References
- Das , S. , Mukherjee , R. , Sahoo , S. , Thakkar , R. and Chakrabarti , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 381 – 390 .
- Das , S. , Mitra , S. and Chakrabarti , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 239 – 246 .
- Guo , F. B. and Lin , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 413 – 420 .
- Cho , I. H. , Lu , Z. R. , Yu , J. R. , Park , Y. D. , Yang , J. M. , Hahn , M. J. and Zou , F. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 331 – 345 .
- Sabbia , V. , Romero , H. , Musto , H. and Naya , H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 361 – 369 .
- Zhao , J. N. , Wang , Y. , Zhao , B. S. and Chen , L. L. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 371 – 380 .
- Mukhopadhyay , P. and Ghosh , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 477 – 488 .
- Anbazhagan , P. , Purushottam , M. , Kumar , H. B. K. , Mukherjee , O. , Jain , S. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 581 – 598 .
- Putta , P. and Mitra , C. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 599 – 610 .
- Liu , Z. , Xu , Y. , Wu , L. and Zhang , S. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 97 – 106 .
- Lu , Z. R. , Seo , E. , Yan , L. , Yin , S. J. , Si , Y. X. , Qian , G. Y. , Park , Y. D. and Yang , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 259 – 276 .
- Gojobori , T. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 840 – 841 .
- Atkinson , G. and Baldauf , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 841 – 842 .
- Aravind , L. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 843 – 843 .
- Bocs , S. , Cruveiller , S. , Vallenet , D. , Nuel , G. and Médigue , C. 2003 . Nucleic Acids Res , 13 ( 31 ) : 3723 – 3726 .
- Van Domselaar , G. H. , Stothard , P. , Shrivastava , S. , Cruz , J. A. , Guo , A. , Dong , X. , Lu , P. , Szafron , D. , Greiner , R. and Wishart , D. S. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : W455 – W459 .
- Larsen , T. S. and Krogh , A. 2003 . BMC Bioinformatics , 4 : 21
- Delecher , A. L. , Harmon , D. , Kasif , S. , White , O. and Salzberg , S. L. 1999 . Nucleic Acids Res , 27 : 4636 – 4641 .
- Besemer , J. , Lomsadze , A. and Borodovsky , M. 2001 . Nucleic Acids Res , 29 : 2607 – 2618 .
- Vallenet , D. , Engelen , S. , Mornico , D. , Cruveiller , S. , Fleury , L. , Lajus , A. , Rousy , Z. , Roche , D. , Salvignol , G. and Scarpelli , C. 2009 . Database Médigue., bap021 (2009)
- Zhu , H. Q. , Hu , G. Q. , Yang , Y. F. , Wang , J. and She , Z. S. 2007 . BMC Bioinformatics , 8 : 97
- Aziz , R. K. , Bartels , D. , Best , A. A. , Dejongh , M. , Disz , T. , Edwards , R. A. , Formsma , K. , Gerdes , S. , Glass , E. M. , Kubal , M. and et al . 2008 . BMC Genomics , 9 : 1471 – 2164 .
- Guo , F. B. , Ou , H. Y. and Zhang , C. T. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 1780 – 1789 .
- McGinnis , S. and Madden , T. L. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : w20 – w25 .
- Pearson , W. R. and Lipman , D. J. 1988 . Proc Natl Acad Sci USA , 85 : 2444 – 2448 .
- Reed , J. L. , Famili , I. , Thiele , I. and Palsson , B. O. 2006 . Nat Rev Genet , 7 : 130 – 141 .
- Brenner , S. E. 1999 . Trends Genet , 15 : 132 – 133 .
- Salzberg , S. L. 2007 . Genome Biol , 8 : 102
- Guo , F. B. and Zhang , C. T. 2006 . BMC Bioinformatics , 7 : 9
- Chen , L. L. , Ma , B. G. and Gao , N. 2008 . Atroseptica SCRI1043 . FEBS J , 275 : 198 – 206 .
- Gao , N. , Chen , L. L. , Ji , H. F. , Wang , W. , Chang , J. W. , Gao , B. , Zhang , L. , Zhang , S. C. and Zhang , H. Y. 2010 . BMC Genomics , 11 : 54
- Guo , F. B. , Wang , J. and Zhang , C. T. 2004 . DNA Res , 11 : 361 – 370 .
- Gundogdu , O. , Bentley , S. D. , Holden , M. T. , Parkhill , J. , Dorrell , N. and Wren , B. W. 2007 . BMC Genomics , 8 : 162
- Jensen , K. T. , Petersen , L. , Falk , S. , Iversen , P. , Andersen , P. , Theisen , M. and Krogh , A. 2006 . FEMS Microbial Lett , 265 : 106 – 117 .
- Luo , C. W. , Hu , G. Q. and Zhu , H. Q. 2009 . BMC Genomics , 10 : 552
- Völkl , P. , Huber , R. , Drobner , E. , Rachel , R. , Burggraf , S. , Trincone , A. and Stetter , K. O. 1993 . Appl Biochem Biotech , 93 : 2918 – 2926 .
- Fitz-Gibbon , S. T. , Ladner , H. , Kim , U. J. , Stetter , K. O. , Simon , M. I. and Miller , J. H. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 984 – 989 .
- Skovgaard , M. , Jensen , L. J. , Brunak , A. , Ussery , D. and Krogh , A. 2001 . Trends Genet , 17 : 425 – 428 .
- Gao , F. and Zhang , C. T. 2004 . Bioinformatics , 20 : 673 – 681 .
- Zhang , C. T. and Zhang , R. 1991 . Nucleic Acids Res , 19 : 6313 – 6317 .
- Zhang , R. and Zhang , C. T. 1994 . J Theor Biol , 192 : 467 – 473 .
- Dillon , W. R. and Goldstein , M. 1984 . New York , NY : Wiley .
- Pruitt , K. D. , Tatusova , T. and Maglott , D. R. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : D61 – D65 .
- Finn , R. D. , Mistry , J. , Tate , J. , Coggill , P. , Heger , A. , Pollington , J. E. , Gavin , O. L. , Gunesekaran , P. , Ceric , G. , Forslund , K. , Holm , L. , Sonnhammer , E. L. , Eddy , S. R. and Bateman , A. 2010 . Nucleic Acids Res , 38 : D211 – 222 .
- Sigrist , C. J. A. , Lorenzo , C. , Cerutti , L. , de Castro , E. , Langendijk-Genevaux , P. S. , Bulliard , V. , Bairoch , A. and Hulo , N. 2010 . Nucleic Acids Res , 38 : D161 – D166 .
- Krogh , A. , Larsson , B. , von Heijne , G. and Sonnhammer , E. L. L. 2001 . J Mol Biol , 305 : 567 – 580 .
- Tatusov , R. L. , Koonin , E. V. and Lipman , D. J. 1997 . Science , 278 : 631 – 637 .
- Tatusov , R. L. , Fedorova , N. D. , Jackson , J. D. , Jacobs , A. R. , Kiryutin , B. , Koonin , E. V. , Krylov , D. M. and et al . 2003 . BMC Bioinformatics , 4 : 41
- Nielsen , P. and Krogh , A. 2005 . Bioinformatics , 21 : 4322 – 4329 .