References
- Winkler , W. C. , Nahvi , A. , Sudarsan , N. , Barrick , J. E. and Breaker , R. R. 2003 . Nat. Struct Biol , 10 : 701 – 707 .
- Sudarsan , N. , Wickiser , J. K. , Nakamura , S. , Ebert , M. S. and Breaker , R. R. 2003 . Genes Dev , 17 : 2688 – 2697 .
- Sudarsan , N. , Barrick , J. E. and Breaker , R. R. 2003 . RNA , 9 : 644 – 647 .
- Winkler , W. C. , Cohen-Chalamish , S. and Breaker , R. R. 2002 . Proc Natl Acad Sci U S A , 99 : 15908 – 15913 .
- Suess , B. , Fink , B. , Berens , C. , Stentz , R. and Hillen , W. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : 1610 – 1614 .
- Batey , R. T. , Gilbert , S. D. and Montange , R. K. 2004 . Nature , 432 : 411 – 415 .
- Mandal , M. , Boese , B. , Barrick , J. E. , Winkler , W. C. and Breaker , R. R. 2003 . Cell , 113 : 577 – 586 .
- Winkler , W. , Nahvi , A. and Breaker , R. R. 2002 . Nature , 419 : 952 – 956 .
- Mandal , M. and Breaker , R. R. 2004 . Nat Struct Mol Biol , 11 : 29 – 35 .
- Epshtein , V. , Mironov , A. S. and Nudler , E. 2003 . Proc Natl Acad Sci U S A , 100 : 5052 – 5056 .
- Grundy , F. J. , Lehman , S. C. and Henkin , T. M. 2003 . Proc Natl Acad Sci U S A , 100 : 12057 – 12062 .
- Dann , C. E. , Wakeman , C. A. , Sieling , C. L. , Baker , S. C. , Irnov , I. and Winkler , W. C. 2007 . Cell , 130 : 878 – 892 .
- Mironov , A. S. , Gusarov , I. , Rafikov , R. , Lopez , L. E. , Shatalin , K. , Kreneva , R. A. , Perumov , D. A. and Nudler , E. 2002 . Cell , 111 : 747 – 756 .
- Roth , A. , Winkler , W. C. , Regulski , E. E. , Lee , B. W. , Lim , J. , Jona , I. , Barrick , J. E. , Ritwik , A. , Kim , J. N. , Welz , R. , Iwata-Reuyl , D. and Breaker , R. R. 2007 . Nat Struct Mol Biol , 14 : 308 – 317 .
- Serganov , A. 2009 . Curr Opin Struct Biol , 19 : 251 – 259 .
- Garst , A. D. and Batey , R. T. 2009 . Biochim Biophys Acta , 1789 : 584 – 591 .
- Noeske , J. , Richter , C. , Grund1 , M. A. , Nasiri , H. R. , Schwalbe , H. and Wohnert , J. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 1372 – 1377 .
- Mandal , M. , Lee , M. , Barrick , J. E. , Weinberg , Z. , Emilsson , G. M. , Ruzzo , W. L. and Breaker , R. R. 2004 . Science , 306 : 275 – 279 .
- Nudler , E. and Mironov , A. S. 2004 . Trends Biochem Sci , 29 : 11 – 17 .
- Brant1 , S. 2004 . Trends Microbiol , 12 : 473 – 475 .
- Mandal , M. and Breaker , R. R. 2004 . Nat Rev Mol Cell Biol , 5 : 451 – 463 .
- Vitreschak , A. G. , Rodionov , D. A. , Mironov , A. A. and Gelfand , M. S. 2004 . Trends Genet , 20 : 44 – 50 .
- Wachter , A. , Tunc-Ozdemir , M. , Grove , B. C. , Green , P. J. , Shintani , D. K. and Breaker , R. R. 2007 . Plant Cell , 19 : 3437 – 3450 .
- Ling , B. , Wang , Z. , Zhang , R. , Meng , X. , Liu , Y. , Zhang , C. and Liu , C. 2009 . J Mol Graph Model , 28 : 37 – 45 .
- Serganov , A. , Yuan , Y. R. , Pikovskaya , O. , Polonskaia , A. , Malinina , L. , Phan , A. T. , Hobartner , C. , Micura , R. , Breaker , R. R. and Patel , D. J. 2004 . Chem Biol , 11 : 1729 – 1741 .
- Ali , M. , Lipfert , J. , Seifert , S. , Herschlag , D. and Doniach , S. 2009 . J Mol Biol ,
- Garst , A. D. , Heroux , A. , Rambo , R. P. and Batey , R. T. 2008 . J Biol Chem , 283 : 22347 – 22351 .
- Delfosse , V. , Bouchard , P. , Bonneau , E. , Dagenais , P. , Lemay , J. F. , Lafontaine , D. A. and Legault , P. 2010 . Nucleic Acids Res , 38 : 2057 – 2068 .
- Stoddard , C. D. , Gilbert , S. D. and Batey , R. T. 2008 . RNA , 14 : 675 – 684 .
- Brenner , M. D. , Scanlan , M. S. , Nahas , M. K. , Ha , T. and Silverman , S. K. 2010 . Biochemistry , 49 : 1596 – 1605 .
- Gilbert , S. D. , Mediatore , S. J. and Batey , R. T. 2006 . J Am Chem Soc , 128 : 14214 – 14215 .
- Noeske , J. , Buck , J. , Furtig , B. , Nasiri , H. R. , Schwalbe , H. and Wohnert , J. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : 572 – 583 .
- Noeske , J. , Schwalbe , H. and Wohnert , J. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : 5262 – 5273 .
- Gilbert , S. D. , Stoddard , C. D. , Wise , S. J. and Batey , R. T. 2006 . J Mol Biol , 359 : 754 – 768 .
- Ottink , O. M. , Rampersad , S. M. , Tessari , M. , Zaman , G. J. , Heus , H. A. and Wijmenga , S. S. 2007 . RNA , 13 : 2202 – 2212 .
- Sharma , M. , Bulusu , G. and Mitra , A. 2009 . RNA , 15 : 1673 – 1692 .
- Villa , A. , Wohnert , J. and Stock , G. 2009 . Nucleic Acids Res , 37 : 4774 – 4786 .
- Gilbert , S. D. , Love , C. E. , Edwards , A. L. and Batey , R. T. 2007 . Biochemistry , 46 : 13297 – 13309 .
- Cai , L. , Pei , Z. and Chen , S. 2009 . Acta Biophys Sin , 25 : 65 – 71 .
- Luo , L. , Zhang , S.-W. , Chen , W. and Pan , Q. 2009 . Acta Biophys Sin , 25 : 282 – 286 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . Acta Biophys Sin , 26 : 783 – 789 .
- Priyakumar , U. D. and MacKerell , A. D. Jr. 2010 . J Mol Biol , 396 : 1422 – 1438 .
- Daldrop , P. , Reyes , F. E. , Robinson , D. A. , Hammond , C. M. , Lilley , D. M. , Batey , R. T. and Brenk , R. 2011 . Chem Biol , 18 : 324 – 335 .
- Bastet , L. , Dube , A. , Masse , E. and Lafontaine , D. A. 2011 . Mol Microbiol , 80 : 1148 – 1154 .
- Cao , S. and Chen , S. J. 2011 . J Phys Chem B , 115 : 4216 – 4226 .
- Chen , S. J. 2008 . Annual Review of Biophysics , 37 : 197 – 214 .
- Rao , G. S. , Ramachandran , M. V. and Bajaj , J. S. 2006 . J Biomol Struct Dyn , 23 : 377 – 384 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Lee , H. M. , Jin , B. , Han , S. W. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 421 – 430 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Lu , Z. R. , Seo , E. , Yan , L. , Yin , S. J. , Si , Y. X. , Qian , G. Y. , Park , Y. D. and Yang , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 259 – 276 .
- He , Y. , Chen , C. and Xiao , Y. 2009 . J Comput Biol , 16 : 1719 – 1730 .
- Xiao , Y. , Chen , C. and He , Y. 2009 . Int J Mol Sci , 10 : 2838 – 2848 .
- He , Y. , Zhou , R. , Huang , Y. and Xiao , Y. 2009 . Comput Biol Chem , 33 : 325 – 328 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2008 . Bioinformatics , 24 : 659 – 665 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2006 . Phys Biol , 3 : 161 – 171 .
- Chen , C. , Xiao , Y. and Zhang , L. 2005 . Biophys J , 88 : 3276 – 3285 .
- Case , D. A. , Darden , T. A. , Cheatham , I. T. E. , Simmerling , C. L. , Wang , R. E.D. J. , Luo , R. K.M. M. , Pearlman , D. A. , Crowley , M. , Walker , R. C. , Zhang , W. , Wang , B. , Hayik , S. A. R. , Seabra , G. , Wong , K. F. , Paesani , F. , Wu , X. , Brozell , S. , Tsui , V. , Gohlke , H. L. Y. , Tan , C. , Mongan , J. , Hornak , V. , Cui , G. , Beroza , P. , Mathews , D. H. , Schafmeister , C. , Ross , W. S. and Kollman , P. A. 2006 . AMBER 9
- Cheatham , T. E. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 1999 . J Biomol Struct Dyn , 16 : 845 – 862 .
- Gong , Z. and Xiao , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 431 – 441 .
- Zhao , Y. , Gong , Z. and Xiao , Y. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 815 – 826 .
- William , J. C. , Jorgensen , L. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79
- Lemay , J. F. , Penedo , J. C. , Tremblay , R. , Lilley , D. M. and Lafontaine , D. A. 2006 . Chem Biol , 13 : 857 – 868 .
- Ryckaert , J. P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J. Comput Phys , 23 : 327 – 341 .
- Loncharich , R. J. , Brooks , B. R. and Pastor , R. W. 1992 . Biopolymers , 32 : 523 – 535 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 . 27–38
- Pettersen , E. F. , Goddard , T. D. , Huang , C. C. , Couch , G. S. , Greenblatt , D. M. , Meng , E. C. and Ferrin , T. E. 2004 . J Comput Chem , 25 : 1605 – 1612 .
- Jain , N. , Zhao , L. , Liu , J. D. and Xia , T. 2010 . Biochemistry , 49 : 3703 – 3714 .
- Greenleaf , W. J. , Frieda , K. L. , Foster , D. A. , Woodside , M. T. and Block , S. M. 2008 . Science , 319 : 630 – 633 .
- Lin , J. C. and Thirumalai , D. 2008 . J Am Chem Soc , 130 : 14080 – 14081 .