References
- Lei , H. , Wang , Z. X. , Wu , C. and Duan , Y. 2009 . J Chem Phys , 131 : 165105
- van Gunsteren , W. F. and Dolenc , J. 2008 . Biochem Soc Trans , 36 : 11 – 15 .
- Meli , M. and Colombo , G. 2009 . Methods Mol Biol , 570 : 77 – 153 .
- Mori , T. and Okamoto , Y. 2009 . J Chem Phys , 131 : 165103
- Xu , W. , Ping , J. , Li , W. and Mu , Y. 2009 . J Chem Phys , 130 : 164709
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 163 – 168 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 81 – 83 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 541 – 550 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 243 – 253 .
- Zhang , J. and Liu , D. D. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 861 – 869 .
- Jani , V. , Sonavane , U. B. and Joshi , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 845 – 860 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , Gunsteren , W. F.v. and Hermans , J. 1981 . Intermolecular Forces Edited by: Pullman , B. 331
- Berendsen , H. J. C. , Grigera , J. R. and Straatsma , T. P. 1987 . J Phy Chem , 91 : 6269 – 6671 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impy , R. W. and Klein , M. L. 1983 . J Chem Phys , 79 : 926 – 935 .
- Mahoney , M. W. and Jorgensen , W. L. 2000 . J Chem Phys , 112 : 8910 – 8922 .
- Zhou , R. , Berne , B. J. and Germain , R. 2001 . Proc Natl Acad Sci U S A , 98 : 14931 – 14936 .
- Zhou , R. 2003 . Proc Natl Acad Sci U S A , 100 : 13280 – 13285 .
- Nguyen , P. H. , Stock , G. , Mittag , E. , Hu , C. K. and Li , M. S. 2005 . Proteins , 61 : 795 – 808 .
- Lwin , T. Z. and Luo , R. 2006 . Protein Sci , 15 : 2642 – 2655 .
- Lwin , T. Z. , Zhou , R. and Luo , R. 2006 . J Chem Phys , 124 : 034902
- Best , R. B. and Mittal , J. 2011 . Proteins , 79 : 1318 – 1328 .
- Daidone , I. , Ulmschneider , M. B. , Di Nola , A. , Amadei , A. and Smith , J. C. 2007 . Proc Natl Acad Sci U S A , 104 : 15230 – 15235 .
- Nymeyer , H. and Garcia , A. E. 2003 . Proc Natl Acad Sci U S A , 100 : 13934 – 13939 .
- Zhang , J. , Qin , M. and Wang , W. 2006 . Proteins , 62 : 672 – 685 .
- Gong , Z. , Xiao , Y. and Xiao , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 433 – 441 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2006 . Phys Biol , 3 : 161 – 171 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2008 . Bioinformatics , 24 : 659 – 665 .
- Heller , J. , Kolbert , A. C. , Larsen , R. , Ernst , M. , Bekker , T. , Baldwin , M. , Prusiner , S. B. , Pines , A. and Wemmer , D. E. 1996 . Protein Sci , 5 : 1655 – 1661 .
- Nguyen , J. , Baldwin , M. A. , Cohen , F. E. and Prusiner , S. B. 1995 . Biochemistry , 34 : 4186 – 4192 .
- Inouye , H. and Kirschner , D. A. 1998 . J Struct Biol , 122 : 247 – 255 .
- Daidone , I. , Simona , F. , Roccatano , D. , Broglia , R. A. , Tiana , G. , Colombo , G. and Di Nola. , A. 2004 . Proteins , 57 : 198 – 204 .
- Daidone , I. , Amadei , A. and Di Nola. , A. 2005 . Proteins , 59 : 510 – 518 .
- Munoz , V. , Ghirlando , R. , Blanco , F. J. , Jas , G. S. , Hofrichter , J. and Eaton , W. A. 2006 . Biochemistry , 45 : 7023 – 7035 .
- Sugita , Y. and Okamoto , Y. 1999 . Chem Phys Lett , 314 : 141
- Cao , Z. X. and Wang , J. H. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 662 .
- van der Spoel , D. , van Drunen , R. and Berendsen , H. J. C. 1994 . Department of Biophysical Chemistry, BIOSON Research Institute, Nijenborgh 4 NL-9717 AG Groningen
- van Gunsteren , W. F. , Billeter , S. R. , Eising , A. A. , Hunenberger , P. H. , Krüger , P. , Mark , A. E. , Scott , W. R. P. and Tironi , I. G. 1996 . Biomolecular Simulation
- Jorgensen , W. L. , Maxwell , D. S. and TiradoRives , J. 1996 . J Am Chem Soc , 118 : 11225
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . J Chem Phys , 98 : 10089
- Essmann , U. , Perera , L. , Berkowitz , M. , Darden , L. T. , Lee , H. and Pedersen , L. G. 1995 . J Chem Phys , 103 : 8577
- Barker , J. A. and Watts , R. O. 1973 . Mol Phys , 26 : 789 – 792 .
- Tironi , I. G. , Sperb , R. , Smith , P. E. and van Gunsteren. , W. F. 1995 . J Chem Phys , 102 : 5451 – 5459 .
- Smith , P. E. and van Gunsteren. , W. F. 1994 . J Chem Phys , 100 : 3169 – 3174 .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , van Gunsteren , W. F. , DiNola , A. and Haak , J. R. 1984 . J Chem Phys , 81 : 3684
- Ryckaert , J.-P. , Ciccotti , G. and Berendsen , H. J. C. 1977 . J Comput Phys , 23 : 327
- Patriksson , A. and van der Spoel. , D. 2008 . Phys Chem Chem Phys , 10 : 2073 – 2077 .