References and Footnotes
- Jaenicke , R. and Böhm , G. 1998 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 8 : 738 – 748 .
- Kumar , S. , Tsai , C. and Nussinov , R. 2000 . Protein Engg. , 13 : 179 – 191 .
- Kannan , N. and Vishveshwara , S. 2000 . Protein Engg. , 13 : 753 – 761 .
- Criswell , A. R. , Bae , E. , Stec , B. , Konisky , J. and Phillips , G. N. 2003 . J. Mol. Biol. , 330 : 1087 – 1099 .
- Beadle , B. M. , Baase , W. A. , Wilson , D. B. , Gilkes , N. R. and Shoichet , B. K. 1999 . Biochemistry , 38 : 2570 – 2576 .
- Wang , W. X. , Pelah , D. , Alergand , T. , Shoseyov , O. and Altman , A. 2002 . Plant Physiol. , 130 : 865 – 875 .
- Altman , A. 2003 . In Vitro Cell Dev. Biol. , 39 : 75 – 84 .
- Boeckmann , B. 2003 . Nucl. Acids. Res. , 31 : 365 – 370 .
- Thompson , J. D. , Higgins , D. G. and Gibson , T. J. 1994 . Nucl. Acids. Res. , 22 : 4673 – 4680 .
- Gouet , P. , Robert , X. and Courcelle , E. 2003 . Nucl. Acids. Res. , 31 : 3320 – 3323 .
- McGuffin , L. J. , Bryson , K. and Jones , D. T. 2000 . Bioinformatics , 16 : 404 – 405 .
- Guex , N. and Peitsch , M. C. 1997 . Electrophoresis , 18 : 2714 – 2723 .
- Holm , L. and Sander , C. 1993 . J. Mol. Biol. , 233 : 123 – 138 .
- Gibrat , J. F. , Madej , T. and Bryant , S. H. 1996 . Curr. Opin. Struct. Biol. , 6 : 377 – 385 .
- Laskowski , R. A. , McArthur , M. W. , Moss , D. S. and Thornton , J. M. 1993 . J. Appl. Crystallogr. , 26 : 283 – 291 .
- Eisenberg , D. , Luthy , R. and Bowie , J. U. 1997 . Methods in Enzymology , 277 : 396 – 404 .
- Rodriguez , R. , Chinea , G. , Lopez , N. , Pons , T. and Vriend , G. 1998 . CABIOS , 14 : 523 – 528 .
- Hooft , R. W. W. , Sander , C. and Vriend , G. 1996 . Proteins , 26 : 363 – 376 .
- Wang , L. , O'Connel , T. , Tropsha , A. and Hermans , J. 1996 . J. Mol. Biol. , 262 : 283 – 293 .
- Altschul , S. F. , Madden , T. L. , Schaffer , A. A. , Zhang , J. , Zhang , Z. , Miller , W. and Lipman , D. J. 1997 . Nucleic Acids Res. , 25 : 3389 – 3402 .
- Jonassen , I. , Collins , J. F. and Higgins , D. 1995 . Protein Science , 4 : 1587 – 1595 .
- Kraulis , P. 1991 . J. Appl. Crystallogr. , 24 : 946 – 950 .
- Merritt , E. A. and Bacon , D. J. 1997 . Methods in Enzymology , 277 : 505 – 524 .
- Humphrey , W. , Dalke , A. and Schulten , K. 1996 . J. Mol. Graphics , 14 : 33 – 38 .
- Toniolo , C. , Crisma , M. , Formaggio , F. and Peggion , C. 2001 . Biopolymers , 60 : 396 – 419 .
- Chou , K. 1997 . Biopolymers , 42 : 837 – 853 .
- Perl , D. , Mueller , U. , Heinemann , U. and Schmid , F. X. 2000 . Nature Struct. Biol. , 7 : 380 – 383 .
- Creamer , T. P. 2000 . Proteins , 40 : 443 – 450 .
- Mulder , N. J. 2003 . Nucl. Acids. Res. , 31 : 315 – 318 .
- Sasakawa , H. , Yoshinaga , S. , Kojima , S. and Tamura , A. 2002 . J. Mol. Biol. , 317 : 159 – 167 .
- Sciara , G. , Kendrew , S. G. , Miele , A. E. , Marsh , N. G. , Federici , L. , Malatesta , F. , Schimperna , G. , Savino , C. and Vallone , B. 2003 . EMBO J. , 22 : 205 – 215 .
- Daggett , V. and Levitt , M. 1993 . J. Mol. Biol. , 232 : 600 – 619 .
- Russel , R. J. M. , Ferguson , J. M. C. , Haugh , D. W. , Danson , M. J. and Taylor , G. L. 1997 . Biochemistry , 36 : 9983 – 9994 .