References and Footnotes
- Toth , B. 2000 . In Vivo , 14 : 299 – 320 .
- Powell , J. H. and Gannett , P. M. 2002 . Journal of Experimental Pathology, Toxicology and Oncology , 21 : 1 – 31 .
- Toth , B. and Gannett , P. 1993 . Mycopathologia , 124 : 73 – 77 .
- Gannett , P. M. , Shi , X. , Lawson , T. , Kolar , C. and Toth , B. 1997 . Chem. Res. Toxicol. , 10 : 1372 – 1377 .
- Gannett , P. M. , Lawson , T. , Miller , M. , Thakkar , D. D. , Lord , J. W. , Yau , W.-M. and Toth , B. 1996 . Chemico-Biological Interactions , 95 : 1 – 25 .
- Gannett , P. M. , Powell , J. H. , Rao , R. , Shi , X. , Lawson , T. , Kolar , C. and Toth , B. 1999 . Chem, Res. Toxicol. , 12 : 297 – 304 .
- Gannett , P. M. , Shi , X. , Ye , J. , Powell , J. H. , Darian , E. and Daft , J. 2000 . Chem. Res. Toxicol. , 13 : 1020 – 1027 .
- Kuchino , Y. , Mori , F. , Kasai , H. , Inoue , H. , Iwai , S. , Miura , K. , Ohtsuka , E. and Nishimura , S. 1987 . Nature , 327 : 77 – 79 .
- Tan , Z. , Grollman , A. and Shibutani , S. 1999 . Carcinog. , 20 : 2287 – 2292 .
- Shibutani , S. , Fernandes , A. , Suzuki , N. , Zhou , L. , Johnson , F. and Grollman , A. 1999 . J. Biol. Chem. , 274 : 27433 – 27438 .
- Kohda , K. , Tsunomoto , H. , Minoura , Y. , Tanaba , K. and Shibutani , S. 1996 . Chem. Res. Toxicol. , 9 : 1278 – 1284 .
- Kohda , K. , Tsunomoto , H. , Kasamatsu , T. , Sawamura , F. , Terashima , I. and Shibutani , S. 1997 . Chem. Res. Toxicol. , 10 : 1351 – 1358 .
- Lawson , T. , Gannett , P. M. , Yau , W.-M. , Dalal , N. S. and Toth , B. 1995 . J. Agric. Food Chem. , 43 : 2627 – 2635 .
- Nolan , S. J. , McNulty , J. M. , Krishnasamy , R. , McGregor , W. G. and Basu , A. K. 1999 . Biochem. , 38 : 14056 – 14062 .
- Shibutani , S. , Suzuki , N. , Tan , X. , Johnson , F. and Grollman , A. P. 2001 . Biochem. , 40 : 3717 – 3722 .
- Peck , L. J. , Nordheim , A. , Rich , A. and Wand , J. C. 1982 . Proc. Natl Acad. Sci. USA , 79 : 4560 – 4564 .
- Haniford , D. B. and Pulleybank , D. E. 1983 . Nature , 302 : 632 – 634 .
- Liu , R. , Liu , H. , Chen , X. , Kirby , M. , Brown , P. O. and Zhao , K. 2001 . Cell , 106 : 309 – 318 .
- Rothenberg , S. , Koch-Nolte , F. , Rich , A. and Hag , R. 2005 . Proc. Natl Acad. Sci. USA , 98 : 8985 – 8990 .
- Bourbon , H. M. , Prudhommie , M. and Amalric , F. 1988 . Gene , 98 : 73 – 84 .
- Rich , A. and Zhang , S. 2003 . Nature Reviews Genetics , 4 : 566 – 573 .
- Gannett , P. M. , Heavner , S. , Daft , J. R. , Shaughnessy , K. H. , Epperson , J. D. and Greenbaum , N. L. 2003 . Chem. Res. Toxicol. , 16 : 1385 – 1394 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. Jr. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1999 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Case , D. A. and et al . 2004 . Amber 8 User's Manual 261
- Wang , J. , Wang , W. and Kollman , P. A. Antechamber, An Accessory Software Package for Molecular Mechanical Calculations http://amber.scripps.edu/antechamber/antechamber.html
- Case , D. A. , Pearlman , D. A. , Caldwell , J. W. , Cheatham , T. E. III , Wang , W. S. , Ross , W. S. , Simmerling , C. L. , Darden , T. A. , Merz , K. M. , Stanton , A. L. , Cheng , J. J. , Crowley , V. M. , Tsui , V. , Gohlke , H. , Radmer , R. J. , Duan , Y. , Pitera , J. , Massova , I. , Seibel , G. L. , Singh , U. C. , Weiner , P. K. and Kollman , P. A. Amber, Version , 7
- Jorgensen , W. L. , Chandrasekhar , J. , Machura , J. and Klein , M. L. 1983 . J. Phys. Chem. , 79 : 926 – 935 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1988 . J. Biomolec. Struc. Dyn. , 6 : 63 – 91 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1988 . J. Biomolec. Struc. Dyn. , 6 : 655 – 667 .
- Ravishanker , G. , Swaminathan , S. , Beveridge , D. L. , Lavery , R. and Sklenar , H. 1989 . J. Biomol. Str. Dyn. , 6 : 669 – 699 .
- Simmerling , C. , Elber , R. and Zhang , J. 1995 . Modeling of Biomolecular Structure and Mechanisms. Edited by: Pullman , A. Netherlands : Kluwer .
- Rocchia , W. , Alexov , E. and Honig , B. 2001 . J. Phys. Chem. B , 105 : 6507 – 6514 .
- Gilson , M. , Sharp , K. and Honig , B. 1987 . J. Comp. Chem. , 9 : 327 – 335 .
- Sitkoff , D. , Sharp , K. and Honig , B. 1994 . J. Phys. Chem. , 98 : 1978 – 1988 .
- Cornell , W. D. , Cieplak , P. , Bayly , C. I. , Gould , I. R. , Merz , K. M. Jr. , Ferguson , D. M. , Spellmeyer , D. C. , Fox , T. , Caldwell , J. W. and Kollman , P. A. 1995 . J. Am. Chem. Soc. , 117 : 5179 – 5197 .
- Sharp , K. and Honig , B. 1990 . Ann. Rev. Biophys. Chem. , 19 : 301 – 332 .
- Sanner , M. , Olson , A. J. and Spehner , J. C. 1996 . Biopoly. , 38 : 305 – 320 .
- Allen , F. H. 2002 . Acta Cryst. , B58 : 380 – 399 .
- Sessler , J. L. , Sathiosatham , M. , Doerr , K. , Lynch , V. and Abboud , K. A. 2000 . An gew. Chem. Int. Ed. , 39 : 1300 – 1303 .
- Tashiro , R. and Sugiyama , H. 2003 . J. Am. Chem. Soc. , 125
- Ross , W. S. , Hardin , C. C. , Tinoco , I. Jr. , Rao , S. N. , Pearlman , D. A. and Kollman , P. A. 1989 . Biopoly. , 28 : 1939 – 1957 .
- van Houte , L. P. A. , Westra , J. G. and van Grondelle , R. 1988 . Carcingenesis , 9 : 1017 – 1027 .
- Zimmer , C. , Tymen , S. , Marek , C. and Guschlbauer , W. 1982 . Nucl. Acids Res. , 10 : 1081 – 1091 .
- Oda , Y. , Uesugi , S. , Ikehara , M. , Nishimura , S. , Kawase , Y. , Ishikawa , H. , Inoue , H. and Ohtsuka , E. 1991 . Nucl. Acids Res. , 19 : 1407 – 1412 .
- Kouchakdjian , M. , Bodepudi , V. , Shibutani , S. , Eisenberg , M. , Johnson , F. , Grollman , A. P. and Patel , D. J. 1991 . Biochem. , 30 : 1403 – 1412 .
- Cho , B. P. and Zhou , L. 1999 . Biochem. , 38 : 7572 – 7583 .
- Mao , B. , Hingerty , B. E. , Broyde , S. and Patel , D. J. 1998 . Biochem. , 37 : 81 – 94 .
- Lavery , R. and Sklenar , H. 1988 . J. Biomol. Str. Dyn. , 6 : 63 – 69 .
- Sinnokrot , M. O. and Sherrill , C. D. 2004 . J. Am. Chem. Soc. , 126 : 7690 – 7697 .
- Dickerson , R. E. , Drew , H. R. , Conner , B. N. , Wing , R. M. , Fratini , A. V. and Kopka , M. L. 1982 . Science , 216 : 475 – 484 .
- Behe , M. and Felsenfeld , G. 2005 . Biochem. , 23 : 54 – 62 .
- Wittig , B. , Wolfl , S. , Dorbic , T. , Vahrson , W. and Rich , A. 1992 . EMBO J U. , : 4653 – 4663 .
- Wolfl , S. , Wittig , B. and Rich , A. 1995 . Biochim. Biophys. Acta , 1264 : 294 – 302 .
- Perlow , R. A. and Broyde , S. 2001 . J. Mol. Biol. , 309 : 519 – 536 .
- Geacintov , N. E. , Broyde , S. , Buterin , T. , Naegeli , H. , Wu , M. , Yan , S. and Patel , D. 2002 . J. Biopoly. , 65 : 202 – 210 .
- Slickers , P. Measuring the Groove Width. http://www.imb-jena.de/Piet/help/groovewidth.html