OnionTree XML: A Format to Exchange Gene-Related Probabilities

References

• Allison , D. B. , Cui , X. , Page , G. P. and Sabripour , M. 2006 . Nat Rev Genet , 7 : 55 – 65 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Shendure , J. and Ji , H. 2008 . Nat Biotechnol , 26 : 1135 – 1145 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Anbazhagan , P. , Purushottam , M. , Kumar , H. B. K. , Mukherjee , O. , Jain , S. and Sowdhamini , R. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 581 – 598 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Putta , P. and Mitra , C. K. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 599 – 610 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cao , J. , Shi , F. , Liu , X. , Jia , J. , Zeng , J. and Huang , G. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 535 – 544 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Sabbia , V. , Romero , H. , Musto , H. and Naya , H. 2009 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 361 – 369 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Mukhopadhyay , P. and Ghosh , T. C. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 477 – 488 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• De Santis , P. , Morosetti , S. and Scipioni , A. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 747 – 764 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Johnson , S. M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 27 : 795 – 802 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Rapoport , A. E. , Frenkel , Z. M. and Trifonov , E. N. 2011 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 567 – 574 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Valouev , A. , Johnson , D. S. , Sundquist , A. , Medina , C. , Anton , E. , Batzoglou , S. , Myers , R. M. and Sidow , A. 2008 . Nat Methods , 5 : 829 – 834 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Lu , Z.-R. , Seo , E. , Yan , L. , Yin , S.-J. , Si , Y.-X. , Qian , G.-Y. , Park , Y.-D. and Yang , J.-M. 2010 . J Biomol Struct Dyn , 28 : 259 – 276 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Gentleman , R. C. , Carey , V. J. , Bates , D. M. , Bolstad , B. , Dettling , M. , Dudoit , S. , Ellis , B. , Gautier , L. , Ge , Y. , Gentry , J. , Hornik , K. , Hothorn , T. , Huber , W. , Iacus , S. , Irizarry , R. , Leisch , F. , Li , C. , Maechler , M. , Rossini , A. J. , Sawitzki , G. , Smith , C. , Smyth , G. , Tierney , L. , Yang , J. Y. H. and Zhang , J. 2004 . Genome Biol , 5 : R80
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Rannala , B. 2001 . Am J Pharmacogenomics , 1 : 203 – 221 .
   PubMedGoogle Scholar
• Strömbäck , L. , Hall , D. and Lambrix , P. 2007 . Proteomics , 7 : 857 – 867 .
   PubMedGoogle Scholar
• Wang , L. , Riethoven , J.-J. and Robinson , A. 2002 . Bioinformatics , 18 : 1147 – 1148 .
   PubMedGoogle Scholar
• Haverty , P. M. and Weng , Z. 2004 . Bioinformatics , 20 : 1815 – 1817 .
   PubMedGoogle Scholar
• Kulakovskiy , I. V. , Favorov , A. V. and Makeev , V. J. 2009 . Bioinformatics ,
   PubMedGoogle Scholar
• Spellman , P. T. , Miller , M. , Stewart , J. , Troup , C. , Sarkans , U. , Chervitz , S. , Bernhart , D. , Sherlock , G. , Ball , C. , Lepage , M. , Swiatek , M. , Marks , W. , Goncalves , J. , Markel , S. , Iordan , D. , Shojatalab , M. , Pizarro , A. , White , J. , Hubley , R. , Deutsch , E. , Senger , M. , Aronow , B. J. , Robinson , A. , Bassett , D. , Stoeckert , C. J. and Brazma , A. 2002 . Genome Biol , 3 : research0046 1-research0046.9
   PubMedGoogle Scholar
• Durinck , S. , Allemeersch , J. , Carey , V. J. , Moreau , Y. and De Moor , B. 2004 . Bioinformatics , 20 : 3641 – 3642 .
   PubMedGoogle Scholar
• Hucka , M. , Finney , A. , Sauro , H. M. , Bolouri , H. , Doyle , J. C. , Kitano , H. , Arkin , A. P. , Bornstein , B. J. , Bray , D. , Cornish-Bowden , A. , Cuellar , A. A. , Dronov , S. , Gilles , E. D. , Ginkel , M. , Gor , V. , Goryanin , I. I. , Hedley , W. J. , Hodgman , T. C. , Hofmeyr , J.-H. , Hunter , P. J. , Juty , N. S. , Kasberger , J. L. , Kremling , A. , Kummer , U. , Le Novère , N. , Loew , L. M. , Lucio , D. , Mendes , P. , Minch , E. , Mjolsness , E. D. , Nakayama , Y. , Nelson , M. R. , Nielsen , P. F. , Sakurada , T. , Schaff , J. C. , Shapiro , B. E. , Shimizu , T. S. , Spence , H. D. , Stelling , J. , Takahashi , K. , Tomita , M. , Wagner , J. and Wang , J. 2003 . Bioinformatics , 19 : 524 – 531 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Cuellar , A. A. , Lloyd , C. M. , Nielsen , P. F. , Bullivant , D. P. , Nickerson , D. P. and Hunter , P. J. 2003 . Simulation , 79 : 740 – 747 .
   Google Scholar
• Yun , H. , Lee , D.-Y. , Jeong , J. , Lee , S. and Lee , S. Y. 2005 . Bioinformatics , 21 : 3329 – 3330 .
   PubMedGoogle Scholar
• Kimelfeld , B. and Sagiv , Y. 2008 . SIGMOD Rec. , 37 : 69 – 77 .
   Google Scholar
• Zhao , W. , Dekhtyar , A. and Goldsmith , J. 2003 . Department of Computer Science, University of Kentucky , 2004 : 219
   Google Scholar
• Friedman , R. C. , Farh , K. K.-H. , Burge , C. B. and Bartel , D. P. 2009 . Genome Res , 19 : 92 – 105 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Kanehisa , M. , Goto , S. , Kawashima , S. and Nakaya , A. 2002 . Nucleic Acids Res , 30 : 42 – 46 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Djebbari , A. and Quackenbush , J. 2008 . BMC Syst Biol , 2 : 57
   PubMedGoogle Scholar
• Ramensky , V. , Bork , P. and Sunyaev , S. 2002 . Nucleic Acids Res , 30 : 3894 – 3900 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Carter , H. , Chen , S. , Isik , L. , Tyekucheva , S. , Velculescu , V. E. , Kinzler , K. W. , Vogelstein , B. and Karchin , R. 2009 . Cancer Res , 69 : 6660 – 6667 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Favorov , A. V. , Andreewski , T. V. , Sudomoina , M. A. , Favorova , O. O. , Parmigiani , G. and Ochs , M. F. 2005 . Genetics , 171 : 2113 – 2121 .
   PubMed Web of Science ®Google Scholar
• Ochs , M. F. 2010 . Briefings in Bioinformatics , 11 : 30 – 39 .
   PubMedGoogle Scholar