References
- Bolen , D. W. and Roser , G. D. 2008 . Annu Rev Biochem , 77 : 339 – 362 .
- Dill , K. A. , Ozkan , S. B. , Shell , M. S. and Weikl , T. R. 2008 . Annu Rev Biophys , 37 : 289 – 316 .
- Thirumalai , D. , Brien , E. P. O. , Morrison , G. and Hyeon , C. 2010 . Annu Rev Biophys , 39 : 159 – 183 .
- Bhargavi , K. , Kalyan Chaitanya , P. , Ramasree , D. , Vasavi , M. , Murthy , D. K. and Uma , V. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 379 – 391 .
- Mahalakshmi , A. and Shenbagarathai , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 363 – 378 .
- Wiesner , J. , Kriz , Z. , Kuca , K. , Jun , D. and Koca , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 393 – 403 .
- Cao , Z. , Liu , L. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 343 – 353 .
- Zhong , L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 355 – 361 .
- Aman , M. J. , Karauzum , H. , Bowden , M. G. and Nguyen , T. L. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 1 – 12 .
- Chang , L. K. , Zhao , J. H. , Liu , H. L. , Wu , J. W. , Chuang , C. K. , Liu , K. T. , Chen , J. T. , Tsai , W. B. and Ho , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 39 – 50 .
- Yuan , Y. , Knaggs , M. H. , Poole , L. B. , Fetrow , J. S. and Salsbury , F. R. Jr. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 51 – 70 .
- Koshy , C. , Parthiban , M. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 71 – 83 .
- Tao , Y. , Rao , Z. H. and Liu , S. Q. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 143 – 157 .
- Yu , Y. , Wang , Y. , He , J. , Liu , Y. , Li , H. , Zhang , H. and Song , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 641 – 649 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Sklenovsky , P. and Otyepka , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 521 – 539 .
- Mehrnejad , F. and Zarei , M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 551 – 559 .
- Sharadadevi , A. and Nagaraj , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 541 – 550 .
- Tuszynska , I. and Bujnicki , J. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 511 – 520 .
- Cao , Z. and Wang , J. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 651 – 661 .
- Varughese , J. F. , Chalovich , J. M. and Li , Y. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 159 – 173 .
- Yoon , J. , Jang , S. , Lee , K. and Shin , S. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 259 – 269 .
- Ilda , D. , Giovanni , C. and Alessandro , D. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 307 – 317 .
- Cordom , A. and Perez , J. J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 127 – 147 .
- Zhang , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 159 – 162 .
- Zhong , L. and Xie , J. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 525 – 533 .
- Chang , L.-K. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Tsai , W.-B. and Ho , Y. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 731 – 740 .
- Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , Y.-F. , Lin , H.-Y. , Fang , H.-W. , Ho , Y. and Tsai , W.-B . 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 481 – 490 .
- Fang , P.-S. , Zhao , J.-H. , Liu , H.-L. , Liu , K.-T. , Chen , J.-T. , Lin , H.-Y. , Huang , C.-H. and Fang , H.-W. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 549 – 559 .
- Sunilkumar , P. N. , Nair , D. G. , Sadasivan , C. and Haridas , M. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 491 – 496 .
- Bairagya , H. R. , Mukhopadhyay , B. P. and Sekar , K. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 149 – 158 .
- Achary , M. S. and Nagarajaram , H. A. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 609 – 623 .
- Patargias , G. , Martay , H. and Fischer , W. B. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 1 – 12 .
- Mittal , A. , Jayaram , B. , Shenoy , S. and Bawa , T. S. 2010 . J Biomol Struc Dyn , 28 : 133 – 142 .
- Dill , K. A. and Chan , H. S. 1997 . Nat Struct Biol , 4 : 10 – 19 .
- Zeeb , M. and Balbach , J. 2004 . Methods , 34 : 65 – 74 .
- Thirumalai , D. and Woodson , S. A. 1996 . Acc Chem Res , 29 : 433 – 439 .
- Brooks , C. L. III . 2002 . Proc Natl Acad Sci USA , 99 : 1099 – 1100 .
- Snow , C. D. , Nguyen , H. , Pande , V. S. and Gruebele , M. 2002 . Nature , 20 : 1 – 3 .
- Dobson , C. M. and Karplus , M. 1999 . Curr Opin Struct Biol , 9 : 92 – 101 .
- Norberg , J. 2001 . Trends Phy Chem , 8 : 73 – 85 .
- Onuchic , J. N. and Wolynes , P. G. 2004 . Curr Opin Struct Biol , 14 : 70 – 75 .
- Hubner , A. , Oliveberg , M. and Shakhnovich , E. 2004 . Proc Natl Acad Sci USA , 101 : 8354 – 8359 .
- Dobson , C. M. 2003 . Nature , 426 : 884 – 890 .
- Ohgushi , M. and Wada , A. 1983 . FEBS Lett , 164 : 21 – 24 .
- Pande , V. S. and Rokhsar , D. S. 1998 . Proc Natl Acad Sci USA , 95 : 1490 – 1494 .
- Agashe , V. R. , Shastry , M. C. and Udgaonkar , J. B. 1995 . Nature , 377 : 754 – 757 .
- Arai , M. and Kuwajima , K. 1996 . Fold Des , 1 : 275 – 87 .
- Brylinski , M. , Konieczny , L. and Roterman , I. 2006 . Comput Biol Chem , 30 : 255 – 67 .
- Levinthal . 1968 . J Chim Phys , : 44 – 45 .
- Anfinsen , C. B. 1973 . Science , 181 : 223 – 30 .
- Duan , Y. , Wang , L. and Kollman , P. A. 1998 . Proc Natl Acad Sci U S A , 95 : 9897 – 902 .
- Plaxco , K. W. , Simons , K. T. and Baker , D. 1998 . J Mol Biol , 277 : 985 – 94 .
- Shaw , D. E. 2007 . Proceedings of the 34th annual international symposium on Computer architecture.
- Shaw , D. E. , Maragakis , P. , Lindorff-Larsen , K. , Piana , S. , Dror , R. O. , Eastwood , M. P. , Bank , J. A. , Jumper , J. M. , Salmon , J. K. , Shan , Y. and Wriggers , W. 2010 . Science , 330 : 341 – 346 .
- Voelz , V. A. , Bowman , G. R. , Beauchamp , K. and Pande , V. S. 2010 . J Am Chem Soc , 132 : 1526 – 1528 .
- Zagrovic , B. , Snow , C. D. , Shirts , M. R. and Pande , V. S. 2002 . J Mol Biol , 323 : 927 – 937 .
- Dokholyan , N. V. , Buldyrev , S. V. , Stanley , H. E. and Shakhnovich , E. I. 1998 . Fold Des , 3 : 577 – 587 .
- Sugita , Y. and Okamoto , Y. 1999 . Okazaki, Aichi 444 – 8585 . Japan
- Suenaga . 1998 . THEOCHEM , 634 : 235 – 241 .
- Ueeda , Y. and Taketomi , H. 1978 . Biopolymers , 17 : 1531 – 1548 . N. Go−
- Levitt , M. and Warshel , A. Nature , 253 694 – 8 . 1975
- McCammon , J. A. , Northrup , S. H. , Karplus , M. and Levy , R. M. 1984 . Biopolymers , 19 : 2033 – 2045 .
- Atilgan , A. R. , Durell , S. R. , Jernigan , R. L. , Demirel , M. C. , Keskin , O. and Bahar , I. 2001 . Biophys J , 80 : 505 – 515 .
- Maisuradze , G. G. , Senet , P. , Czaplewski , C. , Liwo , A. and Scheraga , H. A. 2010 . J Phys Chem A , 114 : 4471 – 4485 .
- Yang , L. , Tan , C. H. , Hsieh , M. J. , Wang , J. , Duan , Y. , Cieplak , P. , Caldwell , J. , Kollman , P. A. and Luo , R. 2006 . J Phys Chem B , 110 : 13166 – 13176 .
- Tozzini , V. 2005 . Curr Opin Struct Biol , : 144 – 50 .
- Zhou , R. 2007 . Methods Mol Biol , 350 : 205 – 223 .
- Hsieh , M. J. and Luo , R. 2010 . J Phys Chem B , 114 : 2886 – 93 .
- Bretscher , A. and Weber , K. 1980 . Cell , 20 : 839 – 47 .
- McKnight , C. J. , Doering , D. S. , Matsudaira , P. T. and Kim , P. S. 1996 . J Mol Biol , 260 : 126 – 34 .
- McKnight , C. J. , Matsudaira , P. T. and Kim , P. S. 1997 . Nat Struct Biol , 4 : 180 – 4 .
- Kubelka , J. , Eaton , W. A. and Hofrichter , J. 2003 . J Mol Biol , 329 : 625 – 30 .
- Chiu , T. K. , Kubelka , J. , Herbst-Irmer , R. , Eaton , W. A. , Hofrichter , J. and Davies , D. R. 2005 . Proc Natl Acad Sci U S A , 102 : 7517 – 7522 .
- Vugmeyster , L. , Ostrovsky , D. , Ford , J. J. , Burton , S. D. , Lipton , A. S. , Hoatson , G. L. and Vold , R. L. 2009 . J Am Chem Soc , 131 : 13651 – 8 .
- Wang , M. , Tang , Y. , Sato , S. , Vugmeyster , L. , McKnight , C. J. and Raleigh , D. P. 2003 . J Am Chem Soc , 125 : 6032 – 3 .
- Meng , W. , Shan , B. , Tang , Y. and Raleigh , D. P. 2009 . Protein Sci , 18 : 1692 – 701 .
- Lee , I. H. , Kim , S. Y. and Lee , J. 2010 . J Comput Chem , 31 : 57 – 65 .
- Shen , M. Y. and Freed , K. F. 2002 . 439 – 45 . 49
- Sonavane , U. B. , Ramadugu , S. K. and Joshi , R. R. 2008 . J Biomol Struct Dyn , 26 : 203 – 14 .
- Duan , Y. and Kollman , P. A. 1998 . Science , 282 : 740 – 4 .
- Lei , H. and Duan , Y. 2007 . J Mol Biol , 370 : 196 – 206 .
- Lei , H. , Wu , C. , Liu , H. and Duan , Y. 2007 . Proc Natl Acad Sci U S A , 104 : 4925 – 4930 .
- Freddolino , P. L. and Schulten , K. 2009 . Biophys J , 97 : 2338 – 47 .
- Ensign , D. L. , Kasson , P. M. and Pande , V. S. 2007 . J Mol Biol , 374 : 806 – 16 .
- Lei , H. , Deng , X. , Wang , Z. and Duan , Y. 2008 . J Chem Phys , 129 : 155104
- Pitera , J. W. and Swope , W. 2003 . Proc Natl Acad Sci U S A , 100 : 7587 – 7592 .
- Day , R. , Paschek , D. and Garcia , A. E. 2010 . Proteins , 78 : 1889 – 99 .
- Guo , Z. , Brooks , C. L. III and Boczko , E. M. 1997 . Proc Natl Acad Sci USA , 94 : 10161 – 10166 .
- Jang , S. , Kim , E. , Shin , S. and Pak , Y. 2003 . J Am Chem Soc , 125 : 14841 – 6 .
- Chen , J. , Brooks , C. L. III and Khandogin , J. 2008 . Curr Opin Struct Biol , 18 ( 2 ) : 140 – 148 .
- Shell , M. S. , Ritterson , R. and Dill , K. A. 2008 . J Phys Chem B , 112 : 6878 – 86 .
- Case , D. A. , Darden , T. A. , Cheatham , T. E. III , Simmerling , C. L. , Wang , J. , Duke , R. E. , Luo , R. , Crowley , M. , Walker , Ross C. , Zhang , W. , Merz , K. M. , Wang , B. , Hayik , S. , Roitberg , A. , Seabra , G. , Kolossváry , I. , Wong , K. F. , Paesani , F. , Vanicek , J. , Wu , X. , Brozell , S. R. , Steinbrecher , T. , Gohlke , H. , Yang , L. , Tan , C. , Mongan , J. , Hornak , V. , Cui , G. , Mathews , D. H. , Seetin , M. G. , Sagui , C. , Babin , V. and Kollman , P. A. 2008 .
- Frishman , D. and Argos , P. 1995 . Proteins , 23 : 566 – 79 .
- Gohlke , H. and Case , D. A. 2004 . Comput. Chem , 25 : 238 – 250 .
- Hubbard , S. J. and Thornton , J. M. 1993 . NACCESS
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . JMolec Graphics , 14 : 33 – 38 . http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
- Plotmtv . http://hammersmith-consulting.com/plotmtv-us-g.html
- XMGRACE: . http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
- Sindhikara , D. , Meng , Y. and Roitberg , A. E. 2008 . J Chem Phys , 14 : 128 (2):024103
- Maisuradze , G. G. , Liwo , A. and Scheraga , H. A. 2009 . J Mol Biol , 385 : 312 – 29 .
- De Mori , G. M. , Colombo , G. and Micheletti , C. 2005 . Proteins , 58 : 459 – 71 .