References
- Noller , H. F. 2005 . Science , 309 : 1508 – 1514 .
- Costa , F. F. 2005 . Gene , 357 : 83 – 94 .
- Szymanski , M. , Barciszewska , M. Z. , Erdmann , V. A. and Barciszewski , J. 2005 . Biochim Biophys Acta , 1756 : 65 – 75 .
- Xiao , Y. , Huang , Y. , Li , M. , Xu , R. and Xiao , S. 2003 . Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys , 68 : 061913
- Zhang , S. and Xiao , Y. 2006 . Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys , 74 : 022901
- Brennecke , J. , Hipfner , D. R. , Stark , A. , Russell , R. B. and Cohen , S. M. 2003 . Cell , 113 : 25 – 36 .
- Fire , A. , Xu , S. , Montgomery , M. K. , Kostas , S. A. , Driver , S. E. and Mello , C. C. 1998 . Nature , 391 : 806 – 811 .
- Mattick , J. S. 2004 . Nat Rev Genet , 5 : 316 – 323 .
- Vaughn , M. W. and Martienssen , R. 2005 . Science , 309 : 1525 – 1526 .
- Berman , H. M. , Westbrook , J. , Feng , Z. , Gilliland , G. , Bhat , T. N. , Weissig , H. , Shindyalov , I. N. and Bourne , P. E. 2000 . Nucleic Acids Res , 28 : 235 – 242 .
- Berman , H. M. , Olson , W. K. , Beveridge , D. L. , Westbrook , J. , Gelbin , A. , Demeny , T. , Hsieh , S. H. , Srinivasan , A. R. and Schneider , B. 1992 . Biophys J , 63 : 751 – 759 .
- Liu , C. , Bai , B. , Skogerbo , G. , Cai , L. , Deng , W. , Zhang , Y. , Bu , D. , Zhao , Y. and Chen , R. 2005 . Nucleic Acids Res , 33 : D112 – D115 .
- Schroeder , R. , Barta , A. and Semrad , K. 2004 . Nat Rev Mol Cell Biol , 5 : 908 – 919 .
- Auffinger , P. and Westhof , E. 1998 . Curr Opin Struct Biol , 8 : 227 – 236 .
- Qu , X. , Smith , G. J. , Lee , K. T. , Sosnick , T. R. , Pan , T. and Scherer , N. F. 2008 . Proc Natl Acad Sci USA , 105 : 6602 – 6607 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordomi , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Liu , Y. F. , Lin , H. Y. , Fang , H. W. , Ho , Y. and Tsai , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P. S. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Lin , H. Y. , Huang , C. H. and Fang , H. W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Sklenovsy , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- da Cunha , E. E. , Barbosa , E. F. , Oliveira , A. A. and Ramalho , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 619 – 625 .
- Mahalakshmi , A. and Shenbagarathai , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 363 – 378 .
- Bhargavi , K. , Kalyan Chaitanya , P. , Ramasree , D. , Vasavi , M. , Murthy , D. K. and Uma , V. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 379 – 391 .
- Gong , Z. , Zhao , Y. and Xiao , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 431 – 441 .
- Ding , F. , Sharma , S. , Chalasani , P. , Demidov , V. V. , Broude , N. E. and Dokholyan , N. V. 2008 . RNA , 14 : 1164 – 1173 .
- Shapiro , B. A. , Yingling , Y. G. , Kasprzak , W. and Bindewald , E. 2007 . Curr Opin Struct Biol , 17 : 157 – 165 .
- Capriotti , E. and Marti-Renom , M. A. 2008 . Curr Bioinf , 3 : 32 – 45 .
- Tinoco , I. Jr and Bustamante , C. 1999 . J Mol Biol , 293 : 271 – 281 .
- Batey , R. T. , Rambo , R. P. and Doudna , J. A. 1999 . Angew Chem Int Ed Engl , 38 : 2326 – 2343 .
- Massire , C. and Westhof , E. 1998 . J Mol Graph Model , 16 : 197 – 205 . 255–257
- Major , F. 2003 . Computing in Science & Engineering , 5 : 44 – 53 .
- Parisien , M. and Major , F. 2008 . Nature , 452 : 51 – 55 .
- Das , R. and Baker , D. 2007 . Proc Natl Acad Sci USA , 104 : 14664 – 14669 .
- Martinez , H. M. , Maizel , J. V. Jr and Shapiro , B. A. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 25 : 669 – 683 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2006 . J Mol Graph Model , 25 : 261 – 274 .
- Yingling , Y. G. and Shapiro , B. A. 2007 . J Biomol Struct Dyn , 24 : 303 – 320 .
- Mathews , D. H. and Turner , D. H. 2006 . Curr Opin Struct Biol , 16 : 270 – 278 .
- Mathews , D. H. , Sabina , J. , Zuker , M. and Turner , D. H. 1999 . J Mol Biol , 288 : 911 – 940 .
- Zuker , M. and Stiegler , P. 1981 . Nucleic Acids Res , 9 : 133 – 148 .
- Hofacker , I. L. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 3429 – 3431 .
- Ding , Y. and Lawrence , C. E. 2003 . Nucleic Acids Res , 31 : 7280 – 7301 .
- Juan , V. and Wilson , C. 1999 . J Mol Biol , 289 : 935 – 947 .
- Steffen , P. , Voss , B. , Rehmsmeier , M. , Reeder , J. and Giegerich , R. 2006 . Bioinformatics , 22 : 500 – 503 .
- Giegerich , R. , Voss , B. and Rehmsmeier , M. 2004 . Nucleic Acids Res , 32 : 4843 – 4851 .
- Chen , X. , He , S. M. , Bu , D. , Zhang , F. , Wang , Z. , Chen , R. and Gao , W. 2008 . Bioinformatics , 24 : 1994 – 2001 .
- Reeder , J. , Steffen , P. and Giegerich , R. 2007 . Nucleic Acids Res , 35 : W320 – 324 .
- Cheatham , T. E. and Kollman , P. A. 1999 . J Biomol Struct Dyn , 16 : 845 – 862 .
- Tsui , V. and Case , D. A. 2000 . Biopolymers , 56 : 275 – 291 .
- Case , D. A. , Darden , T. A. , Cheatham , T. E. , Simmerling , C. L. , Wang , J. , Duke , R. E. , Luo , R. , Merz , K. M. , Pearlman , D. A. , Crowley , M. , Walker , R. C. , Zhang , W. , Wang , B. , Hayik , S. , Roitberg , A. , Seabra , G. , Wong , K. F. , Paesani , F. , Wu , X. , Brozell , S. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Yang , L. , Tan , C. , Mongan , J. , Hornak , V. , Cui , G. , Beroza , P. , Mathews , D. H. , Schafmeister , C. , Ross , W. S. and Kollman , P. A. 2006 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2006 . Phys Biol , 3 : 161 – 171 .
- Chen , C. and Xiao , Y. 2008 . Bioinformatics , 24 : 659 – 665 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J Mol Graph , 14 : 33 – 38 . 27–38
- Gendron , P. , Lemieux , S. and Major , F. 2001 . J Mol Biol , 308 : 919 – 936 .
- Lemieux , S. and Major , F. 2002 . Nucleic Acids Res , 30 : 4250 – 4263 .
- Parisien , M. , Cruz , J. A. , Westhof , E. and Major , F. 2009 . RNA , 15 : 1875 – 1885 .
- Draper , D. E. 2008 . Biophys J , 95 : 5489 – 5495 .