References
- Rubinsztein , D. C. , Leggo , J. , Coles , R. , Almqvist , E. , Biancalana , V. , Cassiman , J. J. , Chotai , K. , Connarty , M. , Crauford , D. , Curtis , A. , Curtis , D. , Davidson , M. J. , Differ , A. M. , Dode , C. , Dodge , A. , Frontali , M. , Ranen , N. G. , Stine , O. C. , Sherr , M. , Abbott , M. H. , Franz , M. L. , Graham , C. A. , Harper , P. S. , Hedreen , J. C. and Hayden , M. R. 1996 . Am J Hum Genet , 59 : 16 – 22 .
- DiFiglia , M. , Sapp , E. , Chase , K. O. , Davies , S. W. , Bates , G. P. , Vonsattel , J. P. and Aronin , N. 1997 . Science , 277 : 1990 – 1993 .
- Scherzinger , E. , Lurz , R. , Turmaine , M. , Mangiarini , L. , Hollenbach , B. , Hasenbank , R. , Bates , G. P. , Davies , S. W. , Lehrach , H. and Wanker , E. E. 1997 . Cell , 90 : 549 – 558 .
- de Cristofaro , T. , Affaitati , A. , Cariello , L. , Avvedimento , E. V. and Varrone , S. 1999 . Biochem Biophys Res Commun , 260 : 150 – 158 .
- Chen , S. , Berthelier , V. , Yang , W. and Wetzel , R. 2001 . J Mol Biol , 311 : 173 – 182 .
- Chen , S. , Ferrone , F. A. and Wetzel , R. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 11884 – 11889 .
- Perutz , M. 1994 . Protein Sci , 3 : 1629 – 1637 .
- Perutz , M. F. , Finch , J. T. , Berriman , J. and Lesk , A. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 5591 – 5595 .
- Jenkins , J. and Pickersgill , R. 2001 . Prog Biophys Mol Biol , 77 : 111 – 175 .
- Sikorski , P. and Atkins , E. 2005 . Biomacromolecules , 6 : 425 – 432 .
- Kunes , K. C. , Clark , S. C. , Cox , D. L. and Singh , R. R. 2008 . Prion , 2 : 81 – 90 .
- Haspel , N. , Zanuy , D. , Aleman , C. , Wolfson , H. and Nussinov , R. 2006 . Structure , 14 : 1137 – 1148 .
- Zheng , J. , Zanuy , D. , Haspel , N. , Tsai , C. J. , Aleman , C. and Nussinov , R. 2007 . Biochemistry , 46 : 1205 – 1218 .
- Guo , J. T. , Wetzel , R. and Xu , Y. 2004 . Proteins , 57 : 357 – 364 .
- Kishimoto , A. , Hasegawa , K. , Suzuki , H. , Taguchi , H. , Namba , K. and Yoshida , M. 2004 . Biochem Biophys Res Commun , 315 : 739 – 745 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordomi , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B . 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Jin , B. , Lee , H. M. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 457 – 464 .
- Roy , S. and Thakur , A. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 443 – 455 .
- Carra , C. and Cucinotta , F. A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 407 – 427 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Sharma , S. , Sonavane , U. B. and Joshi , R. R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 663 – 676 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Nasiri , R. , Bahrami , H. , Zahedi , M. , Moosavi-Movahedi , A. A. and Sattarahmady , N. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 211 – 226 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Lee , H. M. , Jin , B. , Han , S. W. and Kim , S. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 421 – 430 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Yang , Z. , Wu , N. , Fu , Y. , Yang , G. , Wang , W. , Zu , Y. and Efferth , T. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 323 – 330 .
- Gong , Z. , Zhao , Y. and Xiao , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 431 – 441 .
- Stork , M. , Giese , A. , Kretzschmar , H. A. and Tavan , P. 2005 . Biophys J , 88 : 2442 – 2451 .
- Merlino , A. , Esposito , L. and Vitagliano , L. 2006 . Proteins , 63 : 918 – 927 .
- Ogawa , H. , Nakano , M. , Watanabe , H. , Starikov , E. B. , Rothstein , S. M. and Tanaka , S. 2008 . comput Biol chem , 32 : 102 – 110 .
- Rossetti , G. , Magistrato , A. , Pastore , A. , Persichetti , F. and Carloni , P. 2008 . J Phys chem B , 112 : 16843 – 16850 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Zanuy , D. , Gunasekaran , K. , Lesk , A. M. and Nussinov , R. 2006 . J MOl Biol , 358 : 330 – 345 .
- Raetz , C. R. and Roderick , S. L. 1995 . Science , 270 : 997 – 1000 .
- Clantin , B. , Hodak , H. , Willery , E. , Locht , C. , Jacob-Dubuisson , F. and Villeret , V. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 6194 – 6199 .
- Hegde , S. S. , Vetting , M. W. , Roderick , S. L. , Mitchenall , L. A. , Maxwell , A. , Takiff , H. E. and Blanchard , J. S. 2005 . Science , 308 : 1480 – 1483 .
- Brooks , B. R. , Bruccoleri , R. E. , Olafson , B. D. , States , D. J. , Swaminathan , S. and Karplus , M. 1983 . Journal of computational chemistry , 4 : 187 – 217 .
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Madura , J. D. , Impey , R. W. and Klein , M. L. 1983 . The Journal of chemical Physics , 79 : 926 – 935 .
- Darden , T. , York , D. and Pedersen , L. 1993 . The Journal of chemical Physics , 98 : 10089 – 10092 .
- Tsai , H. H. , Zanuy , D. , Haspel , N. , Gunasekaran , K. , Ma , B. , Tsai , C. J. and Nussinov , R. 2004 . Biophys J , 87 : 146 – 158 .
- Chopra , M. , Reddy , A. S. , Abbott , N. L. and de Pablo , J. J. 2008 . J chem Phys , 129 : 135102
- Iengar , P. , Joshi , N. V. and Balaram , P. 2006 . Structure , 14 : 529 – 542 .
- Kabsch , W. and Sander , C. 1983 . Biopolymers , 22 : 2577 – 2637 .
- Ignatova , Z. and Gierasch , L. M. 2006 . J Biol chem , 281 : 12959 – 12967 .
- Walters , R. H. and Murphy , R. M. 2009 . J MOl Biol , 393 : 978 – 992 .
- Thakur , A. K. and Wetzel , R. 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 17014 – 17019 .
- Altschuler , E. L. , Hud , N. V. , Mazrimas , J. A. and Rupp , B. 1997 . J Pept Res , 50 : 73 – 75 .
- Masino , L. , Kelly , G. , Leonard , K. , Trottier , Y. and Pastore , A. 2002 . FEBS Lett , 513 : 267 – 272 .
- Klein , F. A. , Pastore , A. , Masino , L. , Zeder-Lutz , G. , Nierengarten , H. , Oulad-Abdelghani , M. , Altschuh , D. , Mandel , J. L. and Trottier , Y. 2007 . J Mol Biol , 371 : 235 – 244 .
- Esposito , L. , Paladino , A. , Pedone , C. and Vitagliano , L. 2008 . Biophysical journal , 94 : 4031 – 4040 .
- Nelson , R. , Sawaya , M. R. , Balbirnie , M. , Madsen , A. O. , Riekel , C. , Grothe , R. and Eisenberg , D. 2005 . Nature , 435 : 773 – 778 .
- Khare , S. D. , Ding , F. , Gwanmesia , K. N. and Dokholyan , N. V. 2005 . PLoS comput Biol , 1 : 230 – 235 .
- Eanes , E. D. and Glenner , G. G. 1968 . J Histochem cytochem , 16 : 673 – 677 .
- Dobson , C. M. 1999 . Trends Biochem Sci , 24 : 329 – 332 .