , C. J. , Easterday , W. R. , Chenal-Francisque , V. , Worsham , P. , Thomson , N. R. , Parkhill , J. , Lindler , L. E. , Carniel , E. and Keim , P. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 17837 – 17842 .
- Galimand , M. , Guiyoule , A. , Gerbaud , G. , Rasoamanana , B. , Chanteau , S. , Carniel , E. and Courvalin , P. 1997 . New Eng J of Med , 337 : 677 – 680 .
- Welch , T. J. , Fricke , W. F. , McDermott , P. F. , White , D. G. , Rosso , M. L. , Rasko , D. A. , Mammel , M. K. , Eppinger , M. , Rosovitz , M. J. , Wagner , D. , Rahalison , L. , LeClerc , J. E. , Hinshaw , J. M. , Lindler , L. E. , Cebula , T. A. , Carniel , E. and Ravel , J. 2007 . PloS ONE , 2 : e309
- Huennekens , F. M. , Duffy , T. H. and Vitols , K. S. 1987 . NCI Monogr , 5 : 1 – 8 .
- Ingraham , H. A. , Dickey , L. and Goulian , M. 1986 . Biochemistry , 25 : 3225 – 3230 .
- Yoshida , A. , Tanaka , S. , Hiraoka , O. , Koyama , Y. , Hirota , Y. , Ayusawa , D. , Seno , T. , Garrett , C. and Wataya , Y. 1987 . J Biol Chem , 262 : 8235 – 8241 .
- Roth , B. , Rauckman , B. S. , Ferone , R. , Baccanari , D. P. , Champness , J. N. and Hyde , R. M. 1987 . J Med Chem , 30 : 348 – 356 .
- Rosowsky , A. , Forsch , R. A. and Queener , S. F. 2002 . J Med Chem , 45 : 233 – 241 .
- Kuyper , L. F. , Roth , B. , Baccanari , D. P. , Ferone , R. , Beddell , C. R. , Champness , J. N. , Stammers , D. K. , Dann , J. , Norrington , F. E. , Baker , D. J. and Goodford , P. J. 1985 . J Med Chem , 28 : 303 – 311 .
- Akten , E. D. , Cansu , S. and Doruker , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 13 – 25 .
- Andrianov , A. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 445 – 454 .
- Andrianov , A. M. and Anishchenko , I. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 179 – 193 .
- Borkar , A. , Ghosh , I. and Bhattacharyya , D. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 695 – 712 .
- Cambria , M. T. , Di Marino , D. , Falconi , M. , Garavaglia , S. and Cambria , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 501 – 509 .
- da Cunha , E. F.F. , Barbosa , E. F. , Oliveira , A. A. and Ramalho , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 619 – 625 .
- Meynier , C. , Guerlesquin , F. and Roche , P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 49 – 57 .
- Mohan , S. , Perry , J. J. P. , Poulose , N. , Nair , B. G. and Anilkumar , G. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 455 – 464 .
- Ramalho , T. C. , Caetano , M. S. , da Cunha , E. F.F. , Souza , T. C. S. and Rocha , M. V. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 195 – 207 .
- Sille , J. and Remko , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 431 – 444 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Jin , B. , Lee , H. M. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 457 – 464 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 443 – 455 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Sharma , S. , Sonavane , U. B. and Joshi , R. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 663 – 676 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Timofeyeva , N. A. , Koval , V. V. , Knorre , D. G. , Zharkov , D. O. , Saparbaev , M. K. , Ishchenko , A. A. and Fedorova , O. S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 637 – 652 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Zhang , J. P. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. H. and Xie , J. M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Cordomi , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Hage-Melim , L. I. D. , da Silva , C. H.T.D. , Semighini , E. P. , Taft , C. A. and Sampaio , S. V. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 27 – 35 .
- Kahlon , A. K. , Roy , S. and Sharma , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 201 – 210 .
- Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 271 – 282 .
- Chen , C. Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 627 – 640 .
- Chen , C. Y. , Chang , Y. H. , Bau , D. T. , Huang , H. J. , Tsai , F. J. , Tsai , C. H. and Chen , C. Y. C. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 171 – 178 .
- Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , C. Y. , Hsu , C. H. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 23 – 37 .
- Huang , H. J. , Lee , K. J. , Yu , H. W. , Chen , H. Y. , Tsai , F. J. and Chen , C. Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 187 – 200 .
- Likhatskaya , G. N. , Solov'eva , T. F. , Novikova , O. D. , Issaeva , M. P. , Gusev , K. V. , Kryzhko , I. B. , Trifonov , E. V. and Nurminski , E. A. 2005 . J Biom Struc Dyn , 23 : 163 – 174 .
- da Cunha , E. F.F. , Ramalho , T. C. , Maia , E. R. and Alencastro , R. B. 2005 . Expert Opin Ther Patents , 15 : 967 – 986 .
- Cody , V. , Pace , J. , Chisum , K. and Rosowsky , A. 2006 . Prot Struc Func Bioinf , 65 : 959 – 969 .
- Bernstein , F. C. , Koetzle , T. F. , Williams , G. J. , Meyer , E. E. , Brice , M. D. , Rodgers , J. R. , Kennard , O. , Shimanouchi , T. and Tasumi , M. 1977 . J Mol Biol , 112 : 535 – 542 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Summerfield , R. L. , Daigle , D. M. , Mayer , S. , Mallik , D. , Hughes , D. W. , Jackson , S. G. , Sulek , M. , Organ , M. G. , Brown , E. D. and Junop , M. S. 2006 . J Med Chem , 49 : 6977 – 6986 .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Schwede , T. , Kopp , J. , Guex , N. and Peitsch , M. C. 2003 . Nucleic Acid Res , 31 : 3381 – 3385 .
- Arnold , K. , Bordoli , L. , Kopp , J. and Schwede , T. 2006 . Bioinformatics , 22 : 195 – 201 .
- Cody , V. , Galitsky , N. , Rak , D. , Luft , J. R. , Pangborn , W. and Queener , S. F. 1999 . Biochemistry , 38 : 4303 – 4312 .
- van der Spoel , D. , Lindahl , E. , Hess , B. , van Buuren , A. R. , Apol , E. , Meulenhoff , P. J. , Tieleman , D. P. , Sijbers , A. L.T. M. , Feenstra , K. A. , van Drunen , R. and Berendsen , H. J. C. 2005 . GROMACS user manual version 4.0. Groningen : University of Groningen, Department of Biophysical Chemistry .
- Berendsen , H. J. C. , Van der Spoel , D. and Van Drunen , R. 1995 . Comput Phys Commun , 91 : 43 – 56 .
- Schuettelkopf , A. W. and van Aalten , D. M.F. 2004 . Acta Crystallogr, SectD: BiolCrystallogr , 60 : 1355 – 1363 .
- Klon , A. E. , Heroux , A. , Ross , L. J. , Pathak , V. , Johnson , C. A. , Piper , J. R. , Borhani , D. W. and Mol , J. 2002 . Biol , 320 : 677 – 693 .
- Pontius , J. , Richelle , J. and Wodak , S. J. 1996 . J MolBiol , 264 : 121 – 136 .
- Laskowski , R. A. , Macarthur , M. W. , Moss , D. S. and Thornton , J. M. 1993 . J Appl Crystallogr , 26 : 283 – 291 .
- Vriend , G. J. 1990 . Mol Graph , 8 : 52 – 56 .
- Bowie , J. U. , Luthy , R. and Eisenberg , D. 1991 . Science , 253 : 164 – 170 .
- Luthy , R. , Bowie , J. U. and Eisenberg , D. 1992 . Nature , 356 : 83 – 85 .
- 2008 . http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/accessed in May
- Sippl , M. J. 1993 . Proteins , 17 : 355 – 362 .
- Hehre , W. J. , Deppmeier , B. J. and Klunzinger , P. E. 1999 . PC SPARTAN Pro. Irvine , CA : Wavefunction .
- Dewar , M. J. S. , Zoebisch , E. G. , Healy , E. F. and Stewart , J. J. P. 1985 . J Am Chem Soc , 107 : 3902 – 3909 .
- Thomsen , R. and Christensen , M. H. 2006 . J Med Chem , 49 : 3315 – 3332 .
- Oostenbrink , C. , Villa , A. , Mark , A. E. and van Gunsteren , W. F. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1656 – 1676 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 .
- Edwards , P. M. 2002 . J Chem Inf Comput Sci , 42 : 1270 – 1271 .
- Koradi , R. , Billeter , M. and Wüthrich , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 51 – 55 .
- Warren , D. 2002 . The PyMOL molecular graphics system San Carlos , CA : DeLano Scientific .
- Ramachandran , G. N. and Sasisekharan , V. 1968 . Adv Protein Chem , 23 : 283 – 437 .
- Oefner , C. , D'arcy , A. and Winkler , F. K. 1988 . Eur J Biochem , 174 : 377 – 385 .
- Davies , J. F. , Delcamp , T. J. , Prendergad , N. J. , Ashford , V. A. , Freisheim , J. H. and Kraut , J. 1990 . Biochemistry , 29 : 9467 – 9479 .
- Polshakov , V. I. 2001 . Russ Chem Bull Int Ed50 , : 1733 – 1752 .
- Wright , J. E. , Yurasek , G. K. , Chen , Y. and et al . 2003 . Biochem Pharmacol , 65 : 1427 – 1433 . Further studies on the interaction of nonpolyglutamatable aminopterin analogs with dihydrofolate reductase and the reduced folate carrier as determinants of in vitro antitumor activity
- Warren , G. L. , Webster , A. C. , Capelli , A. M. , Clarke , B. , LaLonde , J. , Lambert , M. H. , Lindvall , M. , Nevins , N. , Semus , S. F. , Senger , S. , Tedesco , G. , Wall , I. D. , Woolven , J. M. , Peishoff , C. E. and Head , M. S. 2006 . J Med Chem , 49 : 5912 – 5931 .
- Leach , A. R. , Shoichet , B. K. and Peishoff , C. E. 2006 . J Med Chem , 49 : 5851 – 5855 .
- Kontoyanni , M. , McClellan , L. M. and Sokol , G. S. 2004 . J Med Chem , 47 : 558 – 565 .
- Gonçalves , A. S. , França , T. C.C. , Villar , J. D. F. and Pascutti , P. G. 2011 . J Braz Chem Soc , 22 : 155 – 165 .
- Guimarães , A. P. , Oliveira , A. A. , Cunha , E. F. F. , Ramalho , T. C. and França , T. C.C. 2011 . J Biom Struc Dyn , 28 : 455 – 469 .
- Guimarães , A. P. , Oliveira , A. A. , Cunha , E. F. F. , Ramalho , T. C. and França , T. C.C. 2011 . J Mol Model , 17 : 1 – 13 .
- da Silva , M. L. , da Silva , A. G. , Batista , P. R. , Figueroa-Villar , J. D. , Pascutti , P. G. and França , T. C.C. 2010 . Mol Sim , 36 : 5 – 14 .
- França , T. C.C. , Rocha , M. R. M. , Reboredo , B. M. , Renno , M. N. , Tinoco , L. W. and Figueroa-Villar , J. D. 2008 . J Braz Chem Soc , 19 : 64 – 73 .
- Gonçalves , A. S. , França , T. C.C. , Wilter , A. and Villar , J. D. F. 2006 . J Braz Chem Soc , 17 : 968 – 975 .
- França , T. C.C. , Wilter , A. , Pascutti , P. G. , Ramalho , T. C. and Figueroa-Villar , J. D. 2006 . J Braz Chem Soc , 17 : 1383 – 1392 .
- França , T. C.C. , Pascutti , P. G. , Ramalho , T. C. and Figueroa-Villar , J. D. 2005 . Biophys Chem , 115 : 1 – 10 .
- França , T. C.C. , Medeiros , A. L. , Santos Filho , O. A. , Santos , E. C. P. and Figueroa-Villar , J. D. 2004 . J Braz Chem Soc , 15 : 450 – 454 .