References and Footnotes
- Weiss , R. B. 1992 . Sem. Oncol. , 19 : 670 – 686 .
- Barcelo , F. , Martorell , J. , Gavilanes , F. and Gonzalez-Ros , J. M. 1988 . Biochem. Pharm. , 37 : 2133 – 2138 .
- Chaires , J. B. 1985 . Biopolymers , 24 : 403 – 419 .
- Chaires , J. B. , Dattagupta , N. and Crothers , D. M. 1985 . Biochemistry , 24 : 260 – 267 .
- Cieplak , P. , Rao , S. N. , Grootenhuis , P. D. J. and Kollman , P. A. 1990 . Biopolymers , 29 : 717 – 727 .
- Remeta , D. P. , Mudd , C. P. , Berger , R. L. and Breslauer , K. J. 1991 . Biochemistry , 30 : 9799 – 9809 .
- Ren , J. , Jenkins , T. C. and Chaires , J. B. 2000 . Biochemistry , 39 : 8439 – 8447 .
- Taatjes , D. J. , Gaudanio , G. , Resing , K. and Koch , T. H. 1996 . J. Med. Chem. , 39 : 4135 – 4138 .
- Yang , X.-L. and Wang , A. H.-J. 1999 . Pharmacology and Therapeutics , 83 : 181 – 215 .
- Krishnamoorthy , C. R. , Yen , S.-F. , Smith , J. C. , Lown , J. W. and Wilson , W. D. 1986 . Biochemistry , 25 : 5933 – 5940 .
- Frezard , F. and Garnier-Suillerot , A. 1990 . Biochimica et Biophysica Acta , 1036 : 121 – 127 .
- Cashman , D. J. , Scarsdale , J. N. and Kellogg , G. E. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 4410 – 4416 .
- Clark , G. R. , Pytel , P. D. , Squire , C. J. and Neidle , S. 2003 . J. Am. Chem. Soc. , 125 : 4066 – 4067 .
- Baruah , H. and Bierbach , U. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 4138 – 4146 .
- Klass , J. , Murphy , F. V. , Fouts , S. , Serenil , M. , Changela , A. , Siple , J. and Churchill , M. E.A. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 2852 – 2864 .
- Jain , S. , Polak , M. and Hud , N. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 4608 – 4615 .
- Robinson , H. , Priebe , W. , Chaires , J. B. and Wang , A. H.-J. 1997 . Biochemistry , 36 : 8663 – 8670 .
- Williams , L. D. , Egli , M. , Ughetto , G. , Van derMarel , G. A. , Van Boom , J. H. , Quigley , G. J. , Wang , A. H.-J. , Rich , A. and Frederick , C. A. 1990 . J. Mol. Biol. , 215 : 313 – 320 .
- Hu , G. G. , Shui , X. , Leng , F. , Priebe , W. , Chaires , J. B. and Williams , L. D. 1997 . Biochemistry , 36 : 5940 – 5946 .
- Chen , K.-X. , Gresh , N. and Pullman , B. 1986 . Mol. Pharmacol. , 30 : 279 – 286 .
- Kapur , J. L. and Beck , M. M. Sheil . 1999 . Rapid Communications in Mass Spectrometry , 13 : 2489 – 2497 .
- Berger , L. Su , Spitzner , J. R. , Kang , C. , Burke , T. G. and Rich , A. 1995 . Nucleic Acids Res. , 23 : 4488 – 4494 .
- Chaires , J. B. , Leng , F. , Przewloka , T. , Fokt , I. , Ling , Y.-H. , Perez-Soler , R. and Priebe , W. 1997 . J. Med. Chem. , 40 : 261 – 266 .
- Wang , H.-J. , Ughetto , G. , Quigley , G. J. and Rich , A. 1987 . Biochemistry , 26 : 1152 – 1163 .
- Wang , H.-J. , Gao , Y.-G. , Liaw , Y.-C. and Li , Y. 1991 . Biochemistry , 30 : 3812 – 3815 .
- Frederick , C. A. and Wang , A. H.J. 1990 . Biochemistry , 29 : 2538 – 2549 .
- Moore , M. H. , Hunter , W. N. and Langlois d'Estaintot , B. 1989 . J. Mol. Biol. , 206 : 693 – 705 .
- Nunn , C. M. , Van Meervelt , L. , Zhang , S. , Moore , M. H. and Kenards , O. 1991 . J. Mol. Biol. , 222 : 167 – 177 .
- Leonard , G. A. , Brown , T. and Hunter , W. N. 1992 . Eur. J. Biochem. , 204 : 69 – 74 .
- Davies , D. B. , Eaton , R. J. , Baranovsky , S. F. and Veselkov , A. N. 2000 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 17 : 887 – 901 .
- Qu , X. and Chaires , J. B. 2001 . J. Am. Chem. Soc. , 123 : 1 – 7 .
- Feig , M. and Pettitt , B. M. 1998 . Biophysical Journal , 75 : 134 – 149 .
- Hamelberg , D. , Williams , L. D. and Wilson , W. D. 2002 . Nucleic Acids Res. , 30 : 3615 – 3623 .
- Sen , S. and Nilsson , L. 1999 . Biophys. J. , 77 : 1782 – 1800 .
- Spackova , N. , Berger , I. and Egli , M. 1998 . J. Sponer, J. Am. Chem. Soc , 120 : 6147 – 6151 .
- Bostock-Smith , C. E. , Harris , S. A. , Laughton , C. A. and Searle , M. S. 2001 . Nucleic Acids Res. , 29 : 693 – 702 .
- Cheatham , T. E. and Young , M. A. 2001 . Biopolymers , 56 : 232 – 256 .
- Karplus , M. 2002 . Acc. Chem. Res. , 35 : 321 – 323 .
- Wellenzohn , B. , Flader , W. , Winger , R. H. , Hallbrucker , A. , Mayer , E. and Liedl , K. R. 2001 . Nucleic Acids Res. , 29 : 5036 – 5043 .
- Wellenzohn , B. , Flader , W. , Winger , R. H. , Hallbrucker , A. , Mayer , E. and Liedl , K. R. 2002 . Biochemistry , 41 : 4088 – 4095 .
- Bosch , D. , Campillo , M. and Pardo , L. 2003 . J. Comput. Chem. , 24 : 682 – 691 .
- Spackova , N. , Cheatham , T. E. , Ryjacek , F. , Lankas , F. , van Meervelt , L. , Hobza , P. and Sponer , J. 2003 . J. Am. Chem. Soc. , 125 : 1759 – 1769 .
- Bailly , C. , Chessari , G. , Carrasco , C. , Joubert , A. , Mann , J. , Wilson , W. D. and Neidle , S. 2003 . Nucleic Acids Res. , 31 : 1514 – 1524 .
- Roche , C. J. , Berkowitz , D. , Sulikowski , G. A. , Danishefsky , S. J. and Crothers , D. M. 1994 . Biochemistry , 33 : 936 – 942 .
- Roche , C. J. , Thomson , J. A. and Crothers , D. M. 1994 . Biochemistry , 33 : 926 – 935 .
- Bailly , C. , Suh , D. , Waring , M. J. and Chaires , J. B. 1998 . Biochemistry , 37 : 1033 – 1045 .
- Kellogg , G. E. , Scarsdale , J. N. and Fornari , F. A. 1998 . Nucleic Acids Res. , 26 : 4721 – 4732 .
- Chaires , J. B. 1985 . Biochemistry , 24 : 7479 – 7486 .
- Gupta , G. , Bansal , M. and Sasiskharan , V. 1980 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 77 : 6486 – 6490 .
- Fratini , V. , Kopka , M. L. , Drew , H. R. and Dickerson , R. E. 1982 . J. Biol. Chem. , 257 : 14686 – 14707 .
- Privé , G. G. , Heinemann , U. , Chandrasegaran , S. , Kan , L.-S. , Kopka , M. L. and Dickerson , R. E. 1987 . Science , 238 : 498 – 504 .
- Schneider , B. , Neidle , S. and Berman , H. M. 1997 . Biopolymers , 42 : 113 – 124 .
- Cruse , W. B. T. , Salisbury , S. A. , Brown , T. , Cosstick , R. , Eckstein , F. and Kennard , O. 1986 . J. Mol. Biol. , 192 : 891 – 905 .
- Shindo , H. , Fujiwara , T. , Akutsu , H. , Masumoto , U. and Shimidzu , M. 1984 . J. Mol. Biol. , 174 : 221 – 229 .
- Sklenar , V. and Bax , A. 1987 . J. Am. Chem. Soc. , 109 : 7525 – 7526 .
- Gorenstein , D. G. 1994 . Chemical Reviews , 94 : 1315 – 1338 .
- Rüdisser , S. , Hallbrucker , A. and Mayer , E. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 12251 – 12256 .
- Bertrand , H. O. , Ha-Duong , T. , Fermandjian , S. and Hartmann , B. 1998 . Nucleic Acids Res. , 26 : 1261 – 1267 .
- Winger , R. H. , Liedl , K. R. , Rüdisser , S. , Pichler , A. , Hallbrucker , A. and Mayer , E. 1998 . J. Phys. Chem. B , 102 : 8934 – 8940 .
- Young , M. A. , Ravishanker , G. and Beveridge , D. L. 1997 . Biophysical Journal , 73 : 2313 – 2336 .
- Cheatham , T. E. and Kollman , P. A. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 4805 – 4825 .
- Pichler , S. , Rüdisser , M. Mitterböck , Huber , C. G. , Winger , R. H. , Liedl , K. R. , Hallbrucker , A. and Mayer , E. 1999 . Biophysical Journal , 77 : 398 – 409 .
- Wellenzohn , B. , Flader , W. , Winger , R. H. , Hallbrucker , A. , Mayer , E. and Liedl , K. R. 2001 . J. Am. Chem. Soc. , 123 : 5044 – 5049 .
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 1999 . University of California San Francisco ,
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. , Wang , J. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , R. V. , Cheng , A. L. , Vincent , J. J. , Crowley , M. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. 2002 . University of California San Francisco ,
- Young , M. A. , Jayaram , B. and Beveridge , D. L. 1997 . J. Am. Chem. Soc. , 119 : 59 – 69 .
- deSouza , O. N. and Ornstein , R. L. 1997 . Biophysical Journal , 72 : 2395 – 2397 .
- deSouza , O. N. and Ornstein , R. L. 1997 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 14 : 607 – 611 .
- York , D. M. , Wlodawer , A. , Pedersen , L. G. and Darden , T. A. 1994 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 91 : 8715 – 8718 .
- Cheatham , T. E. and Kollman , P. A. 1996 . J. Mol. Biol. , 259 : 434 – 444 .
- Arnott , S. , Campbell-Smith , P. J. and Chandrasekaran , R. 1976 . CRC Handbook of Biochemistry and Molecular Biology CRC Press Boca Raton .
- Bayly , C. I. , Cieplak , P. , Cornell , W. D. and Kollman , P. A. 1993 . Journal of Physical Chemistry , 97 : 10269 – 10280 .
- Wang , J. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 2000 . J. Comput. Chem. , 21 : 1049 – 1074 .
- Frisch , M. J. , Trucks , G. W. , Schlegel , H. B. , Scuseria , G. E. , Robb , M. A. , Cheeseman , J. R. , Zakrzewski , V. G. , Montgomery , J. A. , Stratmann , R. E. , Burant , J. C. , Dapprich , S. , Milliam , J. M. , Daniels , A. D. , Kudin , K. N. , Strain , M. C. , Farkas , O. , Tomasi , J. , Petersson , G. A. , Ayala , P. Y. , Cui , Q. , Morokuma , K. , Malick , D. K. , Rabuck , A. D. , Raghvachari , K. , Foresman , J. B. , Cioslowski , J. , Ortiz , J. V. , Stefanov , B. B. , Liu , G. , Liashenko , A. , Piskorz , P. , Komaromi , I. , Gomperts , R. , Martin , R. L. , Fox , D. J. , Keith , T. , Al-Laham , M. A. , Peng , C. Y. , Nanayakkara , A. , Gonzalez , C. , Challacombe , M. , Gill , P. M. W. , Johnson , B. G. , Chen , W. , Wong , M. W. , Andres , J. L. , Head-Gordon , M. , Replogle , E. S. and Pople , J. A. 1995 . Gaussian98 (Revision A.1) Pittsburgh PA : Gaussian Inc. .
- SYBYL 6.6 1699 South Hanley Road St. Louis Missouri 63144 USA : Tripos Inc. .
- Berendsen , H. J. C. , Postma , J. P. M. , Van Gunsteren , W. F. , DiNola , A. and Haak , J. R. 1984 . Journal of Chemical Physics , 81 : 3684 – 3690 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Cheatham , T. E. , Cieplak , P. and Kollman , P. A. 1999 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 845 – 862 .
- Jorgensen , W. L. 1981 . J. Am. Chem. Soc. , 103 : 335 – 340 .
- Sayle , R. 1995 . RasMol 2.6 Glaxo Wellcome Medicines Research Centre Hertfordshire . UK
- Ravishanker , G. , Swaminathan , S. , Beveridge , D. L. , Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 6 : 669 – 699 .
- Grayson , P. , Gullingsrud , J. , Isralewitz , B. , Norris , D. and Stone , J. 2001 . VMD User's Guide. Theoretical Biophysics Group University of Illinois and Beckman Institute. Version 1.7.1 edition
- Barthwal , R. , Monica , P. Awasthi , Srivastava , N. , Sharma , U. , Kaur , M. and Govil , G. 2003 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 21 : 407 – 423 .
- Kosikov , K. M. , Gorin , A. A. , Zhurkin , V. B. and Olson , W. K. 1999 . J. Mol. Biol. , 289 : 1301 – 1326 .
- Bertucat , G. , Lavery , R. and Prevost , C. 1998 . J. Biomol. Struct. Dyn. , 16 : 535 – 546 .
- Kielkopf , C. L. , Ding , S. , Kuhn , P. and Rees , D. C. 2000 . J. Mol. Biol. , 296 : 787 – 801 .
- Grzeskowiak , K. , Yanagi , K. , Privé , G. G. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Biol. Chem. , 266 : 8861 – 8883 .
- Chaires , J. B. , Satyanarayana , S. , Suh , D. , Fokt , I. , Przewolka , T. and Priebe , W. 1996 . Biochemistry , 35 : 2047 – 2053 .
- Lipscomb , L. A. , Peek , M. E. , Zhou , F. X. , Bertrand , J. A. , VanDerveer , D. and Williams , L. D. 1994 . Biochemistry , 33 : 3649 – 3659 .
- Medhi , C. , Mitchell , J. B. O. , Price , S. L. and Tabor , A. B. 1999 . Biopolymers , 52 : 84 – 93 .
- Fornari , F. A. , Randolph , J. K. , Yalowich , J. C. , Ritke , M. K. and Gerwitz , D. A. 1994 . Mol. Pharmacol , 45 : 649 – 656 .
- Zeman , S. M. , Depew , K. M. , Danishefsky , S. J. and Crothers , D. M. 1998 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 95 : 4327 – 4332 .
- Yoshikawa , Y. , Yoshikawa , K. and Kanbe , T. 1996 . Biophysical Chemistry , 61 : 93 – 100 .
- Bloomfield , V. A. , Crothers , D. M. and Tinoco , I. Jr. 1999 . Nucleic Acids: Structures Properties and Functions. University Science Books .
- Dickerson , R. E. 1992 . Methods Enzymol. , 211 : 67 – 111 .
- Yanagi , K. , Privé , G. G. and Dickerson , R. E. 1991 . J. Mol. Biol. , 217 : 201 – 214 .