References
- Bakan , A. and Bahar , I. 2009 . Proc Natl Acad Sci U S A , 106 : 14349 – 14354 .
- Tobi , D. and Bahar , I. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 18908 – 18913 .
- Bhattacharyya , M. and Vishveshwara , S. 2010 . BMC Struct Biol , 10 : 27
- Roy , J. and Laughton , C. A. 2010 . Biophys J , 99 : 218 – 226 .
- Shaw , D. E. , Maragakis , P. , Lindorff-Larsen , K. , Piana , S. , Dror , R. O. , Eastwood , M. P. , Bank , J. A. , Jumper , J. M. , Salmon , J. K. , Shan , Y. and Wriggers , W. 2010 . Science , 330 : 341 – 346 .
- Schulten , K. in Albany 2011 Conversation , 17 978 – 979 . (Adenine Press)
- Zhmurov , A. , Brown , A. , Litvino , R. I. , Dima , R. I. , Weisel , J. W. and Barsegov , V. in Albany 2011 Conversation , 17 975 – 976 . (Adenine Press)
- Zhmurov , A. , Brown , A. , Litvino , R. I. , Dima , R. I. , Weisel , J. W. and Barsegov , V. In Albany 2011 Conversation , 17 976 – 977 . (Adenine Press)
- Mukherjee , R. , Fujioka , H. , Thota , A. , Jha , S. and Bishop , T. C. In Albany 2011 Conversation , 17 983 – 984 . (Adenine Press)
- Bahar , I. , Lezon , T. R. , Bakan , A. and Shrivastava , I. H. 2010 . Chem Rev , 110 : 1463 – 1497 .
- Bahar , I. and Rader , A. J. 2005 . Curr Opin Struct Biol , 15 : 586 – 592 .
- Ma , J. 2005 . Structure , 13 : 373 – 380 .
- Ming , D. , Kong , Y. , Lambert , M. A. , Huang , Z. and Ma , J. 2002 . Proc Natl Acad Sci U S A , 99 : 8620 – 8625 .
- Doruker , P. , Jernigan , R. L. and Bahar , I. 2002 . J Comput Chem , 23 : 119 – 127 .
- Kurkcuoglu , O. and Bates , P. A. 2010 . Biophys J , 99 : 1212 – 1220 .
- Schushan , M. , Barkan , Y. , Haliloglu , T. and Ben-Tal , N. 2010 . Proc Natl Acad Sci U S A , 107 : 10908 – 10913 .
- Sen , T. Z. , Kloster , M. , Jernigan , R. L. , Kolinski , A. , Bujnicki , J. M. and Kloczkowski , A. 2008 . Biophys J , 94 : 2482 – 2491 .
- Kurkcuoglu , O. , Doruker , P. , Sen , T. Z. , Kloczkowski , A. and Jernigan , R. L. 2008 . Phys Biol , 5 : 046005
- Haliloglu , T. , Gul , A. and Erman , B. 2010 . PLoS Comput Biol , 6 : e1000845
- Gerek , Z. N. , Keskin , O. and Ozkan , S. B. 2009 . Proteins , 77 : 796 – 811 .
- Van Wynsberghe , A. W. and Cui , Q. 2005 . Biophys J , 89 : 2939 – 2949 .
- Tozzini , V. 2010 . Q Rev Biophys , 43 : 333 – 371 .
- Bahar , I. , Lezon , T. R. , Yang , L. W. and Eyal , E. 2010 . Annu Rev Biophys , 39 : 23 – 42 .
- Bahar , I. , Chennubhotla , C. and Tobi , D. 2007 . Curr Opin Struct Biol , 17 : 633 – 640 .
- Kumar , S. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2000 . Protein Eng , 13 : 179 – 191 .
- Sadeghi , M. , Naderi-Manesh , H. , Zarrabi , M. and Ranjbar , B. 2006 . Biophys Chem , 119 : 256 – 270 .
- Sandgren , M. , Gualfetti , P. J. , Shaw , A. , Gross , L. S. , Saldajeno , M. , Day , A. G. , Jones , T. A. and Mitchinson , C. 2003 . Protein Sci , 12 : 848 – 860 .
- Berezovsky , I. N. and Shakhnovich , E. I. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 12742 – 12747 .
- Ma , B. G. , Goncearenco , A. and Berezovsky , I. N. 2010 . Structure , 18 : 819 – 828 .
- Gromiha , M. M. , Oobatake , M. and Sarai , A. 1999 . Biophys Chem , 82 : 51 – 67 .
- Viikari , L. , Alapuranen , M. , Puranen , T. , Vehmaanpera , J. and Siika-Aho , M. 2007 . Adv Biochem Eng Biotechnol , 108 : 121 – 145 .
- Valjamae , P. , Sild , V. , Nutt , A. , Pettersson , G. and Johansson , G. 1999 . Eur J Biochem , 266 : 327 – 334 .
- Hilden , L. and Johansson , G. 2004 . Biotechnol Lett , 26 : 1683 – 1693 .
- Cantarel , B. L. , Coutinho , P. M. , Rancurel , C. , Bernard , T. , Lombard , V. and Henrissat , B. 2009 . Nucleic Acids Res , 37 : D233 – 238 .
- Yennamalli , R. M. , Rader , A. J. , Wolt , J. D. and Sen , T. Z. 2011 . BMC Struct Biol , 11 : 10
- Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 1998 . Protein Eng , 11 : 739 – 747 .
- Shirai , T. , Ishida , H. , Noda , J. , Yamane , T. , Ozaki , K. , Hakamada , Y. and Ito , S. 2001 . J Mol Biol , 310 : 1079 – 1087 .
- Davies , G. J. , Mackenzie , L. , Varrot , A. , Dauter , M. , Brzozowski , A. M. , Schulein , M. and Withers , S. G. 1998 . Biochemistry , 37 : 11707 – 11713 .
- Bahar , I. , Atilgan , A. R. and Erman , B. 1997 . Fold Des , 2 : 173 – 181 .
- Sen , T. Z. , Feng , Y. , Garcia , J. V. , Kloczkowski , A. and Jernigan , R. L. 2006 . J Chem Theory Com- put , 2 : 696 – 704 .
- Jernigan , R. and Sen , T. 2005 . InNormal Mode Analysis Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology 171 – 186 . (Chapman & Hall,)
- Atilgan , A. R. , Durell , S. R. , Jernigan , R. L. , Demirel , M. C. , Keskin , O. and Bahar , I. 2001 . Biophys J , 80 : 505 – 515 .
- Emekli , U. , Schneidman-Duhovny , D. , Wolfson , H. J. , Nussinov , R. and Haliloglu , T. 2008 . Proteins , 70 : 1219 – 1227 .
- Wang , R. , Lai , L. and Wang , S. 2002 . J Comput Aided Mol Des , 16 : 11 – 26 .
- Gohlke , H. , Hendlich , M. and Klebe , G. 2000 . J Mol Biol , 295 : 337 – 356 .
- Wallace , A. C. , Laskowski , R. A. and Thornton , J. M. 1995 . Protein Eng , 8 : 127 – 134 .
- Bartlett , G. J. , Porter , C. T. , Borkakoti , N. and Thornton , J. M. 2002 . J Mol Biol , 324 : 105 – 121 .
- Thompson , M. J. and Eisenberg , D. 1999 . J Mol Biol , 290 : 595 – 604 .
- Pereira , J. H. , Chen , Z. , McAndrew , R. P. , Sapra , R. , Chhabra , S. R. , Sale , K. L. , Simmons , B. A. and Adams , P. D. 2010 . J Struct Biol , 172 : 372 – 379 .
- Chennubhotla , C. , Rader , A. J. , Yang , L. W. and Bahar , I. 2005 . Phys Biol , 2 : S173 – 180 .
- Yang , L. W. and Bahar , I. 2005 . Structure , 13 : 893 – 904 .
- Bahar , I. 2010 . J Gen Physiol , 135 : 563 – 573 .
- Temiz , N. A. , Meirovitch , E. and Bahar , I. 2004 . Proteins , 57 : 468 – 480 .
- Wang , M. , Borchardt , R. T. , Schowen , R. L. and Kuczera , K. 2005 . Biochemistry , 44 : 7228 – 7239 .
- Cui , Q. and Bahar , I. 2006 . Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems (Chapman and Hall)
- Romo , T. D. and Grossfield , A. 2011 . Proteins , 79 : 23 – 34 .
- Eyal , E. , Yang , L. W. and Bahar , I. 2006 . Bioinformatics , 22 : 2619 – 2627 .
- Hinsen , K. 2008 . Bioinformatics , 24 : 521 – 528 .
- Kondrashov , D. A. , Cui , Q. and Phillips , G. N. Jr. 2006 . Biophys J , 91 : 2760 – 2767 .
- Yang , L. W. , Eyal , E. , Chennubhotla , C. , Jee , J. , Gronenborn , A. M. and Bahar , I. 2007 . Structure , 15 : 741 – 749 .
- Kundu , S. , Melton , J. S. , Sorensen , D. C. and Phillips , G. N. Jr. 2002 . Biophys J , 83 : 723 – 732 .
- Demirel , M. C. , Atilgan , A. R. , Jernigan , R. L. , Erman , B. and Bahar , I. 1998 . Protein Sci , 7 : 2522 – 2532 .
- Haliloglu , T. , Keskin , O. , Ma , B. and Nussinov , R. 2005 . Biophys J , 88 : 1552 – 1559 .