References
- Neel , B. G. and Tonks , N. K. 1997 . Current Opinion in Cell Biology , 9 : 193 – 204 .
- Tautz , L. , Pellecchia , M. and Mustelin , T. 2006 . Expert Opinion on Therapeutic Targets , 10 : 157 – 177 .
- van Huijsduijnen , R. H. , Bombrun , A. and Swinnen , D. 2002 . Drug Discovery Today , 7 : 1013 – 1019 .
- Chernoff , J. , Schievella , A. R. , Jost , C. A. , Erikson , R. L. and Neel , B. G. 1990 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 87 : 2735 – 2739 .
- Elchebly , M. , Payette , P. , Michaliszyn , E. , Cromlish , W. , Collins , S. , Loy , A. L. , Normandin , D. , Cheng , A. , Himms-Hagen , J. , Chan , C. C. , Ramachandran , C. , Gresser , M. J. , Tremblay , M. L. and Kennedy , B. P. 1999 . Science , 283 : 1544 – 1548 .
- Cheng , A. , Uetani , N. , Simoncic , P. D. , Chaubey , V. P. , Lee-Loy , A. , McGlade , C. J. , Kennedy , B. P. and Tremblay , M. L. 2002 . Developmental Cell , 2 : 497 – 503 .
- Bjorge , J. D. , Pang , A. and Fujita , D. J. 2000 . J Biol Chem , 275 : 41439 – 41446 .
- Jiang , Z. X. and Zhang , Z. Y. 2008 . Cancer and Metastasis Reviews , 27 : 263 – 272 .
- Stuible , M. , Doody , K. M. and Tremblay , M. L. 2008 . Cancer and Metastasis Reviews , 27 : 215 – 230 .
- Heneberg , P. 2009 . Current Medicinal Chemistry , 16 : 706 – 733 .
- Denu , J. M. , Stuckey , J. A. , Saper , M. A. and Dixon , J. E. 1996 . Cell , 87 : 361 – 364 .
- Andersen , J. N. , Mortensen , O. H. , Peters , G. H. , Drake , P. G. , Iversen , L. F. , Olsen , O. H. , Jansen , P. G. , Andersen , H. S. , Tonks , N. K. and Moller , N. P. H. 2001 . Molecular and Cellular Biology , 21 : 7117 – 7136 .
- Zhang , Z. Y. 2002 . Annual Review of Pharmacology and Toxicology , 42 : 209 – 234 .
- Tabernero , L. , Aricescu , A. R. , Jones , E. Y. and Szedlacsek , S. E. 2008 . Febs Journal , 275 : 867 – 882 .
- Guan , K. L. and Dixon , J. E. 1991 . Journal of Biological Chemistry , 266 : 17026 – 17030 .
- Denu , J. M. , Lohse , D. L. , Vijayalakshmi , J. , Saper , M. A. and Dixon , J. E. 1996 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 93 : 2493 – 2498 .
- Pannifer , A. D. B. , Flint , A. J. , Tonks , N. K. and Barford , D. 1998 . Journal of Biological Chemistry , 273 : 10454 – 10462 .
- Hoff , R. H. , Hengge , A. C. , Wu , L. , Keng , Y. F. and Zhang , Z. Y. 2000 . Biochemistry , 39 : 46 – 54 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Montalibet , J. , Skorey , K. , McKay , D. , Scapin , G. , Asante-Appiah , E. and Kennedy , B. P. 2006 . Journal of Biological Chemistry , 281 : 5258 – 5266 .
- Pedersen , A. K. , Peters , G. H. , Moller , K. B. , Iversen , L. F. and Kastrup , J. S. 2004 . Acta Crystal-lographica Section D-Biological Crystallography , 60 : 1527 – 1534 .
- Barford , D. , Flint , A. J. and Tonks , N. K. 1994 . Science , 263 : 1397 – 1404 .
- Kamerlin , S. C. L. , Rucker , R. and Boresch , S. 2006 . Biochemical and Biophysical Research Communications , 345 : 1161 – 1166 .
- Sarmiento , M. , Zhao , Y. , Gordon , S. J. and Zhang , Z. Y. 1998 . Journal of Biological Chemistry , 273 : 26368 – 26374 .
- Barr , A. J. , Ugochukwu , E. , Lee , W. H. , King , O. N. F. , Filippakopoulos , P. , Alfano , I. , Savitsky , P. , Burgess-Brown , N. A. , Muller , S. and Knapp , S. 2009 . Cell , 136 : 352 – 363 .
- Juszczak , L. J. , Zhang , Z. Y. , Wu , L. , Gottfried , D. S. and Eads , D. D. 1997 . Biochemistry , 36 : 2227 – 2236 .
- Khajehpour , M. , Wu , L. , Liu , S. , Zhadin , N. , Zhang , Z. Y. and Callender , R. 2007 . Biochemistry , 46 : 4370 – 4378 .
- Hu , X. and Stebbins , C. E. 2006 . Biophys J , 91 : 948 – 956 .
- Kumar , S. , Ma , B. , Tsai , C. J. , Sinha , N. and Nussinov , R. 2000 . Protein Sci , 9 : 10 – 19 .
- Jia , Z. C. , Barford , D. , Flint , A. J. and Tonks , N. K. 1995 . Science , 268 : 1754 – 1758 .
- Wiesmann , C. , Barr , K. J. , Kung , J. , Zhu , J. , Erlanson , D. A. , Shen , W. , Fahr , B. J. , Zhong , M. , Taylor , L. , Randal , M. , McDowell , R. S. and Hansen , S. K. 2004 . Nature Structural & Molecular Biology , 11 : 730 – 737 .
- Guo , X. L. , Shen , K. , Wang , F. , Lawrence , D. S. and Zhang , Z. Y. 2002 . J Biol Chem , 277 : 41014 – 41022 .
- Zhang , Z. Y. , Zhou , B. and Xie , L. 2002 . Pharmacol Ther , 93 : 307 – 317 .
- Zhang , S. and Zhang , Z. Y. 2007 . Drug Discov Today , 12 : 373 – 381 .
- Montalibet , J. and Kennedy , B. P. 2005 . Drug Discov Today , 2 : 129 – 135 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 443 – 455 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordomi , A. and Perez , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Jin , B. , Lee , H. M. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 457 – 464 .
- Carra , C. and Cucinotta , F. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 407 – 427 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y.-F. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Sharma , S. , Sonavane , U. and Joshi , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 663 – 676 .
- Aman , M. , Karauzum , H. , Bowden , M. and Nguyen , T. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Wu , J. , Chuang , C. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. , Poole , L. , Fetrow , J. and Salsbury , F. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. and Liu , S. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Varughese , F. , Chalovich , J. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Nasiri , R. , Bahrami , H. , Zahedi , M. , Moosavi-Movahedi , A. and Sattarahmady , N. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 211 – 226 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Lee , H. M. , Jin , B. , Han , S. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 421 – 430 .
- Yang , Z. , Wu , N. , Fu , Y. , Yang , G. , Wang , W. , Zu , Y. and Efferth , T. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 323 – 330 .
- Gong , Z. , Zhao , Y. and Xiao , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 431 – 441 .
- Peters , G. H. , Frimurer , T. M. , Andersen , J. N. and Olsen , O. H. 1999 . Biophysical Journal , 77 : 505 – 515 .
- Peters , G. H. , Frimurer , T. M. , Andersen , J. N. and Olsen , O. H. 2000 . Biophysical Journal , 78 : 2191 – 2200 .
- Kamerlin , S. C. L. , Rucker , R. and Boresch , S. 2007 . Biochemical and Biophysical Research Communications , 356 : 1011 – 1016 .
- Capdeville , R. , Buchdunger , E. , Zimmermann , J. and Matter , A. 2002 . Nat Rev Drug Discov , 1 : 493 – 502 .
- Noble , M. , Endicott , J. and Johnson , L. 2004 . Science , 303 : 1800 – 1805 .
- McInnes , C. , Mezna , M. and Kontopidis , G. 2006 . Chem Biol , 13 : 693 – 694 .
- Seeliger , M. A. , Ranjitkar , P. , Kasap , C. , Shan , Y. B. , Shaw , D. E. , Shah , N. P. , Kuriyan , J. and Maly , D. J. 2009 . Cancer Research , 69 : 2384 – 2392 .
- Okram , B. , Nagle , A. , Adrian , F. , Lee , C. , Ren , P. , Wang , X. , Sim , T. , Xie , Y. , Wang , X. , Xia , G. , Spraggon , G. , Warmuth , M. , Liu , Y. and Gray , N. 2006 . Chem Biol , 13 : 779 – 786 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . Journal of Molec. Graphics , 14 : 33 – 38 .
- Braxenthaler , M. , Unger , R. , Auerbach , D. , Given , J. A. and Moult , J. 1997 . Proteins , 29 : 417 – 425 .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . The Journal of Chemical Physics , 98 : 10089 – 10092 .
- Phillips , J. C. , Braun , R. , Wang , W. , Gumbart , J. , Tajkhorshid , E. , Villa , E. , Chipot , C. , Skeel , R. D. , Kale , L. and Schulten , K. 2005 . Journal of Computational Chemistry , 26 : 1781 – 1802 .
- Brooks , B. R. , Brooks , C. L. , Mackerell , A. D. , Nilsson , L. , Petrella , R. J. , Roux , B. , Won , Y. , Archontis , G. , Bartels , C. , Boresch , S. , Caflisch , A. , Caves , L. , Cui , Q. , Dinner , A. R. , Feig , M. , Fischer , S. , Gao , J. , Hodoscek , M. , Im , W. , Kuczera , K. , Lazaridis , T. , Ma , J. , Ovchinnikov , V. , Paci , E. , Pastor , R. W. , Post , C. B. , Pu , J. Z. , Schaefer , M. , Tidor , B. , Venable , R. M. , Woodcock , H. L. , Wu , X. , Yang , W. , York , D. M. and Karplus , M. 2009 . Journal of Computational Chemistry , 30 : 1545 – 1614 .
- Zhang , Z. Y. and Dixon , J. E. 1993 . Biochemistry , 32 : 9340 – 9345 .
- Foloppe , N. , Sagemark , J. , Nordstrand , K. , Berndt , K. D. and Nilsson , L. 2001 . J Mol Biol , 310 : 449 – 470 .
- Vitkup , D. , Ringe , D. , Petsko , G. A. and Karplus , M. 2000 . Nature Structural Biology , 7 : 34 – 38 .
- Jackson , J. E. 1980 . J Qual Technol , 12 : 201 – 213 .
- Amadei , A. , Linssen , A. B. M. and Berendsen , H. J. C. 1993 . Proteins-Structure Function and Genetics , 17 : 412 – 425 .
- Kitao , A. , Hayward , S. and Go , N. 1998 . Proteins-Structure Function and Genetics , 33 : 496 – 517 .
- Wang , J. F. , Gong , K. , Wei , D. Q. , Li , Y. X. and Chou , K. C. 2009 . Protein Eng Des Sel , 22 : 349 – 355 .
- Bharatham , K. , Bharatham , N. , Kwon , Y. J. and Lee , K. W. 2008 . Journal of Computer-Aided Molecular Design , 22 : 925 – 933 .
- Sarmiento , M. , Zhao , Y. , Gordon , S. J. and Zhang , Z. Y. 1998 . J Biol Chem , 273 : 26368 – 26374 .
- Peters , G. H. , Iversen , L. F. , Andersen , H. S. , Moller , N. P. H. and Olsen , O. H. 2004 . Biochemistry , 43 : 8418 – 8428 .
- Stuckey , J. A. , Schubert , H. L. , Fauman , E. B. , Zhang , Z. Y. , Dixon , J. E. and Saper , M. A. 1994 . Nature , 370 : 571 – 575 .
- Hof , P. , Pluskey , S. , Dhe-Paganon , S. , Eck , M. J. and Shoelson , S. E. 1998 . Cell , 92 : 441 – 450 .
- Villa , F. , Deak , M. , Bloomberg , G. B. , Alessi , D. R. and van Aalten , D. M.F. 2005 . Journal of Biological Chemistry , 280 : 8180 – 8187 .
- Nam , H. J. , Poy , F. , Krueger , N. X. , Saito , H. and Frederick , C. A. 1999 . Cell , 97 : 449 – 457 .
- Nam , H. J. , Poy , F. , Saito , H. and Frederick , C. A. 2005 . Journal of Experimental Medicine , 201 : 441 – 452 .
- Almo , S. C. , Bonanno , J. B. , Sauder , J. M. , Emtage , S. , Dilorenzo , T. P. , Malashkevich , V. , Wasserman , S. R. , Swaminathan , S. , Eswaramoorthy , S. , Agarwal , R. , Kumaran , D. , Madegowda , M. , Ragumani , S. , Patskovsky , Y. , Alvarado , J. , Ramagopal , U. A. , Faber-Barata , J. , Chance , M. R. , Sali , A. , Fiser , A. , Zhang , Z. Y. , Lawrence , D. S. and Burley , S. K. 2007 . J Struct Funct Genomics , 8 : 121 – 140 .